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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1702 | |||||||||
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タイトル | Kif18A (ATP state) head bound to a microtubule | |||||||||
マップデータ | 15 protofilament microtubule decorated with the motor domain of Kif18A complexed with AMPPNP | |||||||||
試料 |
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キーワード | Molecular motor (分子モーター) / kinesin 8 / ruby-helix | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Peters C / Brejc K / Belmont L / Bodey A / Lee Y / Yu M / Ramchandani S / Guo J / Lichtsteiner S / Wood KW ...Peters C / Brejc K / Belmont L / Bodey A / Lee Y / Yu M / Ramchandani S / Guo J / Lichtsteiner S / Wood KW / Sakowicz R / Hartman J / Moores C | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2010 タイトル: Insight into the molecular mechanism of the multitasking kinesin-8 motor. 著者: Carsten Peters / Katjuša Brejc / Lisa Belmont / Andrew J Bodey / Yan Lee / Ming Yu / Jun Guo / Roman Sakowicz / James Hartman / Carolyn A Moores / 要旨: Members of the kinesin-8 motor class have the remarkable ability to both walk towards microtubule plus-ends and depolymerise these ends on arrival, thereby regulating microtubule length. To analyse ...Members of the kinesin-8 motor class have the remarkable ability to both walk towards microtubule plus-ends and depolymerise these ends on arrival, thereby regulating microtubule length. To analyse how kinesin-8 multitasks, we studied the structure and function of the kinesin-8 motor domain. We determined the first crystal structure of a kinesin-8 and used cryo-electron microscopy to calculate the structure of the microtubule-bound motor. Microtubule-bound kinesin-8 reveals a new conformation compared with the crystal structure, including a bent conformation of the α4 relay helix and ordering of functionally important loops. The kinesin-8 motor domain does not depolymerise stabilised microtubules with ATP but does form tubulin rings in the presence of a non-hydrolysable ATP analogue. This shows that, by collaborating, kinesin-8 motor domain molecules can release tubulin from microtubules, and that they have a similar mechanical effect on microtubule ends as kinesin-13, which enables depolymerisation. Our data reveal aspects of the molecular mechanism of kinesin-8 motors that contribute to their unique dual motile and depolymerising functions, which are adapted to control microtubule length. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1702.map.gz | 107.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1702-v30.xml emd-1702.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 4db-AMPPNP_500.tif | 732.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1702 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1702 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 15 protofilament microtubule decorated with the motor domain of Kif18A complexed with AMPPNP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Microtubule complexed with motor domain of Kif18A (ATP state)
全体 | 名称: Microtubule complexed with motor domain of Kif18A (ATP state) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Microtubule complexed with motor domain of Kif18A (ATP state)
超分子 | 名称: Microtubule complexed with motor domain of Kif18A (ATP state) タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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-分子 #1: Motor domain of Kif18A
分子 | 名称: Motor domain of Kif18A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Motor domain of Kif18A / 詳細: Contains the N-terminal 355 aa / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli Rosetta DE3 (大腸菌) |
-分子 #2: Beta tubulin
分子 | 名称: Beta tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Beta tubulin / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 細胞中の位置: Cytoplasm |
-分子 #3: Alpha tubulin
分子 | 名称: Alpha tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Alpha tubulin / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 細胞中の位置: Cytoplasm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 80mM PIPES, 150mM NaCl, 7mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM beta-mercaptoethanol |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual plunger / Timed resolved state: Sample contained 2mM AMPPNP / 手法: Blotted for 1 sec before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.82 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.74 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cryo-holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lense stigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
詳細 | Low dose |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 21 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping, Wiener |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Ruby-Helix 詳細: Fourier Bessel Synthesis using data from 24 microtubules (32000 asymmetric units) |