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- EMDB-2061: Icosahedral reconstruction of Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2061
タイトルIcosahedral reconstruction of Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP-1)
マップデータIcosahedral reconstruction of phage SSIP-1
試料
  • 試料: Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP1) virion
  • ウイルス: Salisaeta icosahedral phage 1 (ファージ)
キーワードSalisaeta icosahedral phage 1 / SSIP-1 / SSIP1 / halophilic / phage (ファージ) / bacteriophage (ファージ) / virus (ウイルス)
生物種Salisaeta icosahedral phage 1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者Aalto AP / Bitto D / Ravantti JJ / Bamford DH / Huiskonen JT / Oksanen HM
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Snapshot of virus evolution in hypersaline environments from the characterization of a membrane-containing Salisaeta icosahedral phage 1.
著者: Antti P Aalto / David Bitto / Janne J Ravantti / Dennis H Bamford / Juha T Huiskonen / Hanna M Oksanen /
要旨: The multitude of archaea and bacteria inhabiting extreme environments has only become evident during the last decades. As viruses apply a significant evolutionary force to their hosts, there is an ...The multitude of archaea and bacteria inhabiting extreme environments has only become evident during the last decades. As viruses apply a significant evolutionary force to their hosts, there is an inherent value in learning about viruses infecting these extremophiles. In this study, we have focused on one such unique virus-host pair isolated from a hypersaline environment: an icosahedral, membrane-containing double-stranded DNA virus--Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP-1) and its halophilic host bacterium Salisaeta sp. SP9-1 closely related to Salisaeta longa. The architectural principles, virion composition, and the proposed functions associated with some of the ORFs of the virus are surprisingly similar to those found in viruses belonging to the PRD1-adenovirus lineage. The virion structure, determined by electron cryomicroscopy, reveals that the bulk of the outer protein capsid is composed of upright standing pseudohexameric capsomers organized on a T = 49 icosahedral lattice. Our results give a comprehensive description of a halophilic virus-host system and shed light on the relatedness of viruses based on their virion architecture.
履歴
登録2012年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月30日-
マップ公開2012年4月20日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2061.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2061.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of phage SSIP-1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-2.73149323 - 6.07137918
平均 (標準偏差)0.2399127 (±0.88735288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-360-360-360
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 1440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z720720720
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1440.0001440.0001440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-360-360-360
NC/NR/NS720720720
D min/max/mean-2.7316.0710.240

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP1) virion

全体名称: Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP1) virion
要素
  • 試料: Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP1) virion
  • ウイルス: Salisaeta icosahedral phage 1 (ファージ)

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超分子 #1000: Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP1) virion

超分子名称: Salisaeta icosahedral phage 1 (SSIP1) virion / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Whole virion / Number unique components: 1

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超分子 #1: Salisaeta icosahedral phage 1

超分子名称: Salisaeta icosahedral phage 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SSIP1 / NCBI-ID: 1183239 / 生物種: Salisaeta icosahedral phage 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: SSIP1
宿主生物種: Salisaeta sp. SP9-1 (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 49

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 9% salt water (SW) see http://www.haloarchaea.com/resources/halohandbook/Halohandbook_2008_v7.pdf
グリッド詳細: 200 mesh molybdenum grid with holey carbon, glow discharged
凍結凍結剤: HELIUM / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 4 seconds from opposite side

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen temperature / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 81 K
日付2011年2月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 842 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2747
詳細The particles were manually picked in EMAN2. Initial model was calculated in IMAGIC5. Contrast transfer function correction and icosahedral reconstruction was carried out in EMAN. The final map was low pass filtered to 11 A.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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