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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1970 | |||||||||
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タイトル | Negative stained image reconstruction of HIV spike protein in complex with PGT128 Fab at 14 Angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | HIV Envelope protein in complex with Fab PGT128 | |||||||||
試料 |
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キーワード | HIV / broadly neutralizing antibody / glycan shield | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Khayat R / Pejchal R / Julien J-P / Wilson IA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2011 タイトル: A potent and broad neutralizing antibody recognizes and penetrates the HIV glycan shield. 著者: Robert Pejchal / Katie J Doores / Laura M Walker / Reza Khayat / Po-Ssu Huang / Sheng-Kai Wang / Robyn L Stanfield / Jean-Philippe Julien / Alejandra Ramos / Max Crispin / Rafael Depetris / ...著者: Robert Pejchal / Katie J Doores / Laura M Walker / Reza Khayat / Po-Ssu Huang / Sheng-Kai Wang / Robyn L Stanfield / Jean-Philippe Julien / Alejandra Ramos / Max Crispin / Rafael Depetris / Umesh Katpally / Andre Marozsan / Albert Cupo / Sebastien Maloveste / Yan Liu / Ryan McBride / Yukishige Ito / Rogier W Sanders / Cassandra Ogohara / James C Paulson / Ten Feizi / Christopher N Scanlan / Chi-Huey Wong / John P Moore / William C Olson / Andrew B Ward / Pascal Poignard / William R Schief / Dennis R Burton / Ian A Wilson / 要旨: The HIV envelope (Env) protein gp120 is protected from antibody recognition by a dense glycan shield. However, several of the recently identified PGT broadly neutralizing antibodies appear to ...The HIV envelope (Env) protein gp120 is protected from antibody recognition by a dense glycan shield. However, several of the recently identified PGT broadly neutralizing antibodies appear to interact directly with the HIV glycan coat. Crystal structures of antigen-binding fragments (Fabs) PGT 127 and 128 with Man(9) at 1.65 and 1.29 angstrom resolution, respectively, and glycan binding data delineate a specific high mannose-binding site. Fab PGT 128 complexed with a fully glycosylated gp120 outer domain at 3.25 angstroms reveals that the antibody penetrates the glycan shield and recognizes two conserved glycans as well as a short β-strand segment of the gp120 V3 loop, accounting for its high binding affinity and broad specificity. Furthermore, our data suggest that the high neutralization potency of PGT 127 and 128 immunoglobulin Gs may be mediated by cross-linking Env trimers on the viral surface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1970.map.gz | 14.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1970-v30.xml emd-1970.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1970.png | 246.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1970 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1970 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1970_validation.pdf.gz | 198.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1970_full_validation.pdf.gz | 197.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1970_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1970 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1970 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HIV Envelope protein in complex with Fab PGT128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of ...
全体 | 名称: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGT128 monoclonal antibody |
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要素 |
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-超分子 #1000: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of ...
超分子 | 名称: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGT128 monoclonal antibody タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: One trimer binds to three Fabs / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 445 KDa / 手法: Size exclusion chromatography and light scattering |
-分子 #1: Human immunodeficiency virus envelope protein
分子 | 名称: Human immunodeficiency virus envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Spike protein 詳細: The PGT128 Fab was complexed to the spike protein, partially deglycosylated, purified using size exclusion chromatography, and concentrated. コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) 株: KNH1144 SOSIP 664G / 別称: Spike protien |
組換発現 | 生物種: 293S / 組換プラスミド: pP14 |
-分子 #2: PGT128 monoclonal antibody fragment
分子 | 名称: PGT128 monoclonal antibody fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Fab fragment / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% Uranyl Formate for 30 seconds |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 293 K / 最高: 293 K / 平均: 293 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: -2 mrad |
日付 | 2011年8月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 0.109 µm / 実像数: 357 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.95 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |