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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1780 | |||||||||
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タイトル | High-resolution Cryo-EM structure of a programmed wheat germ ribosome | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of a programmed wheat germ ribosome containing a P-site tRNA | |||||||||
試料 |
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キーワード | Eukaryotic Ribosome / Homology Modelling / RNA Expansion Segments / Novel Ribosomal Proteins | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational elongation / protein kinase activator activity / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / small-subunit processome / cytosolic ribosome / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit ...translational elongation / protein kinase activator activity / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / small-subunit processome / cytosolic ribosome / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / シグナル伝達 / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Armache JP / Jarasch A / Anger AM / Villa E / Becker T / Bhushan S / Jossinet F / Habeck M / Dindar G / Franckenberg S ...Armache JP / Jarasch A / Anger AM / Villa E / Becker T / Bhushan S / Jossinet F / Habeck M / Dindar G / Franckenberg S / Marquez V / Mielke T / Thomm M / Berninghausen O / Beatrix B / Soeding J / Westhof E / Wilson DN / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010 タイトル: Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome. 著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter ...著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann / 要旨: Protein synthesis in all living organisms occurs on ribonucleoprotein particles, called ribosomes. Despite the universality of this process, eukaryotic ribosomes are significantly larger in size than ...Protein synthesis in all living organisms occurs on ribonucleoprotein particles, called ribosomes. Despite the universality of this process, eukaryotic ribosomes are significantly larger in size than their bacterial counterparts due in part to the presence of 80 r proteins rather than 54 in bacteria. Using cryoelectron microscopy reconstructions of a translating plant (Triticum aestivum) 80S ribosome at 5.5-Å resolution, together with a 6.1-Å map of a translating Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome, we have localized and modeled 74/80 (92.5%) of the ribosomal proteins, encompassing 12 archaeal/eukaryote-specific small subunit proteins as well as the complete complement of the ribosomal proteins of the eukaryotic large subunit. Near-complete atomic models of the 80S ribosome provide insights into the structure, function, and evolution of the eukaryotic translational apparatus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1780.map.gz | 24.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1780-v30.xml emd-1780.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1780_wg_bf030_front.png | 958.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1780 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1780 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4v7eM M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of a programmed wheat germ ribosome containing a P-site tRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Programmed Wheat Germ 80S Ribosome
全体 | 名称: Programmed Wheat Germ 80S Ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Programmed Wheat Germ 80S Ribosome
超分子 | 名称: Programmed Wheat Germ 80S Ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Ribosome / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: Tritcum aestivum 80S ribosome
超分子 | 名称: Tritcum aestivum 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Wheat Germ Ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Bread wheat |
分子量 | 実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.01 mg/ml cycloheximide, 1 mM DTT, 0.01 % Nikkol |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM |
グリッド | 詳細: Quantifoil Grid with 2 nm carbon on top |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: FEI Polara Cartridge System / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.76 µm / 実像数: 1374 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: Scanned at 5334 dpi on a Heidelberg Primescan Drum Scanner Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Wiener Filter on 3D volumes (SPIDER) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
詳細 | The reconstruction contains 2108230 particles in total |