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- EMDB-18191: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON - without ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18191
タイトルX. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON - without ATPase
マップデータ
試料
  • 複合体: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 1種
キーワードDNA replication initiation / Xenopus egg extract / primordial dwarfism / replicative helicase / genome stability / REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


GINS complex / premeiotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing ...GINS complex / premeiotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA replication origin binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / DNA helicase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA複製 / DNA damage checkpoint signaling / helicase activity / DNA-templated DNA replication / ヘリカーゼ / DNA複製 / 細胞周期 / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Donson / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain ...Donson / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor mcm4-B / Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / DNA replication licensing factor mcm2 / DNA replication licensing factor mcm5-A / Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / Protein downstream neighbor of son homolog / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 ...DNA replication licensing factor mcm4-B / Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / DNA replication licensing factor mcm2 / DNA replication licensing factor mcm5-A / Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / Protein downstream neighbor of son homolog / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor mcm7-B / Cell division control protein 45 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Cvetkovic MA / Costa A
資金援助 英国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC001065 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN845939European Union
Wellcome Trust215510/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001860/1 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: The structural mechanism of dimeric DONSON in replicative helicase activation.
著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / ...著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / Anoop S Chauhan / Satpal S Jhujh / Grant S Stewart / Agnieszka Gambus / Alessandro Costa /
要旨: The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition ...The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition promotes the assembly of two active CMG helicases. Although work with yeast established the mechanism for origin activation, how CMG is formed in higher eukaryotes is poorly understood. Metazoan Downstream neighbor of Son (DONSON) has recently been shown to deliver GINS to MCM during CMG assembly. What impact this has on the MCM double hexamer is unknown. Here, we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) on proteins isolated from replicating Xenopus egg extracts to identify a double CMG complex bridged by a DONSON dimer. We find that tethering elements mediating complex formation are essential for replication. DONSON reconfigures the MCM motors in the double CMG, and primordial dwarfism patients' mutations disrupting DONSON dimerization affect GINS and MCM engagement in human cells and DNA synthesis in Xenopus egg extracts.
履歴
登録2023年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.4901651 - 2.7502327
平均 (標準偏差)0.0020799853 (±0.057802036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 513.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18191_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18191_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON

全体名称: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON
要素
  • 複合体: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm2
    • タンパク質・ペプチド: Maternal DNA replication licensing factor mcm3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm4-B
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm5-A
    • タンパク質・ペプチド: Maternal DNA replication licensing factor mcm6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm7-B
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Protein downstream neighbor of son homolog
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON

超分子名称: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 1.54 MDa

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分子 #1: DNA replication licensing factor mcm2

分子名称: DNA replication licensing factor mcm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 100.397648 KDa
配列文字列: MADSSESFNI ATSPRAGSRR DALTSSPGRD LPPFEDESEG MFGDGVVPEE EEDGEELIGD AMERDYRPIS ELDRYEVEGL DDEEDVEDL TASQREAAEQ SMRMRDREMG RELGRMRRGL LYDSDEEEED RPARKRRMAE RAAEGAPEED EEMIESIENL E DMKGHTVR ...文字列:
MADSSESFNI ATSPRAGSRR DALTSSPGRD LPPFEDESEG MFGDGVVPEE EEDGEELIGD AMERDYRPIS ELDRYEVEGL DDEEDVEDL TASQREAAEQ SMRMRDREMG RELGRMRRGL LYDSDEEEED RPARKRRMAE RAAEGAPEED EEMIESIENL E DMKGHTVR EWVSMAATRL EIYHRFKNFL RTHVDEHGHN VFKEKISDMC KENKESLPVN YEDLAAREHV LAYFLPEAPA EM LKIFDEA AKEVVLVMYP KYDRIAREIH VRISHLPLVE ELRSLRQLHL NQLIRTSGVV TCCTGVLPQL SMVKYNCNKC NFI LGPFFQ SQNQEVRPGS CPECQSFGPF EINMEETVYQ NYQRITIQES PGKVAAGRLP RSKDAILLAD LVDSCKPGDE IELT GIYHN NYDGSLNTAN GFPVFATVIL ANHITKKDDK VAVGELTDED VKAIVALSKD ERIGERIFAS IAPSIYGHED IKRGL ALAL FGGEAKNPGG KHKVRGDINV LLCGDPGTAK SQFLKYVEKV ASRAVFTTGQ GASAVGLTAY VQRHPVTKEW TLEAGA LVL ADRGVCLIDE FDKMNDQDRT SIHEAMEQQS ISISKAGIVT SLQARCTVIA ASNPIGGRYD PSLTFSENVD LTEPIVS RF DILCVVRDTV DPVQDEMLAR FVVSSHIKHH PSSKDIANGD AAEFALPNTF GVEALPQEVL KKYIMYAKEK IRPKLNQM D QDKVAKMYSD LRKESMATGS IPITVRHIES MIRMAEAHAR MHLRDYVVED DVNMAIRVML ESFIDTQKFS VMRSMRKTF ARYLAFRRDN NELLLFVLKQ LIAEQVTYQR NRYGAQQDTI EVPEKDLVDK ARQINIHNLS AFYDSDLFKM NKFTHDVKKK LIIQQF

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm2

+
分子 #2: Maternal DNA replication licensing factor mcm3

分子名称: Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 90.5365 KDa
配列文字列: MDYGGGFEDH ELREAQREYL DFLDDDQDQG LYHGKVRDMI GSNEHRLIVN LNDVRRKNDK RANLMLNDAF AETIAFQRAL KDLVASIDA TYAKQFEEFS VGFEGSFGSK HVSPRTLTAS LLGSLVCVEG IVTKCSLVRP KVMRSVHYCP ATKKTLERKY S DLTSLEAF ...文字列:
MDYGGGFEDH ELREAQREYL DFLDDDQDQG LYHGKVRDMI GSNEHRLIVN LNDVRRKNDK RANLMLNDAF AETIAFQRAL KDLVASIDA TYAKQFEEFS VGFEGSFGSK HVSPRTLTAS LLGSLVCVEG IVTKCSLVRP KVMRSVHYCP ATKKTLERKY S DLTSLEAF PSSSIYPTKD EENNPLETEY GLSTYKDHQT LSIQEMPEKA PAGQLPRSVD IIADDDLVDK CKPGDRVQIV GI YRCLPSK QGGFTSGTFR TILLANNIKL MSKEIAPTFS ADDVAKIKKF CKAHSKDIFE HLSKSLAPSI HGHEYIKKAI LCM LLGGNE KVLENGTRIR GDINVLLIGD PSVAKSQLLR YVLHTAPRAI PTTGRGSSGV GLTAAVTTDQ ETGERRLEAG AMVL ADRGV VCIDEFDKMS DMDRTAIHEV MEQGRVTIAK AGIQARLNAR CSVLAAANPV YGRYDQYRTP MENIGLQDSL LSRFD LLFI VLDKMDADND QEIADHVLRM HRYRTPGEQD GYALPLGCSV EIFATDDPNA SDVTDQELQI YEKHDNLLHG PRKNKS KIV SMQFIRKYIH VAKLIKPVLT SEAADYISQE YAKIRNHDQI NNDSARTMPV TARALETMIR LSTAHAKVRM SKTIERQ DA ETALELVQFA YFKKVLAKEK KKTDKDLHDE NLSQDTLSQE SVRKSSRRAG KIADSQDDSM DPYSFSEQDS SLNENLSQ S LRPQRKKAES QDGKRSLSQN RTKEFKAALL KAFKSSRSQS VAVSQLLELI NKGNPEPFER SEVKEALDNM QNDNQVMVS EDVVFLI

UniProtKB: Maternal DNA replication licensing factor mcm3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor mcm4-B

分子名称: DNA replication licensing factor mcm4-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 97.256305 KDa
配列文字列: MSSPTSTPSR RRNKRGRGSN PPTPHGEEVQ SPPSQRRRTE DSTSIGELLP MPTSPSGDVQ SPSGQELLFS SPAPSRHSAH QSELDLSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGIRG TPARQRPDLG SARKVKQVDL HSDQPAAEEL VTSEQSLGQK LVIWGTDVNV A TCKEKFQR ...文字列:
MSSPTSTPSR RRNKRGRGSN PPTPHGEEVQ SPPSQRRRTE DSTSIGELLP MPTSPSGDVQ SPSGQELLFS SPAPSRHSAH QSELDLSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGIRG TPARQRPDLG SARKVKQVDL HSDQPAAEEL VTSEQSLGQK LVIWGTDVNV A TCKEKFQR FVQRFIDPSA KEEDNVGLDL NEPIYMQRLE EINVVGDPFL NIDCDHLRNF DQDLYRQLVC YPQEVIPTFD MA ANEIFFE RYPDSILEHQ IQVRPYNALK TRNMRSLNPE DIDQLITISG MVIRTSQIIP EMQEAFFKCQ VCAFTTRVEI DRG RIAEPS VCKHCNTTHS MALIHNRSMF SDKQMIKLQE SPEDMPAGQT PHTTILYGHN DLVDKVQPGD RVNVTGIYRA VPIR VNPRV RNVKSVYKTH IDVIHYRKTD SKRLHGIDED TEQKLFTEER VAMLKELAAK PDIYERLAAA LAPSIYEHED IKKGI LLQL FGGTRKDFSH TGRGKFRAEV NILLCGDPGT SKSQLLQYVF NLVPRGQYTS GKGSSAVGLT AYVMKDPETR QLVLQT GAL VLSDNGICCI DEFDKMNEST RSVLHEVMEQ QTLSIAKAGI ICQLNARTSV LAAANPVESQ WNPKKTTIEN IQLPHTL LS RFDLIFLMLD PQDEAYDRRL AHHLVALYYQ SEEQMKEEHL DMAVLKDYIA YARTYVNPRL SEEASQALIE AYVSMRKI G SGRGMVSAYP RQLESLIRLS EAHAKVRFSN KVETIDVEEA KRLHREALKQ SATDPRTGIV DISILTTGMS ATARKRKEE LAQVLKKLIQ SKGKTPALKY QQLFEDLRGQ SDAAITKDMF DEALHALADD DYLTVTGKTV RLL

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm4-B

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分子 #4: DNA replication licensing factor mcm5-A

分子名称: DNA replication licensing factor mcm5-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 82.556414 KDa
配列文字列: MSGFDDLGVY YSDSFGGEQQ VGDDGQAKKS QLKKRFREFL RQYRIGTDRT GFTFKYRDEL KRHYNLGEYW IEVEMEDLAS FDEDLADYL YKQPTEHLQL LEEAAQEVAD EVTRPRPAGE ETIQEIQVML RSDANPANIR SLKSEQMSHL VKIPGIIIAA T AVRAKATK ...文字列:
MSGFDDLGVY YSDSFGGEQQ VGDDGQAKKS QLKKRFREFL RQYRIGTDRT GFTFKYRDEL KRHYNLGEYW IEVEMEDLAS FDEDLADYL YKQPTEHLQL LEEAAQEVAD EVTRPRPAGE ETIQEIQVML RSDANPANIR SLKSEQMSHL VKIPGIIIAA T AVRAKATK ISIQCRSCRN TIGNIAVRPG LEGYAMPRKC NTEQAGRPNC PLDPYFIIPD KCKCVDFQTL KLQESPDAVP HG ELPRHMQ LYCDRYLCDK VVPGNRVTIM GIYSIRKSGK TSTKGRDRVG VGIRSSYIRV VGIQVDTEGT GRSAAGAITP QEE EEFRRL AAKPDIYETV AKSIAPSIYG SSDIKKAIAC LLFGGSRKRL PDGLTRRGDV NLLMLGDPGT AKSQLLKFVE RCSP IGVYT SGKGSSAAGL TASVMRDPVS RNFIMEGGAM VLADGGVVCI DEFDKMREDD RVAIHEAMEQ QTISIAKAGI TTTLN SRCS VLAAANSVYG RWDDTKGEEN IDFMPTILSR FDMIFIVKDE HNEQRDMTLA KHVMNVHLSA RTQSSSVEGE VDLNTL KKY IAYCRAKCGP RLSAEAAEKL KNRYILMRSG AREHERETEK RSSIPITVRQ LEAIVRISES LGKMKLQPFA TETDVEE AL RLFQVSTLDA AMSGSLSGVE GFTTQEDQEM LSRIEKQMKK RFAIGSQVSE HSIIQDFLKQ KYPEHAIHKV LSLMMRRG E IQHRLQRKVL YRIK

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm5-A

+
分子 #5: Maternal DNA replication licensing factor mcm6

分子名称: Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 92.752969 KDa
配列文字列: MELGGPAAAG DTDIAGQQLF KDELSDKCQK LFLEFLEECK GKDGSNLYVS AAEELIRPER NTLAVNFTDI EYYNQQLATT IQEEYYRVY PHLCRAVRSF ARQMGNIPAN KEFYIAFSDF PARQKIRELS SAKIGTLLRI SGQVVRTHPV HPELVSGTFL C MDCQSIVK ...文字列:
MELGGPAAAG DTDIAGQQLF KDELSDKCQK LFLEFLEECK GKDGSNLYVS AAEELIRPER NTLAVNFTDI EYYNQQLATT IQEEYYRVY PHLCRAVRSF ARQMGNIPAN KEFYIAFSDF PARQKIRELS SAKIGTLLRI SGQVVRTHPV HPELVSGTFL C MDCQSIVK DVEQQFRYTQ PTICKNPVCA NRRRFTLDTN KSRFVDFQKV RIQETQAELP RGAIPRSVEI ILRAEAVESA MA GDRCDFT GTLIVVPDVS ALAAGDARME TGAKVTGGEG FNSEGVQGLK ALGVRDLSYR LAFLACYVGA TNPRFGGKDL REE DQTAES IKNQMTVQEW EKVFEMSQDK NLYHNLCTSL FPTIHGNDEI KRGVLLMLFG GVPKTTMEGT SLRGDINVCI VGDP STSKS QFLKHVEEFS PRAVYTSGKA SSAAGLTAAV VKDEESHEFV IEAGALMLAD NGVCCIDEFD KMDLKDQVAI HEAME QQTI SITKAGVKAT LNARTSILAA ANPVGGRYER SKSLKHNVNL SAPIMSRFDL FFILVDECNE VTDYAIARRI VDLHAR NEE SIERVYSIED IQRYLLFARQ FQPKITKEAE EFIVEQYRRL RQRDGSGVAK SSWRITVRQL ESLIRLSESM ARMHCSD EV QPKHVKEAFR LLSKSIIRVD TPDVSFDQGE DEKNIEGENN GNLNNGEEAM ETNQDEPINE KPSSNAGLKM SFAEYKQI S NLLVLYMQKM EETEEECHLT TTDLVNWYLK EMEAEIETET ELILKKRLIE KVIHRLIYYD HILIELNKSE LKTMDDTKE TGEDAAEDRI LVVNPNYMLE D

UniProtKB: Maternal DNA replication licensing factor mcm6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor mcm7-B

分子名称: DNA replication licensing factor mcm7-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 81.841539 KDa
配列文字列: MPRDYQAEKE KCKTFLQEFY KDDEFGKKNF KYGVQLANIA HREQVALCID LDDLAEEDPE LVDAICENTR RYTNLFADAV QELLPQYKE REVVHKDALD VYIEHRLMME QRGRDPNEMR DPHNQYPPEL MRRFELYFKA PSSSKARVVR DVKADSIGKL V TVRGIVTR ...文字列:
MPRDYQAEKE KCKTFLQEFY KDDEFGKKNF KYGVQLANIA HREQVALCID LDDLAEEDPE LVDAICENTR RYTNLFADAV QELLPQYKE REVVHKDALD VYIEHRLMME QRGRDPNEMR DPHNQYPPEL MRRFELYFKA PSSSKARVVR DVKADSIGKL V TVRGIVTR VTEVKPMMVV ATYTCDQCGA ETYQPIQSPT FMPLIMCPSR ECQTNRSGGR LYLQTRGSKF IKFQELKIQE HS DQVPVGN IPRCMSVYVR GENTRLAQPG DHVGITGVFL PMLRTGFRQV VQGLLSETYL ESHRLVKMNK TEDDELGTEE LSE EELRQI TEEDFYEKLA ASIAPEIYGH EDVKKALLLL LVGGVDHSPR GMKIRGNINV CLMGDPGVAK SQLLSYIDRL APRS QYTTG RGSSGVGLTA AVMKDPVTGE MTLEGGALVL ADQGVCCIDE FDKMMDSDRT AIHEVMEQQT ISIAKAGIMT TLNAR CSIL AAANPAYGRY NPKKTVEQNI QLPAALLSRF DLLWLIQDKP DRDNDLRLAQ HITYVHQHSK QPPSQFQPMD MKLMRR YIT MCKSKQPAIP ESLADYLTAA YVEMRKEART NKDMTFTSAR TLLSILRLST ALARLRLEDV VEKEDVNEAM RLTEMSK DS LQGDKGHASR TQRPADVIFS TIREMVPEKG ARSVKYSEAE QRCVSKGFTP AQFEAALEEY EELNVWLVNQ ARTKITFV

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm7-B

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分子 #7: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 23.171678 KDa
配列文字列: MFCEKAIELI RELQRASDGQ LPAFNEDGIR QILEEMKALY EQNQADVNEA KTEGRSDLIP TIKFRHCCLL RNRRCIVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSVLP SALRFHMSTE EMDWFNQYKR SLATYMRSLG GEEGLDITQD MKPPKSLYIE VRCLRDYGEF E IDDGTTIL ...文字列:
MFCEKAIELI RELQRASDGQ LPAFNEDGIR QILEEMKALY EQNQADVNEA KTEGRSDLIP TIKFRHCCLL RNRRCIVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSVLP SALRFHMSTE EMDWFNQYKR SLATYMRSLG GEEGLDITQD MKPPKSLYIE VRCLRDYGEF E IDDGTTIL LKKNSQHFLP RWKCEQLIRQ GVLEHVLS

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #8: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 21.348309 KDa
配列文字列:
MDASEVEFLA EKEQVTVIPN FSLDKVYLIG GDLGPFNPSL PVEVPLWLAI NLKQRQKCRI VPPEWMDVEK LEAIRDQERR EETFTPMPS PYYMELTKLL LNHAADNIPK ADEIRTLVKD TWDTRIAKLR LSADSFVKGQ EAHAKLDNLT LMEINTIGTF F TESLNHMY KLRTSLQNPE EGQSQDY

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 23.948078 KDa
配列文字列: MWEPYMPVEP GLGREENFLS LEDLLMSQEK LPCCIESGFP RLGFLDKGGD SDSIPEGSKM ELPLWLAKGL YDNKRRVLSV ELPKIYREG WRTVFSADAN VVDLHKMGPH YYGFGSQLLN FDSPENPEIA KTILQTFVGR FRRIMDSSQN AYNEDTSGLV A RLDELERS ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #10: Cell division control protein 45 homolog

分子名称: Cell division control protein 45 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 65.695906 KDa
配列文字列: MFVSDLRKEF FDVIVTERVL LLVAPDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET LFLEHKEQFR YFVLINCGAN IDLLETLQP QEEAIFYICD THRPIDVVNI YNDSQVKLLI RQDDDLEIPA YDDIFNDDEE DGEDSGNESD GAEPSGKRRR F DEAAVERR ...文字列:
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UniProtKB: Cell division control protein 45 homolog

+
分子 #11: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 25.577172 KDa
配列文字列: MEDELALSDQ GSDEDEEVLT PAELINKLEE AWLNEKFAPE LLESKSEVVE CVMEQLNHME QNLHRAKPGD LKISFHHMEI ERIRYMLSS YLRSRMLKIE KFFPHILEKE KSRGEGEPPH LSPEEFAFAK EYMTNTETLL KSVALRHMPP NLQTVDLLKS V PKPNLDSF ...文字列:
MEDELALSDQ GSDEDEEVLT PAELINKLEE AWLNEKFAPE LLESKSEVVE CVMEQLNHME QNLHRAKPGD LKISFHHMEI ERIRYMLSS YLRSRMLKIE KFFPHILEKE KSRGEGEPPH LSPEEFAFAK EYMTNTETLL KSVALRHMPP NLQTVDLLKS V PKPNLDSF VFLRVKEEQN NILVEPETDE QSEYAIDMEV GSQHLIRYRT IAPLVASGAV KLI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

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分子 #12: Protein downstream neighbor of son homolog

分子名称: Protein downstream neighbor of son homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 63.864559 KDa
配列文字列: MAELLPGYSP SFKKPSEILR LSRRRSRSEA SKTGLSPFSP GDVIKRVPGL RPFSPGPNKG AGVKRRNPFA SLENTVCSPV KRRAETVAE YGAASLEPRA LSAVRPSCLG QDSPEPPQFN SVEDVIWGDP LAADADPLVK TESPEKPAPA CEIPKGSVTF P ADWSLKTR ...文字列:
MAELLPGYSP SFKKPSEILR LSRRRSRSEA SKTGLSPFSP GDVIKRVPGL RPFSPGPNKG AGVKRRNPFA SLENTVCSPV KRRAETVAE YGAASLEPRA LSAVRPSCLG QDSPEPPQFN SVEDVIWGDP LAADADPLVK TESPEKPAPA CEIPKGSVTF P ADWSLKTR LLFTSSHSFS WADHLKAQEE AQGLVMQCRA TAVNLPHSIQ EPKLSTDLRC AFQQSLVHWI HPSLPWVQLF PR IGVDRKM AGKNTPWSQD ESLQQVLMSE WALSFTSLYN LLKAKLCPYF YVCTYQFTVL FRAAGLAGSD VITAVMSPTT RGL REAMKN EGITFSQPLV EDDTGKKQKK PEAASQGDIN PEKENGTAEA DEASDESDED ESFSWLEEMG VEDKIKKPDS ISIK LRKEK NEVKLDHKPE SVVLVKGTNT FTLLNFLINC KSIVAAAGLQ AGLPPTLLSP VAFRGATMHA LKARSVNVKT RVNSG YKDQ FSLEITGPIM PHSLHSLTML LQSAQRGSFS AGLYTHEPTA VFNTPIHSQA VKEISADLQN CGLHPCTVEQ LTQVNE LGK LSLRHLEMTD YRYTWK

UniProtKB: Protein downstream neighbor of son homolog

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分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 33.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100667
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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