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万見
- EMDB-17704: Subtomogram average of Vaccinia A10 trimer with open center from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17704
タイトルSubtomogram average of Vaccinia A10 trimer with open center from in vitro cores
マップデータSubtomogram average of Vaccinia A10 trimer with open center from in vitro cores
試料
  • ウイルス: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
キーワードA10 trimer / palisade protein / hollow / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Turonova B / Liu J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: The palisade layer of the poxvirus core is composed of flexible A10 trimers.
著者: Jiasui Liu / Simon Corroyer-Dulmont / Vojtěch Pražák / Iskander Khusainov / Karola Bahrami / Sonja Welsch / Daven Vasishtan / Agnieszka Obarska-Kosińska / Sigurdur R Thorkelsson / Kay ...著者: Jiasui Liu / Simon Corroyer-Dulmont / Vojtěch Pražák / Iskander Khusainov / Karola Bahrami / Sonja Welsch / Daven Vasishtan / Agnieszka Obarska-Kosińska / Sigurdur R Thorkelsson / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Beata Turoňová / Jacomina Krijnse Locker /
要旨: Due to its asymmetric shape, size and compactness, the structure of the infectious mature virus (MV) of vaccinia virus (VACV), the best-studied poxvirus, remains poorly understood. Instead, subviral ...Due to its asymmetric shape, size and compactness, the structure of the infectious mature virus (MV) of vaccinia virus (VACV), the best-studied poxvirus, remains poorly understood. Instead, subviral particles, in particular membrane-free viral cores, have been studied with cryo-electron microscopy. Here, we compared viral cores obtained by detergent stripping of MVs with cores in the cellular cytoplasm, early in infection. We focused on the prominent palisade layer on the core surface, combining cryo-electron tomography, subtomogram averaging and AlphaFold2 structure prediction. We showed that the palisade is composed of densely packed trimers of the major core protein A10. Trimers display a random order and their classification indicates structural flexibility. A10 on cytoplasmic cores is organized in a similar manner, indicating that the structures obtained in vitro are physiologically relevant. We discuss our results in the context of the VACV replicative cycle, and the assembly and disassembly of the infectious MV.
履歴
登録2023年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17704.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of Vaccinia A10 trimer with open center from in vitro cores
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.12 Å/pix.
x 96 pix.
= 299.52 Å		3.12 Å/pix.
x 96 pix.
= 299.52 Å		3.12 Å/pix.
x 96 pix.
= 299.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.98
最小 - 最大-4.4512653 - 5.3151546
平均 (標準偏差)-0.000000000551813 (±0.43036225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 299.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Even half map

ファイルemd_17704_half_map_1.map
注釈Even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Odd half map

ファイルemd_17704_half_map_2.map
注釈Odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia virus WR

全体名称: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
要素
  • ウイルス: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)

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超分子 #1: Vaccinia virus WR

超分子名称: Vaccinia virus WR / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10254 / 生物種: Vaccinia virus WR / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 1 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 34 / 使用した粒子像数: 114899 / 手法: Surface oversampling / ソフトウェア - 名称: novaSTA
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: STOPGAP
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: STOPGAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: STOPGAP / 使用したサブトモグラム数: 5161
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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