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- EMDB-17839: Asymmetric unit of the yeast fatty acid synthase in the non-rotat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17839
タイトルAsymmetric unit of the yeast fatty acid synthase in the non-rotated state with ACP at the ketosreductase domain (FASamn sample)
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast fatty acid synthase脂肪酸合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta脂肪酸合成酵素
  • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha脂肪酸合成酵素
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylidenebutanethioate
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: COENZYME A補酵素A
キーワードFatty acid synthase (脂肪酸合成酵素) / acyl carrier protein / FAS / ACP / CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / fatty-acyl-CoA synthase system / : / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase ...: / fatty-acyl-CoA synthase system / : / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid synthase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / : / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast ...Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / : / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase type I, helical / Fatty acid synthase type I helical domain / 脂肪酸合成酵素 / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Singh K / Bunzel G / Graf B / Yip KM / Stark H / Chari A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Reconstruction of a fatty acid synthesis cycle from acyl carrier protein and cofactor structural snapshots.
著者: Kashish Singh / Georg Bunzel / Benjamin Graf / Ka Man Yip / Meina Neumann-Schaal / Holger Stark / Ashwin Chari /
要旨: Fatty acids (FAs) play a central metabolic role in living cells as constituents of membranes, cellular energy reserves, and second messenger precursors. A 2.6 MDa FA synthase (FAS), where the ...Fatty acids (FAs) play a central metabolic role in living cells as constituents of membranes, cellular energy reserves, and second messenger precursors. A 2.6 MDa FA synthase (FAS), where the enzymatic reactions and structures are known, is responsible for FA biosynthesis in yeast. Essential in the yeast FAS catalytic cycle is the acyl carrier protein (ACP) that actively shuttles substrates, biosynthetic intermediates, and products from one active site to another. We resolve the S. cerevisiae FAS structure at 1.9 Å, elucidating cofactors and water networks involved in their recognition. Structural snapshots of ACP domains bound to various enzymatic domains allow the reconstruction of a full yeast FA biosynthesis cycle. The structural information suggests that each FAS functional unit could accommodate exogenous proteins to incorporate various enzymatic activities, and we show proof-of-concept experiments where ectopic proteins are used to modulate FAS product profiles.
履歴
登録2023年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17839.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.2 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.2 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.073855974 - 0.31150255
平均 (標準偏差)0.00045942128 (±0.016415926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 253.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17839_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17839_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17839_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast fatty acid synthase

全体名称: Yeast fatty acid synthase脂肪酸合成酵素
要素
  • 複合体: Yeast fatty acid synthase脂肪酸合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta脂肪酸合成酵素
  • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha脂肪酸合成酵素
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylidenebutanethioate
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: COENZYME A補酵素A

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超分子 #1: Yeast fatty acid synthase

超分子名称: Yeast fatty acid synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Fatty acid synthase subunit alpha

分子名称: Fatty acid synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 207.184422 KDa
配列文字列: MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIY YTPDPSELAA KEEPAKEEAP APTPAASAPA PAAAAPAPVA AAAPAAAAAE IADEPVKASL LLHVLVAHKL K KSLDSIPM ...文字列:
MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIY YTPDPSELAA KEEPAKEEAP APTPAASAPA PAAAAPAPVA AAAPAAAAAE IADEPVKASL LLHVLVAHKL K KSLDSIPM SKTIKDLVGG KSTVQNEILG DLGKEFGTTP EKPEETPLEE LAETFQDTFS GALGKQSSSL LSRLISSKMP GG FTITVAR KYLQTRWGLP SGRQDGVLLV ALSNEPAARL GSEADAKAFL DSMAQKYASI VGVDLSSAAS ASGAAGAGAA AGA AMIDAG ALEEITKDHK VLARQQLQVL ARYLKMDLDN GERKFLKEKD TVAELQAQLD YLNAELGEFF VNGVATSFSR KKAR TFDSS WNWAKQSLLS LYFEIIHGVL KNVDREVVSE AINIMNRSND ALIKFMEYHI SNTDETKGEN YQLVKTLGEQ LIENC KQVL DVDPVYKDVA KPTGPKTAID KNGNITYSEE PREKVRKLSQ YVQEMALGGP ITKESQPTIE EDLTRVYKAI SAQADK QDI SSSTRVEFEK LYSDLMKFLE SSKEIDPSQT TQLAGMDVED ALDKDSTKEV ASLPNKSTIS KTVSSTIPRE TIPFLHL RK KTPAGDWKYD RQLSSLFLDG LEKAAFNGVT FKDKYVLITG AGKGSIGAEV LQGLLQGGAK VVVTTSRFSK QVTDYYQS I YAKYGAKGST LIVVPFNQGS KQDVEALIEF IYDTEKNGGL GWDLDAIIPF AAIPEQGIEL EHIDSKSEFA HRIMLTNIL RMMGCVKKQK SARGIETRPA QVILPMSPNH GTFGGDGMYS ESKLSLETLF NRWHSESWAN QLTVCGAIIG WTRGTGLMSA NNIIAEGIE KMGVRTFSQK EMAFNLLGLL TPEVVELCQK SPVMADLNGG LQFVPELKEF TAKLRKELVE TSEVRKAVSI E TALEHKVV NGNSADAAYA QVEIQPRANI QLDFPELKPY KQVKQIAPAE LEGLLDLERV IVVTGFAEVG PWGSARTRWE ME AFGEFSL EGCVEMAWIM GFISYHNGNL KGRPYTGWVD SKTKEPVDDK DVKAKYETSI LEHSGIRLIE PELFNGYNPE KKE MIQEVI VEEDLEPFEA SKETAEQFKH QHGDKVDIFE IPETGEYSVK LLKGATLYIP KALRFDRLVA GQIPTGWNAK TYGI SDDII SQVDPITLFV LVSVVEAFIA SGITDPYEMY KYVHVSEVGN CSGSGMGGVS ALRGMFKDRF KDEPVQNDIL QESFI NTMS AWVNMLLISS SGPIKTPVGA CATSVESVDI GVETILSGKA RICIVGGYDD FQEEGSFEFG NMKATSNTLE EFEHGR TPA EMSRPATTTR NGFMEAQGAG IQIIMQADLA LKMGVPIYGI VAMAATATDK IGRSVPAPGK GILTTAREHH SSVKYAS PN LNMKYRKRQL VTREAQIKDW VENELEALKL EAEEIPSEDQ NEFLLERTRE IHNEAESQLR AAQQQWGNDF YKRDPRIA P LRGALATYGL TIDDLGVASF HGTSTKANDK NESATINEMM KHLGRSEGNP VIGVFQKFLT GHPKGAAGAW MMNGALQIL NSGIIPGNRN ADNVDKILEQ FEYVLYPSKT LKTDGVRAVS ITSFGFGQKG GQAIVVHPDY LYGAITEDRY NEYVAKVSAR EKSAYKFFH NGMIYNKLFV SKEHAPYTDE LEEDVYLDPL ARVSKDKKSG SLTFNSKNIQ SKDSYINANT IETAKMIENM T KEKVSNGG VGVDVELITS INVENDTFIE RNFTPQEIEY CSAQPSVQSS FAGTWSAKEA VFKSLGVKSL GGGAALKDIE IV RVNKNAP AVELHGNAKK AAEEAGVTDV KVSISHDDLQ AVAVAVSTKK

UniProtKB: Fatty acid synthase subunit alpha

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分子 #2: Fatty acid synthase subunit beta

分子名称: Fatty acid synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 229.026406 KDa
配列文字列: MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLT EFENCYLEGN DIHALAAKLL QENDTTLVKT KELIKNYITA RIMAKRPFDK KSNSALFRAV GEGNAQLVAI F GGQGNTDD ...文字列:
MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLT EFENCYLEGN DIHALAAKLL QENDTTLVKT KELIKNYITA RIMAKRPFDK KSNSALFRAV GEGNAQLVAI F GGQGNTDD YFEELRDLYQ TYHVLVGDLI KFSAETLSEL IRTTLDAEKV FTQGLNILEW LENPSNTPDK DYLLSIPISC PL IGVIQLA HYVVTAKLLG FTPGELRSYL KGATGHSQGL VTAVAIAETD SWESFFVSVR KAITVLFFIG VRCYEAYPNT SLP PSILED SLENNEGVPS PMLSISNLTQ EQVQDYVNKT NSHLPAGKQV EISLVNGAKN LVVSGPPQSL YGLNLTLRKA KAPS GLDQS RIPFSERKLK FSNRFLPVAS PFHSHLLVPA SDLINKDLVK NNVSFNAKDI QIPVYDTFDG SDLRVLSGSI SERIV DCII RLPVKWETTT QFKATHILDF GPGGASGLGV LTHRNKDGTG VRVIVAGTLD INPDDDYGFK QEIFDVTSNG LKKNPN WLE EYHPKLIKNK SGKIFVETKF SKLIGRPPLL VPGMTPCTVS PDFVAATTNA GYTIELAGGG YFSAAGMTAA IDSVVSQ IE KGSTFGINLI YVNPFMLQWG IPLIKELRSK GYPIQFLTIG AGVPSLEVAS EYIETLGLKY LGLKPGSIDA ISQVINIA K AHPNFPIALQ WTGGRGGGHH SFEDAHTPML QMYSKIRRHP NIMLIFGSGF GSADDTYPYL TGEWSTKFDY PPMPFDGFL FGSRVMIAKE VKTSPDAKKC IAACTGVPDD KWEQTYKKPT GGIVTVRSEM GEPIHKIATR GVMLWKEFDE TIFNLPKNKL VPTLEAKRD YIISRLNADF QKPWFATVNG QARDLATMTY EEVAKRLVEL MFIRSTNSWF DVTWRTFTGD FLRRVEERFT K SKTLSLIQ SYSLLDKPDE AIEKVFNAYP AAREQFLNAQ DIDHFLSMCQ NPMQKPVPFV PVLDRRFEIF FKKDSLWQSE HL EAVVDQD VQRTCILHGP VAAQFTKVID EPIKSIMDGI HDGHIKKLLH QYYGDDESKI PAVEYFGGES PVDVQSQVDS SSV SEDSAV FKATSSTDEE SWFKALAGSE INWRHASFLC SFITQDKMFV SNPIRKVFKP SQGMVVEISN GNTSSKTVVT LSEP VQGEL KPTVILKLLK ENIIQMEMIE NRTMDGKPVS LPLLYNFNPD NGFAPISEVM EDRNQRIKEM YWKLWIDEPF NLDFD PRDV IKGKDFEITA KEVYDFTHAV GNNCEDFVSR PDRTMLAPMD FAIVVGWRAI IKAIFPNTVD GDLLKLVHLS NGYKMI PGA KPLQVGDVVS TTAVIESVVN QPTGKIVDVV GTLSRNGKPV MEVTSSFFYR GNYTDFENTF QKTVEPVYQM HIKTSKD IA VLRSKEWFQL DDEDFDLLNK TLTFETETEV TFKNANIFSS VKCFGPIKVE LPTKETVEIG IVDYEAGASH GNPVVDFL K RNGSTLEQKV NLENPIPIAV LDSYTPSTNE PYARVSGDLN PIHVSRHFAS YANLPGTITH GMFSSASVRA LIENWAADS VSSRVRGYTC QFVDMVLPNT ALKTSIQHVG MINGRKLIKF ETRNEDDVVV LTGEAEIEQP VTTFVFTGQG SQEQGMGMDL YKTSKAAQD VWNRADNHFK DTYGFSILDI VINNPVNLTI HFGGEKGKRI RENYSAMIFE TIVDGKLKTE KIFKEINEHS T SYTFRSEK GLLSATQFTQ PALTLMEKAA FEDLKSKGLI PADATFAGH(J8W) LGEYAALASL ADVMSIESLV EVVFYRGM T MQVAVPRDEL GRSNYGMIAI NPGRVAASFS QEALQYVVER VGKRTGWLVE IVNYNVENQQ YVAAGDLRAL DTVTNVLNF IKLQKIDIIE LQKSLSLEEV EGHLFEIIDE ASKKSAVKPR PLKLERGFAC IPLVGISVPF HSTYLMNGVK PFKSFLKKNI IKENVKVAR LAGKYIPNLT AKPFQVTKEY FQDVYDLTGS EPIKEIIDNW EKYEQS

UniProtKB: Fatty acid synthase subunit beta

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分子 #3: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

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分子 #4: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...

分子名称: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylidenebutanethioate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A5S
分子量理論値: 442.422 Da
Chemical component information

ChemComp-A5S:
~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylidenebutanethioate

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分子 #5: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

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分子 #6: COENZYME A

分子名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: COA
分子量理論値: 767.534 Da
Chemical component information

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA / 補酵素A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4578

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 83949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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