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万見
- EMDB-17767: Cryo electron tomography of human choriocarcinoma cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17767
タイトルCryo electron tomography of human choriocarcinoma cells
マップデータIMOD weighted back-projection reconstruction of tilt series from Position 09 using Ot2Rec.
試料
  • 細胞: JEG-3 human choriocarcinoma cell line
キーワードhuman (ヒト) / choriocarcinoma / cell / trophoblast / CELL CYCLE (細胞周期)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Tun WM / Yee NB-Y / Ho EML / Darrow MC / Basham M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust212980/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Biol Imaging / 年: 2023
タイトル: Ot2Rec: A semi-automatic, extensible, multi-software tomographic reconstruction workflow.
著者: Neville B-Y Yee / Elaine M L Ho / Win Tun / Jake L R Smith / Maud Dumoux / Michael Grange / Michele C Darrow / Mark Basham /
要旨: Electron cryo-tomography is an imaging technique for probing 3D structures with at the nanometer scale. This technique has been used extensively in the biomedical field to study the complex ...Electron cryo-tomography is an imaging technique for probing 3D structures with at the nanometer scale. This technique has been used extensively in the biomedical field to study the complex structures of proteins and other macromolecules. With the advancement in technology, microscopes are currently capable of producing images amounting to terabytes of data per day, posing great challenges for scientists as the speed of processing of the images cannot keep up with the ever-higher throughput of the microscopes. Therefore, automation is an essential and natural pathway on which image processing-from individual micrographs to full tomograms-is developing. In this paper, we present Ot2Rec, an open-source pipelining tool which aims to enable scientists to build their own processing workflows in a flexible and automatic manner. The basic building blocks of Ot2Rec are plugins which follow a unified application programming interface structure, making it simple for scientists to contribute to Ot2Rec by adding features which are not already available. In this paper, we also present three case studies of image processing using Ot2Rec, through which we demonstrate the speedup of using a semi-automatic workflow over a manual one, the possibility of writing and using custom (prototype) plugins, and the flexibility of Ot2Rec which enables the mix-and-match of plugins. We also demonstrate, in the Supplementary Material, a built-in reporting feature in Ot2Rec which aggregates the metadata from all process being run, and output them in the Jupyter Notebook and/or HTML formats for quick review of image processing quality. Ot2Rec can be found at https://github.com/rosalindfranklininstitute/ot2rec.
履歴
登録2023年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17767.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IMOD weighted back-projection reconstruction of tilt series from Position 09 using Ot2Rec.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
14.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 7659.52 Å		14.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 7659.52 Å		14.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 7659.52 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-493.020230000000026 - 491.525539999999978
平均 (標準偏差)11.63147 (±63.113579999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 7659.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : JEG-3 human choriocarcinoma cell line

全体名称: JEG-3 human choriocarcinoma cell line
要素
  • 細胞: JEG-3 human choriocarcinoma cell line

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超分子 #1: JEG-3 human choriocarcinoma cell line

超分子名称: JEG-3 human choriocarcinoma cell line / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.3 / 集束イオンビーム - 時間: 1.0E-14 / 集束イオンビーム - 温度: 105 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: Note: initial thickness and duration of FIB milling was not recorded.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is ThermoFisher Scios. This is not in a ...集束イオンビーム - 詳細: Note: initial thickness and duration of FIB milling was not recorded.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is ThermoFisher Scios. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 1.48 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.1) / ソフトウェア - 詳細: Weighted back-projection / 詳細: Bin factor 8 applied. / 使用した粒子像数: 41
詳細Images were motion-corrected with MotionCor2 1.4.0 using Ot2Rec.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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