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万見
- EMDB-19671: In situ cryo-electron tomogram of Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19671
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of Saccharomyces cerevisiae
マップデータ
試料
  • 細胞: Saccharomyces cerevisiae (yeast)
キーワードSaccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / yeast (酵母) / UNKNOWN FUNCTION
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Comet M / Dijkman PM / Boer Iwema R / Franke T / Masiulis S / Schampers R / Raschdorf O / Grollios F / Pryor Jr EE / Drulyte I
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Tomo Live: an on-the-fly reconstruction pipeline to judge data quality for cryo-electron tomography workflows.
著者: Maxime Comet / Patricia M Dijkman / Reint Boer Iwema / Tilman Franke / Simonas Masiulis / Ruud Schampers / Oliver Raschdorf / Fanis Grollios / Edward E Pryor / Ieva Drulyte /
要旨: Data acquisition and processing for cryo-electron tomography can be a significant bottleneck for users. To simplify and streamline the cryo-ET workflow, Tomo Live, an on-the-fly solution that ...Data acquisition and processing for cryo-electron tomography can be a significant bottleneck for users. To simplify and streamline the cryo-ET workflow, Tomo Live, an on-the-fly solution that automates the alignment and reconstruction of tilt-series data, enabling real-time data-quality assessment, has been developed. Through the integration of Tomo Live into the data-acquisition workflow for cryo-ET, motion correction is performed directly after each of the acquired tilt angles. Immediately after the tilt-series acquisition has completed, an unattended tilt-series alignment and reconstruction into a 3D volume is performed. The results are displayed in real time in a dedicated remote web platform that runs on the microscope hardware. Through this web platform, users can review the acquired data (aligned stack and 3D volume) and several quality metrics that are obtained during the alignment and reconstruction process. These quality metrics can be used for fast feedback for subsequent acquisitions to save time. Parameters such as Alignment Accuracy, Deleted Tilts and Tilt Axis Correction Angle are visualized as graphs and can be used as filters to export only the best tomograms (raw data, reconstruction and intermediate data) for further processing. Here, the Tomo Live algorithms and workflow are described and representative results on several biological samples are presented. The Tomo Live workflow is accessible to both expert and non-expert users, making it a valuable tool for the continued advancement of structural biology, cell biology and histology.
履歴
登録2024年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19671.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 616 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.9 Å
密度
最小 - 最大-32768.0 - 32767.0
平均 (標準偏差)4257.669399999999769 (±4541.545399999999972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10241024308
Spacing10241024308
セルA: 8089.6 Å / B: 8089.6 Å / C: 2433.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae (yeast)

全体名称: Saccharomyces cerevisiae (yeast)
要素
  • 細胞: Saccharomyces cerevisiae (yeast)

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae (yeast)

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae (yeast) / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 / 集束イオンビーム - 時間: 2400 / 集束イオンビーム - 温度: 91 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 7000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: Rough milling with 300-1000 pA, polishing with 10-100 pA.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed ...集束イオンビーム - 詳細: Rough milling with 300-1000 pA, polishing with 10-100 pA.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 37 / 平均電子線量: 3.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT)
詳細: Reconstruction was obtained using Tomo Live on-the-fly reconstruction pipeline
使用した粒子像数: 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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