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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20020 | |||||||||||||||
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タイトル | Reconstruction of a T4SS OMCC | |||||||||||||||
マップデータ | C14 Reconstruction of T4SS OMCC | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | T4SS / Secretion (分泌) / H. pylori (ヘリコバクター・ピロリ) / TRANSLOCASE (輸送酵素) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chung JM / Sheedlo MJ | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structure of the Cag type IV secretion system. 著者: Jeong Min Chung / Michael J Sheedlo / Anne M Campbell / Neha Sawhney / Arwen E Frick-Cheng / Dana Borden Lacy / Timothy L Cover / Melanie D Ohi / 要旨: Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are molecular machines that can mediate interbacterial DNA transfer through conjugation and delivery of effector molecules into host cells. The Cag T4SS ...Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are molecular machines that can mediate interbacterial DNA transfer through conjugation and delivery of effector molecules into host cells. The Cag T4SS translocates CagA, a bacterial oncoprotein, into gastric cells, contributing to gastric cancer pathogenesis. We report the structure of a membrane-spanning Cag T4SS assembly, which we describe as three sub-assemblies: a 14-fold symmetric outer membrane core complex (OMCC), 17-fold symmetric periplasmic ring complex (PRC), and central stalk. Features that differ markedly from those of prototypical T4SSs include an expanded OMCC and unexpected symmetry mismatch between the OMCC and PRC. This structure is one of the largest bacterial secretion system assemblies ever reported and illustrates the remarkable structural diversity that exists among bacterial T4SSs. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20020.map.gz | 471.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20020-v30.xml emd-20020.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20020_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20020.png | 68.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20020.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20020 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20020 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C14 Reconstruction of T4SS OMCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type IV secretion system apparatus protein CagY
全体 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein CagY分泌 |
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要素 |
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-超分子 #1: Type IV secretion system apparatus protein CagY
超分子 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein CagY / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
-分子 #1: Type IV secretion system apparatus protein CagY
分子 | 名称: Type IV secretion system apparatus protein CagY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
分子量 | 理論値: 219.792656 KDa |
配列 | 文字列: MNEENDKLET SKKAQQDSPQ DLSNEEATEA NHFENLLKES KESSDHHLDN PTETQTHFDG DKSEETQTQM DSEGNETSES SNGSLADKL FKKARKLVDN KKPFTQQKNL DEETQELNEE DDQENNEYQE ETQTDLIDDE TSKKTQQHSP QDLSNEEATE A NHFENLLK ...文字列: MNEENDKLET SKKAQQDSPQ DLSNEEATEA NHFENLLKES KESSDHHLDN PTETQTHFDG DKSEETQTQM DSEGNETSES SNGSLADKL FKKARKLVDN KKPFTQQKNL DEETQELNEE DDQENNEYQE ETQTDLIDDE TSKKTQQHSP QDLSNEEATE A NHFENLLK ESKESSDHHL DNPTETQTNF DGDKSEETQT QMDSEGNETS ESSNGSLADK LFKKARKLVD NKKPFTQQKN LD EETQELN EEDDQENNEY QEETQTDLID DETSKKTQQH SPQDLSNEEA TEANHFENLL KESKESSDHH LDNPTETQTN FDG DKSEEI TDDSNDQEII KGSKKKYIIG GIVVAVLIVI ILFSRSIFHY FMPLEDKSSR FSKDRNLYVN DEIQIRQEYN RLLK ERNEK GNMIDKNLFF NDDPNRTLYN YLNIAEIEDK NPLRAFYECI SNGGNYEECL KLIKDKKLQD QMKKTLEAYN DCIKN AKTE EERIKCLDLI KDENLKKSLL NQQKVQVALD CLKNAKTDEE RNECLKLIND PEIREKFRKE LELQKELQEY KDCIKN AKT EAEKNKCLKG LSKEAIERLK QQALDCLKNA KTDEERNECL KNIPQDLQKE LLADMSVKAY KDCVSKARNE KEKQECE KL LTPEARKKLE QQVLDCLKNA KTDEERKKCL KDLPKDLQSD ILAKESLKAY KDCVSQAKTE AEKKECEKLL TPEAKKLL E EEAKESVKAY LDCVSQAKTE AEKKECEKLL TPEAKKKLEE AKKSVKAYLD CVSRARNEKE KKECEKLLTP EAKKLLEQQ ALDCLKNAKT DKERKKCLKD LPKDLQKKVL AKESVKAYLD CVSQAKTEAE KKECEKLLTP EARKLLEEAK KSVKAYLDCV SQAKTEAEK KECEKLLTPE ARKLLEEEAK ESVKAYLDCV SQAKNEAEKK ECEKLLTLES KKKLEEAKKS VKAYLDCVSQ A KTEAEKKE CEKLLTPEAK KLLEQQALDC LKNAKTEADK KRCVKDLPKD LQKKVLAKES LKAYKDCVSK ARNEKEKKEC EK LLTPEAK KLLEEAKKSV KAYLDCVSQA KTEAEKKECE KLLTPEARKL LEEAKESVKA YKDCVSKARN EKEKKECEKL LTP EAKKLL EQQVLDCLKN AKTEADKKRC VKDLPKDLQK KVLAKESVKA YLDCVSRARN EKEKKECEKL LTPEAKKLLE EAKE SLKAY KDCLSQARNE EERRACEKLL TPEARKLLEQ EVKKSIKAYL DCVSRARNEK EKKECEKLLT PEARKFLAKQ VLNCL EKAG NEEERKACLK NLPKDLQENI LAKESLKAYK DCLSQARNEE ERRACEKLLT PEARKLLEQE VKKSVKAYLD CVSRAR NEK EKKECEKLLT PEARKFLAKE LQQKDKAIKD CLKNADPNDR AAIMKCLDGL SDEEKLKYLQ EAREKAVADC LAMAKTD EE KRKCQNLYSD LIQEIQNKRT QNKQNQLSKT ERLHQASECL DNLDDPTDQE AIEQCLEGLS DSERALILGI KRQADEVD L IYSDLRNRKT FDNMAAKGYP LLPMDFKNGG DIATINATNV DADKIASDNP IYASIEPDIA KQYETEKTIK DKNLEAKLA KALGGNKKDD DKEKSKKSTA EAKAENNKID KDVAETAKNI SEIALKNKKE KSGEFVDENG NPIDDKKKAE KQDETSPVKQ AFIGKSDPT FVLAQYTPIE ITLTSKVDAT LTGIVSGVVA KDVWNMNGTM ILLDKGTKVY GNYQSVKGGT PIMTRLMIVF T KAITPDGV IIPLANAQAA GMLGEAGVDG YVNNHFMKRI GFAVIASVVN SFLQTAPIIA LDKLIGLGKG RSERTPEFNY AL GQAINGS MQSSAQMSNQ ILGQLMNIPP SFYKNEGDSI KILTMDDIDF SGVYDVKITN KSVVDEIIKQ STKTLSREHE EIT TSPKGG N UniProtKB: Type IV secretion system apparatus protein CagY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 59.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 68.95 |
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得られたモデル | PDB-6odi: PDB-6oee: PDB-6oef: PDB-6oeg: PDB-6oeh: |