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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18231 | |||||||||
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タイトル | CryoDRGN Reconstruction of 80S Ribosome in Rotated State from S.cerevisiae Prepared using Cryo-plasmaFIB Milling | |||||||||
マップデータ | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | |||||||||
試料 |
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キーワード | yeast 80S / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Rangan R / Khavnekar S / Lerer A / Johnston J / Kelley R / Obr M / Kotecha A / Zhong ED | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Deep reconstructing generative networks for visualizing dynamic biomolecules inside cells 著者: Rangan R / Khavnekar S / Lerer A / Johnston J / Kelley R / Obr M / Kotecha A / Zhong ED | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18231.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18231-v30.xml emd-18231.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18231_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18231.png | 81.3 KB | ||
マスクデータ | emd_18231_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_18231_half_map_1.map.gz emd_18231_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18231 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18231 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.96 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18231_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast
ファイル | emd_18231_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast
ファイル | emd_18231_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 80S S. cerevisiae
全体 | 名称: 80S S. cerevisiae |
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要素 |
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-超分子 #1: 80S S. cerevisiae
超分子 | 名称: 80S S. cerevisiae / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |