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- EMDB-18225: cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18225
タイトルcryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region)
マップデータ
試料
  • 複合体: human pre-catalytic spliceosome
    • RNA: x 4種
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
キーワードspliceosome (スプライセオソーム) / pre-catalytic spliceosome / spliceosomal B complex / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / snRNP binding ...microfibril / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / snRNP binding / 核小体 / transcription elongation factor activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / positive regulation of androgen receptor activity / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / proline-rich region binding / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / box C/D snoRNP assembly / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / RNA polymerase binding / U4 snRNP / rRNA modification in the nucleus and cytosol / U2 snRNP / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / U3 snoRNA binding / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Minor Pathway / single fertilization / MLL1 complex / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / カハール体 / 転写後修飾 / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / pre-mRNA intronic binding / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / maturation of LSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / small-subunit processome / mRNA Splicing - Major Pathway / nuclear receptor coactivator activity / RNA splicing / response to cocaine / nuclear receptor binding / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / spliceosomal complex / protein modification process / ribosomal small subunit biogenesis / protein tag activity / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / transcription corepressor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / cytosolic large ribosomal subunit / ATPase binding / cellular response to lipopolysaccharide / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / 細胞周期 / 細胞分裂 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / クロマチン / 核小体 / GTP binding / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
WW domain-binding protein 4 / Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Transcription elongation regulator 1-like ...WW domain-binding protein 4 / Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Transcription elongation regulator 1-like / PRP38 family / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / FF domain / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / FF domain / PWI domain superfamily / FF domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Snu114, GTP-binding domain / Tetratricopeptide repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Tetratricopeptide repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / WWドメイン / WW/rsp5/WWP domain signature. / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / EF-G domain III/V-like / WWドメイン / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation regulator 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / WW domain-binding protein 4 / Pre-mRNA-processing factor 6 / Protein BUD31 homolog / Microfibrillar-associated protein 1 / NHP2-like protein 1 / Thioredoxin-like protein 4A ...Transcription elongation regulator 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / WW domain-binding protein 4 / Pre-mRNA-processing factor 6 / Protein BUD31 homolog / Microfibrillar-associated protein 1 / NHP2-like protein 1 / Thioredoxin-like protein 4A / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor 38A / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Zinc finger matrin-type protein 2 / Ubiquitin-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang Z / Kumar V / Dybkov O / Will CL / Urlaub H / Stark H / Luehrmann R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: New insights into the functions of B complex proteins revealed by cryo-EM of dimerized spliceosomes
著者: Zhang Z / Kumar V / Dybkov O / Will CL / Urlaub H / Stark H / Luehrmann R
履歴
登録2023年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18225.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.11173251 - 0.23956151
平均 (標準偏差)0.00047533226 (±0.005526795)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 603.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18225_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18225_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human pre-catalytic spliceosome

全体名称: human pre-catalytic spliceosome
要素
  • 複合体: human pre-catalytic spliceosome
    • RNA: U5 snRNA
    • RNA: U6 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3A subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin-like protein 4A
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 38A
    • タンパク質・ペプチド: Microfibrillar-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: NHP2-like protein 1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Protein BUD31 homolog
    • タンパク質・ペプチド: WW domain-binding protein 4
    • RNA: MINX pre-mRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein 5
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 6
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation regulator 1
    • RNA: U4 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger matrin-type protein 2
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3

+
超分子 #1: human pre-catalytic spliceosome

超分子名称: human pre-catalytic spliceosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11, #13-#20, #12, #21
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.254855 KDa
配列文字列:
AUACUCUGGU UUCUCUUCAG AUCGCAUAAA UCUUUCGCCU UUUACUAAAG AUUUCCGUGG AGAGGAACAA CUCUGAGUCU UAACCCAAU UUUUUGAGGC CUUGCUUUGG CAAGGCUA

GENBANK: GENBANK: AC105129.4

+
分子 #2: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.09827 KDa
配列文字列:
GUGCUCGCUU CGGCAGCACA UAUACUAAAA UUGGAACGAU ACAGAGAAGA UUAGCAUGGC CCCUGCGCAA GGAUGACACG CAAAUUCGU GAAGCGUUCC AUAUUUU

GENBANK: GENBANK: NR_004394.1

+
分子 #11: MINX pre-mRNA

分子名称: MINX pre-mRNA / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.300453 KDa
配列文字列: GGUACCUAAU ACGACUCACU AUAGGGAGAC GGAAUUCGAG CUCGCCCACU CUUGGAUCGG AAACCCGUCG GCCUCCGAAC GGUAAGAGC CUAGCAUGUA GAACUGGUUA CCUGCAGCCC AAGCUUGCUG CACGUCUAGG GCGCAGUAGU CCAGGGUUUC C UUGAUGAU ...文字列:
GGUACCUAAU ACGACUCACU AUAGGGAGAC GGAAUUCGAG CUCGCCCACU CUUGGAUCGG AAACCCGUCG GCCUCCGAAC GGUAAGAGC CUAGCAUGUA GAACUGGUUA CCUGCAGCCC AAGCUUGCUG CACGUCUAGG GCGCAGUAGU CCAGGGUUUC C UUGAUGAU GUCAUACUUA UCCUGUCCCU UUUUUUUCCA CAGCUCGCGG UUGAGGACAA ACUCUUCGCG GUCUUUCCAG UG GGGAUCC AAUAUCCGUA CACCAUCAGG GUACGAGCUA GCCCAUGGCG UACACCAUCA GGGUACGACU AGUAGAUCUC GUA CACCAU CAGGGUACGG AAUUCUCUAG A

+
分子 #20: U4 snRNA

分子名称: U4 snRNA / タイプ: rna / ID: 20 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.528465 KDa
配列文字列:
AGCUUUGCGC AGUGGCAGUA UCGUAGCCAA UGAGGUUUAU CCGAGGCGCG AUUAUUGCUA AUUGAAAACU UUUCCCAAUA CCCCGCCGU GACGACUUGC AAUAUAGUCG GCAUUGGCAA UUUUUGACAG UCUCUACGGA GACUGG

+
分子 #3: Splicing factor 3A subunit 1

分子名称: Splicing factor 3A subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.991094 KDa
配列文字列: MPAGPVQAVP PPPPVPTEPK QPTEEEASSK EDSAPSKPVV GIIYPPPEVR NIVDKTASFV ARNGPEFEAR IRQNEINNPK FNFLNPNDP YHAYYRHKVS EFKEGKAQEP SAAIPKVMQQ QQQTTQQQLP QKVQAQVIQE TIVPKEPPPE FEFIADPPSI S AFDLDVVK ...文字列:
MPAGPVQAVP PPPPVPTEPK QPTEEEASSK EDSAPSKPVV GIIYPPPEVR NIVDKTASFV ARNGPEFEAR IRQNEINNPK FNFLNPNDP YHAYYRHKVS EFKEGKAQEP SAAIPKVMQQ QQQTTQQQLP QKVQAQVIQE TIVPKEPPPE FEFIADPPSI S AFDLDVVK LTAQFVARNG RQFLTQLMQK EQRNYQFDFL RPQHSLFNYF TKLVEQYTKI LIPPKGLFSK LKKEAENPRE VL DQVCYRV EWAKFQERER KKEEEEKEKE RVAYAQIDWH DFVVVETVDF QPNEQGNFPP PTTPEELGAR ILIQERYEKF GES EEVEME VESDEEDDKQ EKAEEPPSQL DQDTQVQDMD EGSDDEEEGQ KVPPPPETPM PPPLPPTPDQ VIVRKDYDPK ASKP LPPAP APDEYLVSPI TGEKIPASKM QEHMRIGLLD PRWLEQRDRS IREKQSDDEV YAPGLDIESS LKQLAERRTD IFGVE ETAI GKKIGEEEIQ KPEEKVTWDG HSGSMARTQQ AAQANITLQE QIEAIHKAKG LVPEDDTKEK IGPSKPNEIP QQPPPP SSA TNIPSSAPPI TSVPRPPTMP PPVRTTVVSA VPVMPRPPMA SVVRLPPGSV IAPMPPIIHA PRINVVPMPP SAPPIMA PR PPPMIVPTAF VPAPPVAPVP APAPMPPVHP PPPMEDEPTS KKLKTEDSLM PEEEFLRRNK GPVSIKVQVP NMQDKTEW K LNGQVLVFTL PLTDQVSVIK VKIHEATGMP AGKQKLQYEG IFIKDSNSLA YYNMANGAVI HLALKERGGR KK

UniProtKB: Splicing factor 3A subunit 1

+
分子 #4: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.560625 KDa
配列文字列: MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT ...文字列:
MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT DILFTEQERG VGIKSTPVTV VLPDTKGKSY LFNIMDTPGH VNFSDEVTAG LRISDGVVLF IDAAEGVMLN TE RLIKHAV QERLAVTVCI NKIDRLILEL KLPPTDAYYK LRHIVDEVNG LISMYSTDEN LILSPLLGNV CFSSSQYSIC FTL GSFAKI YADTFGDINY QEFAKRLWGD IYFNPKTRKF TKKAPTSSSQ RSFVEFILEP LYKILAQVVG DVDTSLPRTL DELG IHLTK EELKLNIRPL LRLVCKKFFG EFTGFVDMCV QHIPSPKVGA KPKIEHTYTG GVDSDLGEAM SDCDPDGPLM CHTTK MYST DDGVQFHAFG RVLSGTIHAG QPVKVLGENY TLEDEEDSQI CTVGRLWISV ARYHIEVNRV PAGNWVLIEG VDQPIV KTA TITEPRGNEE AQIFRPLKFN TTSVIKIAVE PVNPSELPKM LDGLRKVNKS YPSLTTKVEE SGEHVILGTG ELYLDCV MH DLRKMYSEID IKVADPVVTF CETVVETSSL KCFAETPNKK NKITMIAEPL EKGLAEDIEN EVVQITWNRK KLGEFFQT K YDWDLLAARS IWAFGPDATG PNILVDDTLP SEVDKALLGS VKDSIVQGFQ WGTREGPLCD ELIRNVKFKI LDAVVAQEP LHRGGGQIIP TARRVVYSAF LMATPRLMEP YYFVEVQAPA DCVSAVYTVL ARRRGHVTQD APIPGSPLYT IKAFIPAIDS FGFETDLRT HTQGQAFSLS VFHHWQIVPG DPLDKSIVIR PLEPQPAPHL AREFMIKTRR RKGLSEDVSI SKFFDDPMLL E LAKQDVVL NYPM

UniProtKB: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

+
分子 #5: Thioredoxin-like protein 4A

分子名称: Thioredoxin-like protein 4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.807346 KDa
配列文字列:
MSYMLPHLHN GWQVDQAILS EEDRVVVIRF GHDWDPTCMK MDEVLYSIAE KVKNFAVIYL VDITEVPDFN KMYELYDPCT VMFFFRNKH IMIDLGTGNN NKINWAMEDK QEMVDIIETV YRGARKGRGL VVSPKDYSTK YRY

UniProtKB: Thioredoxin-like protein 4A

+
分子 #6: Pre-mRNA-splicing factor 38A

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 38A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.563863 KDa
配列文字列: MANRTVKDAH SIHGTNPQYL VEKIIRTRIY ESKYWKEECF GLTAELVVDK AMELRFVGGV YGGNIKPTPF LCLTLKMLQI QPEKDIIVE FIKNEDFKYV RMLGALYMRL TGTAIDCYKY LEPLYNDYRK IKSQNRNGEF ELMHVDEFID ELLHSERVCD I ILPRLQKR ...文字列:
MANRTVKDAH SIHGTNPQYL VEKIIRTRIY ESKYWKEECF GLTAELVVDK AMELRFVGGV YGGNIKPTPF LCLTLKMLQI QPEKDIIVE FIKNEDFKYV RMLGALYMRL TGTAIDCYKY LEPLYNDYRK IKSQNRNGEF ELMHVDEFID ELLHSERVCD I ILPRLQKR YVLEEAEQLE PRVSALEEDM DDVESSEEEE EEDEKLERVP SPDHRRRSYR DLDKPRRSPT LRYRRSRSRS PR RRSRSPK RRSPSPRRER HRSKSPRRHR SRSRDRRHRS RSKSPGHHRS HRHRSHSKSP ERSKKSHKKS RRGNE

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor 38A

+
分子 #7: Microfibrillar-associated protein 1

分子名称: Microfibrillar-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.050527 KDa
配列文字列: MSVPSALMKQ PPIQSTAGAV PVRNEKGEIS MEKVKVKRYV SGKRPDYAPM ESSDEEDEEF QFIKKAKEQE AEPEEQEEDS SSDPRLRRL QNRISEDVEE RLARHRKIVE PEVVGESDSE VEGDAWRMER EDSSEEEEEE IDDEEIERRR GMMRQRAQER K NEEMEVME ...文字列:
MSVPSALMKQ PPIQSTAGAV PVRNEKGEIS MEKVKVKRYV SGKRPDYAPM ESSDEEDEEF QFIKKAKEQE AEPEEQEEDS SSDPRLRRL QNRISEDVEE RLARHRKIVE PEVVGESDSE VEGDAWRMER EDSSEEEEEE IDDEEIERRR GMMRQRAQER K NEEMEVME VEDEGRSGEE SESESEYEEY TDSEDEMEPR LKPVFIRKKD RVTVQEREAE ALKQKELEQE AKRMAEERRK YT LKIVEEE TKKELEENKR SLAALDALNT DDENDEEEYE AWKVRELKRI KRDREDREAL EKEKAEIERM RNLTEEERRA ELR ANGKVI TNKAVKGKYK FLQKYYHRGA FFMDEDEEVY KRDFSAPTLE DHFNKTILPK VMQVKNFGRS GRTKYTHLVD QDTT SFDSA WGQESAQNTK FFKQKAAGVR DVFERPSAKK RKTT

UniProtKB: Microfibrillar-associated protein 1

+
分子 #8: NHP2-like protein 1, N-terminally processed

分子名称: NHP2-like protein 1, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.191524 KDa
配列文字列:
MTEADVNPKA YPLADAHLTK KLLDLVQQSC NYKQLRKGAN EATKTLNRGI SEFIVMAADA EPLEIILHLP LLCEDKNVPY VFVRSKQAL GRACGVSRPV IACSVTIKEG SQLKQQIQSI QQSIERLLV

UniProtKB: NHP2-like protein 1

+
分子 #9: Protein BUD31 homolog

分子名称: Protein BUD31 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.03285 KDa
配列文字列:
MPKVKRSRKA PPDGWELIEP TLDELDQKMR EAETEPHEGK RKVESLWPIF RIHHQKTRYI FDLFYKRKAI SRELYEYCIK EGYADKNLI AKWKKQGYEN LCCLRCIQTR DTNFGTNCIC RVPKSKLEVG RIIECTHCGC RGCSG

UniProtKB: Protein BUD31 homolog

+
分子 #10: WW domain-binding protein 4

分子名称: WW domain-binding protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.575801 KDa
配列文字列: MADYWKSQPK KFCDYCKCWI ADNRPSVEFH ERGKNHKENV AKRISEIKQK SLDKAKEEEK ASKEFAAMEA AALKAYQEDL KRLGLESEI LEPSITPVTS TIPPTSTSNQ QKEKKEKKKR KKDPSKGRWV EGITSEGYHY YYDLISGASQ WEKPEGFQGD L KKTAVKTV ...文字列:
MADYWKSQPK KFCDYCKCWI ADNRPSVEFH ERGKNHKENV AKRISEIKQK SLDKAKEEEK ASKEFAAMEA AALKAYQEDL KRLGLESEI LEPSITPVTS TIPPTSTSNQ QKEKKEKKKR KKDPSKGRWV EGITSEGYHY YYDLISGASQ WEKPEGFQGD L KKTAVKTV WVEGLSEDGF TYYYNTETGE SRWEKPDDFI PHTSDLPSSK VNENSLGTLD ESKSSDSHSD SDGEQEAEEG GV STETEKP KIKFKEKNKN SDGGSDPETQ KEKSIQKQNS LGSNEEKSKT LKKSNPYGEW QEIKQEVESH EEVDLELPST ENE YVSTSE ADGGGEPKVV FKEKTVTSLG VMADGVAPVF KKRRTENGKS RNLRQRGDDQ

UniProtKB: WW domain-binding protein 4

+
分子 #12: Zinc finger matrin-type protein 2

分子名称: Zinc finger matrin-type protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.664047 KDa
配列文字列: MASGSGTKNL DFRRKWDKDE YEKLAEKRLT EEREKKDGKP VQPVKRELLR HRDYKVDLES KLGKTIVITK TTPQSEMGGY YCNVCDCVV KDSINFLDHI NGKKHQRNLG MSMRVERSTL DQVKKRFEVN KKKMEEKQKD YDFEERMKEL REEEEKAKAY K KEKQKEKK ...文字列:
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UniProtKB: Zinc finger matrin-type protein 2

+
分子 #13: Ubiquitin-like protein 5

分子名称: Ubiquitin-like protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.560945 KDa
配列文字列:
MIEVVCNDRL GKKVRVKCNT DDTIGDLKKL IAAQTGTRWN KIVLKKWYTI FKDHVSLGDY EIHDGMNLEL YYQ

UniProtKB: Ubiquitin-like protein 5

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分子 #14: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.528969 KDa
配列文字列: MSLADELLAD LEEAAEEEEG GSYGEEEEEP AIEDVQEETQ LDLSGDSVKT IAKLWDSKMF AEIMMKIEEY ISKQAKASEV MGPVEAAPE YRVIVDANNL TVEIENELNI IHKFIRDKYS KRFPELESLV PNALDYIRTV KELGNSLDKC KNNENLQQIL T NATIMVVS ...文字列:
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UniProtKB: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31

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分子 #15: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.536105 KDa
配列文字列: MASSRASSTQ ATKTKAPDDL VAPVVKKPHI YYGSLEEKER ERLAKGESGI LGKDGLKAGI EAGNINITSG EVFEIEEHIS ERQAEVLAE FERRKRARQI NVSTDDSEVK ACLRALGEPI TLFGEGPAER RERLRNILSV VGTDALKKTK KDDEKSKKSK E EYQQTWYH ...文字列:
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UniProtKB: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4

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分子 #16: Pre-mRNA-processing factor 6

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 107.092242 KDa
配列文字列: MNKKKKPFLG MPAPLGYVPG LGRGATGFTT RSDIGPARDA NDPVDDRHAP PGKRTVGDQM KKNQAADDDD EDLNDTNYDE FNGYAGSLF SSGPYEKDDE EADAIYAALD KRMDERRKER REQREKEEIE KYRMERPKIQ QQFSDLKRKL AEVTEEEWLS I PEVGDARN ...文字列:
MNKKKKPFLG MPAPLGYVPG LGRGATGFTT RSDIGPARDA NDPVDDRHAP PGKRTVGDQM KKNQAADDDD EDLNDTNYDE FNGYAGSLF SSGPYEKDDE EADAIYAALD KRMDERRKER REQREKEEIE KYRMERPKIQ QQFSDLKRKL AEVTEEEWLS I PEVGDARN KRQRNPRYEK LTPVPDSFFA KHLQTGENHT SVDPRQTQFG GLNTPYPGGL NTPYPGGMTP GLMTPGTGEL DM RKIGQAR NTLMDMRLSQ VSDSVSGQTV VDPKGYLTDL NSMIPTHGGD INDIKKARLL LKSVRETNPH HPPAWIASAR LEE VTGKLQ VARNLIMKGT EMCPKSEDVW LEAARLQPGD TAKAVVAQAV RHLPQSVRIY IRAAELETDI RAKKRVLRKA LEHV PNSVR LWKAAVELEE PEDARIMLSR AVECCPTSVE LWLALARLET YENARKVLNK ARENIPTDRH IWITAAKLEE ANGNT QMVE KIIDRAITSL RANGVEINRE QWIQDAEECD RAGSVATCQA VMRAVIGIGI EEEDRKHTWM EDADSCVAHN ALECAR AIY AYALQVFPSK KSVWLRAAYF EKNHGTRESL EALLQRAVAH CPKAEVLWLM GAKSKWLAGD VPAARSILAL AFQANPN SE EIWLAAVKLE SENDEYERAR RLLAKARSSA PTARVFMKSV KLEWVQDNIR AAQDLCEEAL RHYEDFPKLW MMKGQIEE Q KEMMEKAREA YNQGLKKCPH STPLWLLLSR LEEKIGQLTR ARAILEKSRL KNPKNPGLWL ESVRLEYRAG LKNIANTLM AKALQECPNS GILWSEAIFL EARPQRRTKS VDALKKCEHD PHVLLAVAKL FWSQRKITKA REWFHRTVKI DSDLGDAWAF FYKFELQHG TEEQQEEVRK RCESAEPRHG ELWCAVSKDI ANWQKKIGDI LRLVAGRIKN TF

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 6

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分子 #17: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 273.97425 KDa
配列文字列: MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP ...文字列:
MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP FDDEEPPLDY ADNILDVEPL EAIQLELDPE EDAPVLDWFY DHQPLRDSRK YVNGSTYQRW QFTLPMMSTL YR LANQLLT DLVDDNYFYL FDLKAFFTSK ALNMAIPGGP KFEPLVRDIN LQDEDWNEFN DINKIIIRQP IRTEYKIAFP YLY NNLPHH VHLTWYHTPN VVFIKTEDPD LPAFYFDPLI NPISHRHSVK SQEPLPDDDE EFELPEFVEP FLKDTPLYTD NTAN GIALL WAPRPFNLRS GRTRRALDIP LVKNWYREHC PAGQPVKVRV SYQKLLKYYV LNALKHRPPK AQKKRYLFRS FKATK FFQS TKLDWVEVGL QVCRQGYNML NLLIHRKNLN YLHLDYNFNL KPVKTLTTKE RKKSRFGNAF HLCREVLRLT KLVVDS HVQ YRLGNVDAFQ LADGLQYIFA HVGQLTGMYR YKYKLMRQIR MCKDLKHLIY YRFNTGPVGK GPGCGFWAAG WRVWLFF MR GITPLLERWL GNLLARQFEG RHSKGVAKTV TKQRVESHFD LELRAAVMHD ILDMMPEGIK QNKARTILQH LSEAWRCW K ANIPWKVPGL PTPIENMILR YVKAKADWWT NTAHYNRERI RRGATVDKTV CKKNLGRLTR LYLKAEQERQ HNYLKDGPY ITAEEAVAVY TTTVHWLESR RFSPIPFPPL SYKHDTKLLI LALERLKEAY SVKSRLNQSQ REELGLIEQA YDNPHEALSR IKRHLLTQR AFKEVGIEFM DLYSHLVPVY DVEPLEKITD AYLDQYLWYE ADKRRLFPPW IKPADTEPPP LLVYKWCQGI N NLQDVWET SEGECNVMLE SRFEKMYEKI DLTLLNRLLR LIVDHNIADY MTAKNNVVIN YKDMNHTNSY GIIRGLQFAS FI VQYYGLV MDLLVLGLHR ASEMAGPPQM PNDFLSFQDI ATEAAHPIRL FCRYIDRIHI FFRFTADEAR DLIQRYLTEH PDP NNENIV GYNNKKCWPR DARMRLMKHD VNLGRAVFWD IKNRLPRSVT TVQWENSFVS VYSKDNPNLL FNMCGFECRI LPKC RTSYE EFTHKDGVWN LQNEVTKERT AQCFLRVDDE SMQRFHNRVR QILMASGSTT FTKIVNKWNT ALIGLMTYFR EAVVN TQEL LDLLVKCENK IQTRIKIGLN SKMPSRFPPV VFYTPKELGG LGMLSMGHVL IPQSDLRWSK QTDVGITHFR SGMSHE EDQ LIPNLYRYIQ PWESEFIDSQ RVWAEYALKR QEAIAQNRRL TLEDLEDSWD RGIPRINTLF QKDRHTLAYD KGWRVRT DF KQYQVLKQNP FWWTHQRHDG KLWNLNNYRT DMIQALGGVE GILEHTLFKG TYFPTWEGLF WEKASGFEES MKWKKLTN A QRSGLNQIPN RRFTLWWSPT INRANVYVGF QVQLDLTGIF MHGKIPTLKI SLIQIFRAHL WQKIHESIVM DLCQVFDQE LDALEIETVQ KETIHPRKSY KMNSSCADIL LFASYKWNVS RPSLLADSKD VMDSTTTQKY WIDIQLRWGD YDSHDIERYA RAKFLDYTT DNMSIYPSPT GVLIAIDLAY NLHSAYGNWF PGSKPLIQQA MAKIMKANPA LYVLRERIRK GLQLYSSEPT E PYLSSQNY GELFSNQIIW FVDDTNVYRV TIHKTFEGNL TTKPINGAIF IFNPRTGQLF LKIIHTSVWA GQKRLGQLAK WK TAEEVAA LIRSLPVEEQ PKQIIVTRKG MLDPLEVHLL DFPNIVIKGS ELQLPFQACL KVEKFGDLIL KATEPQMVLF NLY DDWLKT ISSYTAFSRL ILILRALHVN NDRAKVILKP DKTTITEPHH IWPTLTDEEW IKVEVQLKDL ILADYGKKNN VNVA SLTQS EIRDIILGME ISAPSQQRQQ IAEIEKQTKE QSQLTATQTR TVNKHGDEII TSTTSNYETQ TFSSKTEWRV RAISA ANLH LRTNHIYVSS DDIKETGYTY ILPKNVLKKF ICISDLRAQI AGYLYGVSPP DNPQVKEIRC IVMVPQWGTH QTVHLP GQL PQHEYLKEME PLGWIHTQPN ESPQLSPQDV TTHAKIMADN PSWDGEKTII ITCSFTPGSC TLTAYKLTPS GYEWGRQ NT DKGNNPKGYL PSHYERVQML LSDRFLGFFM VPAQSSWNYN FMGVRHDPNM KYELQLANPK EFYHEVHRPS HFLNFALL Q EGEVYSADRE DLYA

UniProtKB: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

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分子 #18: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1

分子名称: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90.414117 KDa
配列文字列: MGSSKKHRGE KEAAGTTAAA GTGGATEQPP RHREHKKHKH RSGGSGGSGG ERRKRSRERG GERGSGRRGA EAEARSSTHG RERSQAEPS ERRVKREKRD DGYEAAASSK TSSGDASSLS IEETNKLRAK LGLKPLEVNA IKKEAGTKEE PVTADVINPM A LRQREELR ...文字列:
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UniProtKB: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1

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分子 #19: Transcription elongation regulator 1

分子名称: Transcription elongation regulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.083 KDa
配列文字列: MAERGGDGGE SERFNPGELR MAQQQALRFR GPAPPPNAVM RGPPPLMRPP PPFGMMRGPP PPPRPPFGRP PFDPNMPPMP PPGGIPPPM GPPHLQRPPF MPPPMSSMPP PPGMMFPPGM PPVTAPGTPA LPPTEEIWVE NKTPDGKVYY YNARTRESAW T KPDGVKVI ...文字列:
MAERGGDGGE SERFNPGELR MAQQQALRFR GPAPPPNAVM RGPPPLMRPP PPFGMMRGPP PPPRPPFGRP PFDPNMPPMP PPGGIPPPM GPPHLQRPPF MPPPMSSMPP PPGMMFPPGM PPVTAPGTPA LPPTEEIWVE NKTPDGKVYY YNARTRESAW T KPDGVKVI QQSELTPMLA AQAQVQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQ AQVQAQV QAQVQAQAVG ASTPTTSSPA PAVSTSTSSS TPSSTTSTTT TATSVAQTVS TPTTQDQTPS SAVSVATPTV SVS TPAPTA TPVQTVPQPH PQTLPPAVPH SVPQPTTAIP AFPPVMVPPF RVPLPGMPIP LPGVAMMQIV SCPYVKTVAT TKTG VLPGM APPIVPMIHP QVAIAASPAT LAGATAVSEW TEYKTADGKT YYYNNRTLES TWEKPQELKE KEKLEEKIKE PIKEP SEEP LPMETEEEDP KEEPIKEIKE EPKEEEMTEE EKAAQKAKPV ATAPIPGTPW CVVWTGDERV FFYNPTTRLS MWDRPD DLI GRADVDKIIQ EPPHKKGMEE LKKLRHPTPT MLSIQKWQFS MSAIKEEQEL MEEINEDEPV KAKKRKRDDN KDIDSEK EA AMEAEIKAAR ERAIVPLEAR MKQFKDMLLE RGVSAFSTWE KELHKIVFDP RYLLLNPKER KQVFDQYVKT RAEEERRE K KNKIMQAKED FKKMMEEAKF NPRATFSEFA AKHAKDSRFK AIEKMKDREA LFNEFVAAAR KKEKEDSKTR GEKIKSDFF ELLSNHHLDS QSRWSKVKDK VESDPRYKAV DSSSMREDLF KQYIEKIAKN LDSEKEKELE RQARIEASLR EREREVQKAR SEQTKEIDR EREQHKREEA IQNFKALLSD MVRSSDVSWS DTRRTLRKDH RWESGSLLER EEKEKLFNEH IEALTKKKRE H FRQLLDET SAITLTSTWK EVKKIIKEDP RCIKFSSSDR KKQREFEEYI RDKYITAKAD FRTLLKETKF ITYRSKKLIQ ES DQHLKDV EKILQNDKRY LVLDCVPEER RKLIVAYVDD LDRRGPPPPP TASEPTRRST K

UniProtKB: Transcription elongation regulator 1

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分子 #21: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.669188 KDa
配列文字列: MALSKRELDE LKPWIEKTVK RVLGFSEPTV VTAALNCVGK GMDKKKAADH LKPFLDDSTL RFVDKLFEAV EEGRSSRHSK SSSDRSRKR ELKEVFGDDS EISKESSGVK KRRIPRFEEV EEEPEVIPGP PSESPGMLTK LQIKQMMEAA TRQIEERKKQ L SFISPPTP ...文字列:
MALSKRELDE LKPWIEKTVK RVLGFSEPTV VTAALNCVGK GMDKKKAADH LKPFLDDSTL RFVDKLFEAV EEGRSSRHSK SSSDRSRKR ELKEVFGDDS EISKESSGVK KRRIPRFEEV EEEPEVIPGP PSESPGMLTK LQIKQMMEAA TRQIEERKKQ L SFISPPTP QPKTPSSSQP ERLPIGNTIQ PSQAATFMND AIEKARKAAE LQARIQAQLA LKPGLIGNAN MVGLANLHAM GI APPKVEL KDQTKPTPLI LDEQGRTVDA TGKEIELTHR MPTLKANIRA VKREQFKQQL KEKPSEDMES NTFFDPRVSI APS QRQRRT FKFHDKGKFE KIAQRLRTKA QLEKLQAEIS QAARKTGIHT STRLALIAPK KELKEGDIPE IEWWDSYIIP NGFD LTEEN PKREDYFGIT NLVEHPAQLN PPVDNDTPVT LGVYLTKKEQ KKLRRQTRRE AQKELQEKVR LGLMPPPEPK VRISN LMRV LGTEAVQDPT KVEAHVRAQM AKRQKAHEEA NAARKLTAEQ RKVKKIKKLK EDISQGVHIS VYRVRNLSNP AKKFKI EAN AGQLYLTGVV VLHKDVNVVV VEGGPKAQKK FKRLMLHRIK WDEQTSNTKG DDDEESDEEA VKKTNKCVLV WEGTAKD RS FGEMKFKQCP TENMAREHFK KHGAEHYWDL ALSESVLEST D

UniProtKB: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio 3D reconstruction
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251564
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る