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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17018 | |||||||||
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タイトル | Consensus map of HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Polymerase (ポリメラーゼ) / Complex / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
生物種 | Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Gustavsson E / Grunewald K / Elias P / Hallberg M | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Trapped functional states of HSV-1 DNA Polymerase-processivity factor complex by cryo-EM 著者: Gustavsson E / Grunewald K / Elias P / Hallberg M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17018.map.gz | 650.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17018-v30.xml emd-17018.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17018_fsc.xml | 23.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17018.png | 86.5 KB | ||
マスクデータ | emd_17018_msk_1.map | 1.3 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17018.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_17018_half_map_1.map.gz emd_17018_half_map_2.map.gz | 1.2 GB 1.2 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17018 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.505 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17018_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17018_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17018_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state
全体 | 名称: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state |
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要素 |
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-超分子 #1: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state
超分子 | 名称: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: 20mM HEPES pH7.8, 150mM NaCl, 5mM CaCl2, 2mM DTT | |||||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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