+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1769 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Perforin Pore | |||||||||
マップデータ | cryo EM reconstruction of perforin pore with 20 fold symmetry (Related to EM entries 1772 and 1773) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | MACPF-CDC superfamily / pore-forming proteins (膜孔形成毒素) | |||||||||
機能・相同性 | Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Lukoyanova N / Law RHP / Voskoboinik I / Caradoc-Davies TT / Baran K / Dunstone MA / D'Angelo ME / Orlova EV / Coulibaly F / Verschoor S ...Lukoyanova N / Law RHP / Voskoboinik I / Caradoc-Davies TT / Baran K / Dunstone MA / D'Angelo ME / Orlova EV / Coulibaly F / Verschoor S / Browne KA / Ciccone A / Kuiper MJ / Bird PI / Trapani JA / Whisstock JC / Saibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: The structural basis for membrane binding and pore formation by lymphocyte perforin. 著者: Ruby H P Law / Natalya Lukoyanova / Ilia Voskoboinik / Tom T Caradoc-Davies / Katherine Baran / Michelle A Dunstone / Michael E D'Angelo / Elena V Orlova / Fasséli Coulibaly / Sandra ...著者: Ruby H P Law / Natalya Lukoyanova / Ilia Voskoboinik / Tom T Caradoc-Davies / Katherine Baran / Michelle A Dunstone / Michael E D'Angelo / Elena V Orlova / Fasséli Coulibaly / Sandra Verschoor / Kylie A Browne / Annette Ciccone / Michael J Kuiper / Phillip I Bird / Joseph A Trapani / Helen R Saibil / James C Whisstock / 要旨: Natural killer cells and cytotoxic T lymphocytes accomplish the critically important function of killing virus-infected and neoplastic cells. They do this by releasing the pore-forming protein ...Natural killer cells and cytotoxic T lymphocytes accomplish the critically important function of killing virus-infected and neoplastic cells. They do this by releasing the pore-forming protein perforin and granzyme proteases from cytoplasmic granules into the cleft formed between the abutting killer and target cell membranes. Perforin, a 67-kilodalton multidomain protein, oligomerizes to form pores that deliver the pro-apoptopic granzymes into the cytosol of the target cell. The importance of perforin is highlighted by the fatal consequences of congenital perforin deficiency, with more than 50 different perforin mutations linked to familial haemophagocytic lymphohistiocytosis (type 2 FHL). Here we elucidate the mechanism of perforin pore formation by determining the X-ray crystal structure of monomeric murine perforin, together with a cryo-electron microscopy reconstruction of the entire perforin pore. Perforin is a thin 'key-shaped' molecule, comprising an amino-terminal membrane attack complex perforin-like (MACPF)/cholesterol dependent cytolysin (CDC) domain followed by an epidermal growth factor (EGF) domain that, together with the extreme carboxy-terminal sequence, forms a central shelf-like structure. A C-terminal C2 domain mediates initial, Ca(2+)-dependent membrane binding. Most unexpectedly, however, electron microscopy reveals that the orientation of the perforin MACPF domain in the pore is inside-out relative to the subunit arrangement in CDCs. These data reveal remarkable flexibility in the mechanism of action of the conserved MACPF/CDC fold and provide new insights into how related immune defence molecules such as complement proteins assemble into pores. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1769.map.gz | 12.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1769-v30.xml emd-1769.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1769image.png | 113.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1769 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1769 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | cryo EM reconstruction of perforin pore with 20 fold symmetry (Related to EM entries 1772 and 1773) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Perforin pores on liposomes
全体 | 名称: Perforin pores on liposomes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Perforin pores on liposomes
超分子 | 名称: Perforin pores on liposomes / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Pores heterogeneous in size (15-25 nm) and symmetry (18-28 subunits) 集合状態: 20-mer / Number unique components: 1 |
---|
-分子 #1: Perforin
分子 | 名称: Perforin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Perforin / コピー数: 20 / 集合状態: 20-mer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | InterPro: Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.005 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 0.15M NaCl, 1mM CaCl2, 20mM Hepes |
グリッド | 詳細: 300, 400 lacey copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: liposomes were applied to neg. glow discharged grids first, then protein solution was added. Grids were left inside Vitrobot equilibrated at 37C for 1-2 min for pore formaition. Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.424 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.807 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry LN2 cooled, single tilt / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000x magnification |
日付 | 2007年4月23日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 260 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Estimated with CTFFIND3, then phases flipped for each particle |
---|---|
最終 2次元分類 | クラス数: 10 |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C20 (20回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic, Spider 詳細: 20-fold symmetrised reconstruction. Hand of the map has not been determined 使用した粒子像数: 59 |
詳細 | Image regions containing the pores with small surrounding areas of membrane were selected manually using EMAN-Boxer software |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera |
詳細 | fitting was done manually |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |