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- EMDB-18480: Pseudorabies virus nuclear C-capsid (WT) vertices determined in situ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18480
タイトルPseudorabies virus nuclear C-capsid (WT) vertices determined in situ
マップデータUnmasked
試料
  • 細胞: PrV C-capsid in the nucleus of porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells
キーワードCapsid (カプシド) / capsid vertex specific component / in situ (In situ) / virus (ウイルス)
生物種Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Mironova Y / Prazak V / Vasishtan D
資金援助 英国, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust209250/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust099683/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
German Research Foundation (DFG)390874280 ドイツ
German Research Foundation (DFG)453548970 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NECing goes: flexibility of the herpesvirus nuclear egress complex
著者: Prazak V / Mironova Y / Vasishtan D / Hagen C / Laugks U / Jensen Y / Sanders S / Heumann JM / Bosse JB / Klupp B / Mettenleiter TC / Grange M / Grunewald K
履歴
登録2023年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18480.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unmasked
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.000279
最小 - 最大-0.00084221817 - 0.00091903884
平均 (標準偏差)0.00001844562 (±0.00018515573)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ72112112
Spacing11272112
セルA: 795.2 Å / B: 511.19998 Å / C: 795.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sub-tomogram average of the nuclear A-capsids, unmasked

ファイルemd_18480_additional_1.map
注釈Sub-tomogram average of the nuclear A-capsids, unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sub-tomogram average of the nuclear B-capsids, unmasked

ファイルemd_18480_additional_2.map
注釈Sub-tomogram average of the nuclear B-capsids, unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered

ファイルemd_18480_half_map_1.map
注釈Unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered

ファイルemd_18480_half_map_2.map
注釈Unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PrV C-capsid in the nucleus of porcine epithelial-like embryonic ...

全体名称: PrV C-capsid in the nucleus of porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells
要素
  • 細胞: PrV C-capsid in the nucleus of porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells

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超分子 #1: PrV C-capsid in the nucleus of porcine epithelial-like embryonic ...

超分子名称: PrV C-capsid in the nucleus of porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Cells were infected with wt PrV (Kaplan) for 10h
由来(天然)生物種: Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Vitrified samples were milled using dual beam cryo-FIB-SEM (Aquilos).

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 1920 / ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 1920
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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