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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1864 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus | |||||||||
マップデータ | 3D cryo-EM reconstruction of the expanded form of Turnip Crinkle Virus | |||||||||
試料 |
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キーワード | Turnip crinkle virus / genomic RNA structure / genome uncoating / ssRNA virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Turnip crinkle virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bakker SE / Robottom J / Pearson AR / Stockley PG / Ranson NA | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 1986 タイトル: Structure and assembly of turnip crinkle virus. I. X-ray crystallographic structure analysis at 3.2 A resolution. 要旨: The structure of turnip crinkle virus has been determined at 3.2 A resolution, using the electron density of tomato bushy stunt virus as a starting point for phase refinement by non-crystallographic ...The structure of turnip crinkle virus has been determined at 3.2 A resolution, using the electron density of tomato bushy stunt virus as a starting point for phase refinement by non-crystallographic symmetry. The structures are very closely related, especially in the subunit arm and S domain, where only small insertions and deletions and small co-ordinate shifts relate one chain to another. The P domains, although quite similar in fold, are oriented somewhat differently with respect to the S domains. Understanding of the structure of turnip crinkle virus has been important for analyzing its assembly, as described in an accompanying paper. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1864.map.gz | 48 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1864-v30.xml emd-1864.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1864.png | 151.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1864 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1864 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1864_validation.pdf.gz | 224.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1864_full_validation.pdf.gz | 224 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1864_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1864 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1864 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D cryo-EM reconstruction of the expanded form of Turnip Crinkle Virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Turnip crinkle virus
全体 | 名称: Turnip crinkle virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Turnip crinkle virus
超分子 | 名称: Turnip crinkle virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 6.8 MDa |
-超分子 #1: Turnip crinkle virus
超分子 | 名称: Turnip crinkle virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Turnip crinkle virus / NCBI-ID: 11988 / 生物種: Turnip crinkle virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Turnip crinkle virus |
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宿主 | 生物種: Brassica rapa subsp. rapa (カブラ) |
分子量 | 理論値: 6.8 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Expanded / 直径: 380 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 5 mM EDTA |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Double sided automated blotter and plunger 手法: Blot 1.6 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 41 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 52911 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase-flipping each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 5121 |
最終 2次元分類 | クラス数: 110 |