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万見
- EMDB-18474: Subtomogram average of pseudorabies virus nuclear egress complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18474
タイトルSubtomogram average of pseudorabies virus nuclear egress complex (UL31/34) determined in situ
マップデータPseudorabies virus nuclear egress complex determined in situ
試料
  • 複合体: Nuclear Egress Complex of Pseudorabies Virus (Kaplan strain) in situ
キーワードin situ (In situ) / nuclear egress / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Prazak V / Grange M / Vasishtan D
資金援助 英国, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust209250/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
German Research Foundation (DFG)390874280 ドイツ
Wellcome Trust107806/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust099683/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NECing goes: flexibility of the herpesvirus nuclear egress complex
著者: Prazak V / Mironova Y / Vasishtan D / Hagen C / Laugks U / Jensen Y / Sanders S / Heumann JM / Bosse JB / Klupp B / Mettenleiter TC / Grange M / Grunewald K
履歴
登録2023年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18474.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 844.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pseudorabies virus nuclear egress complex determined in situ
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.55 Å
密度
表面レベル登録者による: 52.689999999999998
最小 - 最大-213.856699999999989 - 119.119484
平均 (標準偏差)-6.123051 (±47.866207000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 213.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_18474_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: masked, sharpened volume

ファイルemd_18474_additional_2.map
注釈masked, sharpened volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1

ファイルemd_18474_half_map_1.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2

ファイルemd_18474_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear Egress Complex of Pseudorabies Virus (Kaplan strain) in situ

全体名称: Nuclear Egress Complex of Pseudorabies Virus (Kaplan strain) in situ
要素
  • 複合体: Nuclear Egress Complex of Pseudorabies Virus (Kaplan strain) in situ

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超分子 #1: Nuclear Egress Complex of Pseudorabies Virus (Kaplan strain) in situ

超分子名称: Nuclear Egress Complex of Pseudorabies Virus (Kaplan strain) in situ
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 2002
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.4 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 16 / 使用した粒子像数: 423109 / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET
詳細: FSC was calculated by taking the final particles, splitting them into two groups and randomising their orientations by a maximum of 15 degrees. These two groups were then separately refined.
使用したサブトモグラム数: 135576
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4z3u

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4z3u

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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