[日本語] English
万見
- EMDB-20218: CryoEM structure of human papillomavirus 16 pseudovirus in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20218
タイトルCryoEM structure of human papillomavirus 16 pseudovirus in complex human alpha-defensin 5 (HD5)
マップデータCryoEM structure of human papillomavirus 16 pseudovirus in complex with human alpha-defensin 5 (HD5)
試料
  • 複合体: Complex of human papillomavirus type 16 pseudovirus with human alpha-defensin 5 (HD5)
    • 複合体: alpha-defensin 5 (HD5)
    • ウイルス: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Gulati NM / Wiens ME / Smith JG / Stewart PL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01-AI104920 米国
引用ジャーナル: Pathog Immun / 年: 2019
タイトル: α-Defensin HD5 Stabilizes Capsid/Core Interactions.
著者: Neetu M Gulati / Masaru Miyagi / Mayim E Wiens / Jason G Smith / Phoebe L Stewart /
要旨: BACKGROUND: (HPV) is linked to nearly all cases of cervical cancer. Despite available vaccines, a deeper understanding of the immune response to HPV is needed. Human α-defensin 5 (HD5), an innate ...BACKGROUND: (HPV) is linked to nearly all cases of cervical cancer. Despite available vaccines, a deeper understanding of the immune response to HPV is needed. Human α-defensin 5 (HD5), an innate immune effector peptide, blocks infection of multiple sero-types of HPV, including high-risk HPV16. While a common mechanism of α-defensin anti-viral activity against nonenveloped viruses such as HPV has emerged, there is limited understanding of how α-defensins bind to viral capsids to block infection.
手法: We have used cryo-electron microscopy (cryoEM), mass spectrometry (MS) crosslinking and differential lysine modification studies, and molecular dynamics (MD) simulations to probe the ...手法: We have used cryo-electron microscopy (cryoEM), mass spectrometry (MS) crosslinking and differential lysine modification studies, and molecular dynamics (MD) simulations to probe the interaction of HPV16 pseudovirions (PsVs) with HD5.
RESULTS: CryoEM single particle reconstruction did not reveal HD5 density on the capsid surface. Rather, increased density was observed under the capsid shell in the presence of HD5. MS studies ...RESULTS: CryoEM single particle reconstruction did not reveal HD5 density on the capsid surface. Rather, increased density was observed under the capsid shell in the presence of HD5. MS studies indicate that HD5 binds near the L1 and L2 capsid proteins and specifically near the C-terminal region of L1. MD simulations indicate that favorable electrostatic interactions can be formed between HD5 and the L1 C-terminal tail.
CONCLUSIONS: A model is presented for how HD5 affects HPV16 structure and cell entry. In this model, HD5 binds to disordered regions of L1 and L2 protruding from the icosahedrally ordered capsid. HD5 ...CONCLUSIONS: A model is presented for how HD5 affects HPV16 structure and cell entry. In this model, HD5 binds to disordered regions of L1 and L2 protruding from the icosahedrally ordered capsid. HD5 acts to cement interactions between L1 and L2 and leads to a closer association of the L2/genome core with the L1 capsid. This model provides a structural rationale for our prior observation that HD5 interferes with the separation of L1 from the L2/genome complex during cell entry.
履歴
登録2019年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2021年2月3日-
現状2021年2月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20218.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of human papillomavirus 16 pseudovirus in complex with human alpha-defensin 5 (HD5)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.26 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.12733757 - 0.27827927
平均 (標準偏差)0.0005827095 (±0.024572708)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin100100100
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 756.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.261.261.26
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z756.000756.000756.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS100100100
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.1270.2780.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of human papillomavirus type 16 pseudovirus with human al...

全体名称: Complex of human papillomavirus type 16 pseudovirus with human alpha-defensin 5 (HD5)
要素
  • 複合体: Complex of human papillomavirus type 16 pseudovirus with human alpha-defensin 5 (HD5)
    • 複合体: alpha-defensin 5 (HD5)
    • ウイルス: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

-
超分子 #1: Complex of human papillomavirus type 16 pseudovirus with human al...

超分子名称: Complex of human papillomavirus type 16 pseudovirus with human alpha-defensin 5 (HD5)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

-
超分子 #3: alpha-defensin 5 (HD5)

超分子名称: alpha-defensin 5 (HD5) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Synthesized linear HD5 peptide (CPC Scientific, Sunnyvale, CA) was subjected to thiol-disulfide reshuffling and purified to homogeneity by reverse-phase high-pressure liquid chromatography
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Human papillomavirus type 16

超分子名称: Human papillomavirus type 16 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / NCBI-ID: 333760 / 生物種: Human papillomavirus type 16 / Sci species strain: pseudovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293TT

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1742
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る