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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2013 | |||||||||
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タイトル | Electron microscopy negative staining map of the cross-linked p97-Ufd1-Npl4 complex | |||||||||
マップデータ | Surface rendered p97-ATPase in complex with the adaptor Ufd1-Npl4 | |||||||||
試料 |
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キーワード | EM (透過型電子顕微鏡) / p97 / Ufd1-Npl4 / asymmetric complex / ATPase (ATPアーゼ) | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bebeacua C / Forster A / McKeown C / Meyer HH / Zhang X / Freemont PS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Distinct conformations of the protein complex p97-Ufd1-Npl4 revealed by electron cryomicroscopy. 著者: Cecilia Bebeacua / Andreas Förster / Ciarán McKeown / Hemmo H Meyer / Xiaodong Zhang / Paul S Freemont / 要旨: p97 is a key regulator of numerous cellular pathways and associates with ubiquitin-binding adaptors to remodel ubiquitin-modified substrate proteins. How adaptor binding to p97 is coordinated and how ...p97 is a key regulator of numerous cellular pathways and associates with ubiquitin-binding adaptors to remodel ubiquitin-modified substrate proteins. How adaptor binding to p97 is coordinated and how adaptors contribute to substrate remodeling is unclear. Here we present the 3D electron cryomicroscopy reconstructions of the major Ufd1-Npl4 adaptor in complex with p97. Our reconstructions show that p97-Ufd1-Npl4 is highly dynamic and that Ufd1-Npl4 assumes distinct positions relative to the p97 ring upon addition of nucleotide. Our results suggest a model for substrate remodeling by p97 and also explains how p97-Ufd1-Npl4 could form other complexes in a hierarchical model of p97-cofactor assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2013.map.gz | 641.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2013-v30.xml emd-2013.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd2013fig.png | 88.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2013 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Surface rendered p97-ATPase in complex with the adaptor Ufd1-Npl4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.53 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : p97-Ufd1-Npl4 cross-linked with glutaraldehyde
全体 | 名称: p97-Ufd1-Npl4 cross-linked with glutaraldehyde |
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要素 |
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-超分子 #1000: p97-Ufd1-Npl4 cross-linked with glutaraldehyde
超分子 | 名称: p97-Ufd1-Npl4 cross-linked with glutaraldehyde / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One hexamer of p97 binds to one Ufd1-Npl4 dimer Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 623 KDa / 理論値: 623 KDa |
-分子 #1: p97
分子 | 名称: p97 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: p97 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse / 細胞中の位置: Cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta |
-分子 #2: Ufd1
分子 | 名称: Ufd1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Ufd1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse / 細胞中の位置: Cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta |
-分子 #3: Npl4
分子 | 名称: Npl4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Npl4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Norway rat / 細胞中の位置: Cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM HEPES, 500 mM KCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 60 seconds. |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: FEI |
試料ステージ | 試料ホルダー: RT / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2008年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 1000 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 15000 |
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