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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17975 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Pseudorabies virus primary enveloped (perinuclear) C-capsid (US3 KO) vertices determined in situ | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map of primary enveloped particle (perinuclear) C-capsid vertices | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | in situ (In situ) / perinucleus / VIRUS (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Prazak V / Grange M / Vasishtan D | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NECing goes: flexibility of the herpesvirus nuclear egress complex 著者: Prazak V / Mironova Y / Vasishtan D / Hagen C / Laugks U / Jensen Y / Sanders S / Heumann JM / Bosse JB / Klupp B / Mettenleiter TC / Grange M / Grunewald K | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17975.map.gz | 25.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17975-v30.xml emd-17975.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17975_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17975.png | 187.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17975.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_17975_additional_1.map.gz emd_17975_additional_2.map.gz emd_17975_half_map_1.map.gz emd_17975_half_map_2.map.gz | 25.5 MB 25.4 MB 25.5 MB 25.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17975 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17975 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of primary enveloped particle (perinuclear) C-capsid vertices | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.55 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unfiltered map of primary enveloped particle (perinuclear) C-capsid...
ファイル | emd_17975_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered map of primary enveloped particle (perinuclear) C-capsid vertices | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map of primary enveloped particle (perinuclear) A-,...
ファイル | emd_17975_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of primary enveloped particle (perinuclear) A-, B- and partially filled capsid vertices | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of primary enveloped particle (perinuclear)...
ファイル | emd_17975_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of primary enveloped particle (perinuclear) C-capsid vertices | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of primary enveloped particle (perinuclear)...
ファイル | emd_17975_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of primary enveloped particle (perinuclear) C-capsid vertices | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Suid herpesvirus 1 strain Kaplan
全体 | 名称: Suid herpesvirus 1 strain Kaplan (ヘルペスウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Suid herpesvirus 1 strain Kaplan
超分子 | 名称: Suid herpesvirus 1 strain Kaplan / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 33703 / 生物種: Suid herpesvirus 1 strain Kaplan / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: kevin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |