[日本語] English
万見
- EMDB-18903: CryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, head domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18903
タイトルCryoEM structure of wheat 40S ribosomal subunit, head domain
マップデータ
試料
  • 複合体: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードsmall ribosomal subunit / wheat (コムギ) / eukaryotes (真核生物) / 40S / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


色素体 / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...色素体 / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a ...: / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ubiquitin family / Ribosomal protein S14 / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ubiquitin homologues / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9 / ユビキチン様タンパク質 / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S9 signature. / Ubiquitin domain profile. / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7c / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S16 ...40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7c / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S19 / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kravchenko OV / Baymukhametov TN / Afonina ZA / Vasilenko KS
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation19-74-20186 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Structure and Internal Mobility of a Plant 40S Ribosomal Subunit.
著者: Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Zhanna A Afonina / Konstantin S Vassilenko /
要旨: Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has ...Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has been resolved to date; it especially concerns plant ribosomes and ribosomal subunits. Here, we report a high-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the small subunit of the (common wheat) cytoplasmic ribosome. A detailed atomic model was built that includes the majority of the rRNA and some of the protein modifications. The analysis of the obtained data revealed structural peculiarities of the 40S subunit in the monocot plant ribosome. We applied the 3D Flexible Refinement approach to analyze the internal mobility of the 40S subunit and succeeded in decomposing it into four major motions, describing rotations of the head domain and a shift in the massive rRNA expansion segment. It was shown that these motions are almost uncorrelated and that the 40S subunit is flexible enough to spontaneously adopt any conformation it takes as a part of a translating ribosome or ribosomal complex. Here, we introduce the first high-resolution structure of an isolated plant 40S subunit and the first quantitative analysis of the flexibility of small ribosomal subunits, hoping that it will help in studying various aspects of ribosome functioning.
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18903.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-5.601671 - 9.427519
平均 (標準偏差)0.0029629015 (±0.08703385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 412.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: sharp

ファイルemd_18903_additional_1.map
注釈sharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18903_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18903_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

全体名称: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
要素
  • 複合体: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
    • タンパク質・ペプチド: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7c
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein RACK1 subfamily. WD repeat G protein beta familyリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • RNA: RNA (458-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like domain-containing protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

超分子名称: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 株: Moskovskaya / 器官: seed / 組織: germ / 細胞中の位置: cytoplasm

+
分子 #1: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein

分子名称: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 20.463965 KDa
配列文字列:
MIISKKNRNE ICKYLFQEGV LYAKKDYNLA KHPQIDVPNL QVIKLMQSFK SKEYVRETFS WQHYYWYLTN DGIEFLRNFL NLPSEIVPA TLKKSARPPG RPLGSGPPGD RPRGPPRFEG DRPRYGDRDG YRGGPRGAPG DFGGEKGGAP AEFQPSFRSS G GGGFGRGG GGGFGRGGGG GGGFGASPME

UniProtKB: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.364775 KDa
配列文字列:
MAEENAPVEV AAPVAAPTPV LGEPMDLMTA LQLVMKKSSA HDGLVKGLRE AAKAIEKHAA QICVLAEDCD QPDYVKLVKA LCAEHNVHL VTVPSAKTLG EWAGLCKIDS EGKARKVVGC SCVVVKDYGE DSEGLHIVQE YVKSH

UniProtKB: 40S ribosomal protein S12

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.39873 KDa
配列文字列: MATQISKKKK FVSDGVFYAE LNEMLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SVVQKRFNFP ENGVELYAE KVVNRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFVMES GAKGCEVIVS GKLRAQRAKS MKFKDGYMIS S GQPVNEYI ...文字列:
MATQISKKKK FVSDGVFYAE LNEMLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SVVQKRFNFP ENGVELYAE KVVNRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFVMES GAKGCEVIVS GKLRAQRAKS MKFKDGYMIS S GQPVNEYI DAAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLDWDPKGKL GPTTPLPDLV TIHPPKEEDE LRPPALVEV

UniProtKB: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS7c

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.350879 KDa
配列文字列: MAVVEPVPGG DVKLFNRWTF EDVQVSDISL NDYLAVTSMK HYTFLPHSAG RYSAKRFRKA QCPIIERLTN SLMMHGRNNG KKIMAVRII KHTMEIIHLL TDANPIQIIV DAIINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL LTTGARESAF R NVKTIAEC ...文字列:
MAVVEPVPGG DVKLFNRWTF EDVQVSDISL NDYLAVTSMK HYTFLPHSAG RYSAKRFRKA QCPIIERLTN SLMMHGRNNG KKIMAVRII KHTMEIIHLL TDANPIQIIV DAIINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL LTTGARESAF R NVKTIAEC LADELINAAK GSSNSYAIKK KDEIERVAKA NR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7c

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.856967 KDa
配列文字列:
MAAVLTRPTP GTVQCFGRKK TAVAVAYCKP GRGLIKVNGA PIELIRPEML RLKAFEPILL AGRSRFKDID MRIRVRGGGK TSQIYSIRQ AIAKSLVAYY QKYVDEAAKK EVKEIFGRYD RTLLVADPRR CEPKKFGGRG ARARFQKSYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16

+
分子 #6: Ribosomal protein S20

分子名称: Ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.128448 KDa
配列文字列:
MATELAYAPP MKSGKLGFEG TQEVQHRIRI TLSSKSVKNL EKVCSDLVKG AKEKQLKVKG PVRMPTKVLN ITTRKSPCGE GTNTWDRFE MRVHKRVIDL VSSPDVVKQI TSITIEPGVE VEVTISDQ

UniProtKB: Ribosomal protein S20

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S19

分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.097604 KDa
配列文字列:
MATVPAPAAE TAASTARTVK DVNPHEFVKA YSAHLKRSGK MELPEWVDIV KTARFKELPP SDADWYYIRA ASMARKIYLR QGIGIGGFQ KIYGGRQRNG SRPPHFCKSS GAVSRNILQE LQKMGIIDVD PKGGRLITSQ GRRDLDQVAG TVPAEF

UniProtKB: 40S ribosomal protein S19

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 12.094188 KDa
配列文字列:
MAPKKEKAPA ASSKPAKSGG GKQKKKKWSK GKQKEKVNNA VLFDQATYDK LLTEVPKYKQ ITPSVLSERL RINGSLARRA IKDLMERGL IRMVSIHSSQ QIFTRATNT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 7.477787 KDa
配列文字列:
MDTQVKLAVV VKVMGRTGSR GQVTQVRVKF LDDQNRLIMR NVKGPVREGD ILTLLESERE ARRLR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S28

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.39244 KDa
配列文字列:
MGHSNVWNSH PKNYGAGSRV CRVCGNSHGL IRKYGLMCCR QCFRSDAKDI GFIKYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #11: Ribosomal protein RACK1 subfamily. WD repeat G protein beta family

分子名称: Ribosomal protein RACK1 subfamily. WD repeat G protein beta family
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 36.200527 KDa
配列文字列: MAGAQESLVY AGVMRGHNDV VTAIATPIDN SPFIVSSSRD KSLLVWDLTN PIQATQDSSS EYGVPFRRLT GHGHFVQDVV LSSDGQFAL SGSWDGELRL WDLSTGVTTR RFVGHEKDVL SVAFSIDNRQ IVSASRDRTI KLWNTLGECK YTIGGDLGGG E GHTGWVSC ...文字列:
MAGAQESLVY AGVMRGHNDV VTAIATPIDN SPFIVSSSRD KSLLVWDLTN PIQATQDSSS EYGVPFRRLT GHGHFVQDVV LSSDGQFAL SGSWDGELRL WDLSTGVTTR RFVGHEKDVL SVAFSIDNRQ IVSASRDRTI KLWNTLGECK YTIGGDLGGG E GHTGWVSC VRFSPNNFAP TIVSGSWDRS VKVWNLTNCK LRCTLDGHGG YVSAVAVSPD GSLCASGGKD GVTLLWDLTE GK RLYSLDA GSIINSLCFS PNRYWLCAAT QDSIKIWDLE SKHIVQDLRP EVPVSTKQML YCTCLSWSAD GSTLYAGYTD GTI RIYKIS GFSYSS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: Putative ribosomal protein S18

分子名称: Putative ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.702686 KDa
配列文字列:
MSLIAGEEFQ HILRVLNTNV DGKQKIMFAL TSIKGVGRRF SNIVCKKADI DMNKRAGELS AEEMDRLMAV VHNPRQFKVP DWFLNRKKD YKDGRFSQVV SNAVDMKLRD DLERLKKIRN HRGLRHYWGV RVRGQHTKTT GRRGKTVGVS KKR

UniProtKB: Putative ribosomal protein S18

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.295375 KDa
配列文字列:
MADVDVDPEV AAAGPKKRTF RKFSYRGVDL DALLDMSTED LVQLFPARPR RRFSRGLKRK PMALVKKLRK AKSEAPAGEK PEQVRTHLR NMIIMPEMIG SVVGIYNGKC FNQVEIKPEM IGHYLAEFSL SYKPVKHGRP GIGATHSSRF IPLK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.47909 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KTSRQVIEKY YSRMTLDFHT NKKVLEEVSI LQSKRLRNKV AGFTTHLMRR IQRGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPEKS ALEVDEIRVD KETMDMLAFL GMADLPGVER APEATSAAAP YRQPFNGPRG GNRA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17

+
分子 #16: Ubiquitin-like domain-containing protein

分子名称: Ubiquitin-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.692639 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKTYTKPK KQKHKHKKVK LAVLQFYKVD DATGKVTRLR KECPNADCGA GTFMANHFDR HYCGKCGLTY VYNQKA

UniProtKB: Ubiquitin-like domain-containing protein

+
分子 #15: RNA (458-MER)

分子名称: RNA (458-MER) / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 584.382812 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUG(PSU)CU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGA A CCAAUUUGAA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU ACG UGCUAC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUG(PSU)CU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGA A CCAAUUUGAA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU ACG UGCUAC UCGGAUAACC GUAGUAAUUC UAG(A2M)GCUAA(OMU) ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGGAGGG GCGCAU UUA (PSU)UAGAUAAAA GGCUGACGCG GGCUCUGCUC GCUGAUCC(OMG)A UGAUUCA(PSU)GA (PSU)AACUCGACG G AUCGCACG GCCUUCGUGC CGGCGACGCA UCA(PSU)UCAAA(PSU) U(PSU)CUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AGGGGCCUA CCAUGGUGGU GACGGG(PSU)GAC GGAGAAUUAG GGUUCGAUUC CGGAGA(OMG)GGA GCCUGAGAAA CGG CUACCA CAU(OMC)CAAGG(A2M) AGGCAGCAG(OMG) CGCGC(A2M)AAUU ACCCAAUCCU GACACGGGGA GGU(A2M) GUGAC AAUAAAUAAC AAUACCGGGC GCAUUAGUGU CUGGUAAUUG GAAUGAGUAC AAUCUAAAUC CCUUAACGAG G (A2M)UCCAUUG GAGGGCAAGU CUGGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUUCCAGCU CCAAUA(OMG)CGU A(UY1)A(PSU) (PSU)UAAG UUG(OMU)UGCAGU U(A2M)AAAAGCUC GUAG(PSU)UGGAC CUUGGGCCGG GUCGGCCGGU CCGCCUCAC GGCGAGCACC GACCUACUCG ACCCUUCGGC CGGCAUCGCG CUCCUAGCCU UAAUUGGCCG GGUCGUGUUU CCGGCAUCGU UACUUUGAA GAAA(PSU)(PSU)AGAG UGCUCAAAGC AAGCCAUCGC UCUGGAUACA UU(A2M)GCA(PSU)GGG A (PSU)AACAUCA UAGGAUUCCG GUCCUAUUGU GUUGGCCUUC GGGAUCGGAG UAAUGAUUAA UAGGGACAGU CGGGGGCA U UCGUAUUUCA UAGUCAGAGG UGAAAUUCUU GGAUUUAUGA AAGACGAACA ACUGCGAAAG CAUUUGCCAA GGAUGUUUU CAUUAAUCAA GA(A2M)CGAAAGU UGGGGGCUCG AAGACGA(PSU)CA GAUACCG(OMU)CC UAGUCUCAAC CAUAAACG A UGCCGACCAG GGAUCGGCGG AUGUUGCUUA UAGGACUCCG CCGGCACC(PSU)U AUGAGAAAUC AAAG(PSU)CUUUG G G(PSU)UCCGGG GGGAGUA(PSU)GG UCGCAA(OMG)GCU GAAACUUAAA GGAAUUGACG GAAGGCACCA CCAGGCGUGG AGCC(PSU)GCGG CUUAAUU(PSU)GA CUCAACACGG GGAAACUUAC CAGG(PSU)(OMC)CAGA CAUAGCAAGG A (OMU)UGACAGA CUGAGAGCUC UUUCUUGAUU C(OMU)A(OMU)GGGUGG (OMU)G(OMG)UGCAUGG C(4AC)GUUCUU A GU(PSU)GGUG(OMG)AG CGA(PSU)UUG(PSU)CU GG(PSU)UAAUUCC GUUAACGA(A2M)C GAGA(OMC)CUCAG C CUGCUAAC UAGCUAUGCG GAGCCAUCC(OMC) (PSU)CCGCAGCUA GCU(OMU)CUUAGA GGGACUAUCG CCGUU(PSU) AGG CGACGGAAGU UUGAGGCAAU AACA(OMG)GUCUG (PSU)GAUGCCC(OMU)U AGAUGUUCUG GGCCGCACGC GCGCU ACAC (PSU)GAUGUAUUC AACGAGUAUA UAGCCUUGGC CGACAGGCCC GGGUAAUCUU GGGAAA(PSU)U(PSU)C AUCG UGAUG GGGAUAGAUC AUUGCAAUUG U(PSU)GGUCUUCA ACG(A2M)G(7MG)AAUG CCUAGUAAGC GCGAGUCA(PSU) CAGC(PSU)CGCGU (PSU)GACUACGUC CCUGCCCUU(PSU) GUACACACCG (OMC)CCGUCGCUC CUACCGAUUG AAUG GUCCG GUGAAGUGUU CGGAUCGCGG CGACGGGGGC GGUUCGCCGC CCCCGACGUC GCGAGAAGUC CAUUGAACCU UAUCA UUUA GAGGA(A2M)GGAG AAGUCGUA(6MZ)C AAGGUUUC(4AC)G UAGGUG(MA6)(MA6)CC UGCGGAAGGA UCAUUG

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 20 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #19: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 357 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 10
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6201 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 84.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 982063
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 256000
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る