[日本語] English
万見
- EMDB-16809: Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16809
タイトルCryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Transcription Elongation Complex (TEC)
    • 複合体: Pyrococcus furiosus RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • 複合体: Nucleotide strands
      • DNA: x 2種
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA (リボ核酸) / Polymerase (ポリメラーゼ) / Elongation / Complex / Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) / Archaea (古細菌) / Transcription (転写 (生物学)) / DNA (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 ...DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tarau DM / Reichelt R / Heiss FB / Pilsl M / Hausner W / Engel C / Grohmann D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB960 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis of archaeal RNA polymerase transcription elongation and Spt4/5 recruitment.
著者: Daniela Tarău / Felix Grünberger / Michael Pilsl / Robert Reichelt / Florian Heiß / Sabine König / Henning Urlaub / Winfried Hausner / Christoph Engel / Dina Grohmann /
要旨: Archaeal transcription is carried out by a multi-subunit RNA polymerase (RNAP) that is highly homologous in structure and function to eukaryotic RNAP II. Among the set of basal transcription factors, ...Archaeal transcription is carried out by a multi-subunit RNA polymerase (RNAP) that is highly homologous in structure and function to eukaryotic RNAP II. Among the set of basal transcription factors, only Spt5 is found in all domains of life, but Spt5 has been shaped during evolution, which is also reflected in the heterodimerization of Spt5 with Spt4 in Archaea and Eukaryotes. To unravel the mechanistic basis of Spt4/5 function in Archaea, we performed structure-function analyses using the archaeal transcriptional machinery of Pyrococcus furiosus (Pfu). We report single-particle cryo-electron microscopy reconstructions of apo RNAP and the archaeal elongation complex (EC) in the absence and presence of Spt4/5. Surprisingly, Pfu Spt4/5 also binds the RNAP in the absence of nucleic acids in a distinct super-contracted conformation. We show that the RNAP clamp/stalk module exhibits conformational flexibility in the apo state of RNAP and that the enzyme contracts upon EC formation or Spt4/5 engagement. We furthermore identified a contact of the Spt5-NGN domain with the DNA duplex that stabilizes the upstream boundary of the transcription bubble and impacts Spt4/5 activity in vitro. This study, therefore, provides the structural basis for Spt4/5 function in archaeal transcription and reveals a potential role beyond the well-described support of elongation.
履歴
登録2023年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16809.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 255.24 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 255.24 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 255.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.06199627 - 0.099025525
平均 (標準偏差)0.000019854486 (±0.004807528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 255.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_16809_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_16809_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16809_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Transcription Elongation Complex (TEC)

全体名称: Transcription Elongation Complex (TEC)
要素
  • 複合体: Transcription Elongation Complex (TEC)
    • 複合体: Pyrococcus furiosus RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1Nポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1Cポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12ポリメラーゼ
    • 複合体: Nucleotide strands
      • DNA: DNA Template Strand
      • DNA: DNA Non-Template Strand
      • RNA: RNAリボ核酸
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Transcription Elongation Complex (TEC)

超分子名称: Transcription Elongation Complex (TEC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14

+
超分子 #2: Pyrococcus furiosus RNA polymerase

超分子名称: Pyrococcus furiosus RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)

+
超分子 #3: Nucleotide strands

超分子名称: Nucleotide strands / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #12-#14
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 103.61225 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列: MQSMKKVIGS IEFGILSPQE IRKMSAVEVT VPDTYDDDGY PIEGGVMDKR MGVIDPGLRC ETCGGRAGEC PGHFGHIELA RPVIHVGFA KTIYRILEST CRECGRIKLT DEEIEEYMKK IELARNRRSE FNEIIKEIHK KAKERMVCPH CGAPQYPIKF E KPTIYWEI ...文字列:
MQSMKKVIGS IEFGILSPQE IRKMSAVEVT VPDTYDDDGY PIEGGVMDKR MGVIDPGLRC ETCGGRAGEC PGHFGHIELA RPVIHVGFA KTIYRILEST CRECGRIKLT DEEIEEYMKK IELARNRRSE FNEIIKEIHK KAKERMVCPH CGAPQYPIKF E KPTIYWEI RKDEQGNEYR HRLMPTEVRD WLEKIPDKDL PLLGLDPEKS RPEWMVLTVL PVPPVTARPS ITLETGIRAE DD LTHKLVD IIRINNRLKQ NIEAGAPQLI IEDLWDLLQY HVTTYINNEA PGVPPAKHKS GRPLKTLAQR LKGKEGRFRG NLS GKRVNF SARTVISPDP MISINEVGVP VEVAMELTVP EKVTEFNIER LRKMVLNGPD KYPGANYVID PEGRRRRIMD SNKE TLANQ LDIGWTVERH LMDGDIVLFN RQPSLHRMSI MAHRVRVMPY RTFRLNLAVC PPYNADFDGD EMNLHVPQTE EAQAE ARIL MEVQNHIISP RYGGPIIGGI QDHISGGYLL TREGAYFTRD EVEQMLMFAG VDITELPEPD KYDENGNPLW SGKTIF SLL LPEDLTVWYR NKLCDEPERC EALEKLIEEK LMPDPEEVRK LAYDGFVYIQ NGKLLSGAID KKAYGREDGI ILDLIVR EY GVERARQFLD QVTKLTIWVI THKGFTTGID DEDLPEEARD RIREIIREAE ERVNKLIEAY KRGELEPLPG KSLEDTLE S LIMAVLAEAR DNAGAVAEKY LGMDNHTVIM AKTGARGKIL NITQMAALLG QQSIRGKRLY RGFRGRVLSH FKPGDLGAR AKGFVVNSYK SGLTPQEYFF HAMGGREGLV DTAVRTAQSG YMQRRLINAL QDLKVEYDGT VRSPEGIIVQ FKYGEDGVDP MKSWRGKTV DVDRIIVRTL LKMRGNNKAK V

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 127.188898 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列: MRGPTVVDVT PDDLWIVMES YWQEKGLVRQ HLDSYNAFIE RGLQEVVNEF GGIKPDIPDF EVKFGKIRVG EPEFQEPHGQ RKPLYPMDA RIRNLTYAAP LYLEMIPVIK GVEQDPVEVR IGELPIMLKS KVCRLYGLSD EELIKLGEDP KDPGGYFIIN G SERVIVSI ...文字列:
MRGPTVVDVT PDDLWIVMES YWQEKGLVRQ HLDSYNAFIE RGLQEVVNEF GGIKPDIPDF EVKFGKIRVG EPEFQEPHGQ RKPLYPMDA RIRNLTYAAP LYLEMIPVIK GVEQDPVEVR IGELPIMLKS KVCRLYGLSD EELIKLGEDP KDPGGYFIIN G SERVIVSI EDIAPNRTLV EKDERQEKYI AKVFSYRHGY RALVAVERRK DGILYVDIPN VPKPVKFVYV MRALGLERDK DI VEAVGND PEVQQIMFDN LEDASDITTQ QEALEFIGKL VAPGQAREYR LKRAEYVIDN NLLPHMGVSP EDRIKKAYYL GMM ALKVIE LSLGRRPEDD KDHYANKRLR LAGDLLKDLF RVAFSQLVKD IQYQMTKTYQ RKGDKYTFGN IHRFIRNSIR PDVL TERIE HALATGAWPG GRTGVSQLLD RTNYMSTLSH LRRVTSPLDR EQPHFEARDL HGTHWGRICP TETPEGPNCG LVKNL ALMA QITTAVPEEE IREYLMSLGI VPIEVRRPDP TLWRVYLNGV LIGTIEDGKA LVQRIRQDRR SGKISDVINV AYYEDV KEV YVNSDDGRVR RPLIIVENGV PKLTKEHVQA VKEGRLKWSD LIKMGIIEYL DAEEEENAYV AMWPWEVTEE HTHLELM PA AILGLPASLV PYPEHNAAPR NTYGAGMAKQ SLGLGWANFR IRVDTRGHLL HYPQIPLVNS RIMKAVGYED RPAGQNFV V AVLAYQGYNM EDAIIINKAS IERGLARSTF FRTYEAEEKK YLGGQTDKFE IPDPTVRGYR GEKYYRNLDE DGLIFPESK VEGKDVLVGR TSPPRFLEER GLGTVSLQER RETSVAVRPS EKGVVDKVII TETGDGTKLV KVTVRDLRIP ELGDKFASRH GQKGVIGLI VPQEDMPWTE SGIVPDLIVN PHGIPSRMTV GQLIEAIGGK VASLKGRRVD GTAFIGEPEE KLRKELEELG F KHTGREIM YDGITGKRLE ADIFIGVIYY QRLHHMVADK IHARSRGPVQ VLTKQPTEGR AREGGLRFGE MERDVLVGHG AA MLLIERL LEESDKTEVW VCENCGHIAL EDKRRRRVYC PVCGEEERIS KVEMSYAFKL LLDELKAMVI RPKLNLSERV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 44.468156 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列: MVSLSTIKSL IEKKGANLPE NVKSELYEKL KKYNEKYKLT KAEIEAIIDD VVKEYERALV EPGEPVGTVA AQSIGEPSTQ MTLNTFHYA GVAEINVTLG LPRIIEIVDA RKNPSTPMMT VYLDEEHRYD RAKAEEVARR IEGTTLENLA RSTTLDLINF E FIVEIDPE ...文字列:
MVSLSTIKSL IEKKGANLPE NVKSELYEKL KKYNEKYKLT KAEIEAIIDD VVKEYERALV EPGEPVGTVA AQSIGEPSTQ MTLNTFHYA GVAEINVTLG LPRIIEIVDA RKNPSTPMMT VYLDEEHRYD RAKAEEVARR IEGTTLENLA RSTTLDLINF E FIVEIDPE RLERSGLTME KVVKKLESSF KSAEFEVDGY TLIVRPKKAD KISDLRRFAE KIKKHRLKGL SGVGKTIVRK EG DEYVIYT EGSNFKQVLK VPGVDPTRTR TNNIHEIAEV LGIEAARNAI IDEIVSTMQE QGLEVDIRHI MLVADMMTLD GIV RPIGRH GVVGEKSSVL ARAAFEITVQ HLFEAAEKGE VDNLNGVIEN VLIGQPVPVG TGMVKLTMKL PLRPQKEKEE V

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 29.817182 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列: MAGIEVQILE KKEDSIKFVL KGVHVSFANA LRRTILGEVP TFAVDEVEFY ENDSALFDEI IAHRLAMIPL TTPVDRFELD ALELDDYTV TLSLEAEGPG IVYSGDLKSD DPDVKPVNPN IPIVKLAEGQ RLVFNAYAKL GRGKDHAKWQ PGFVYYKYYT I VHISKSIP ...文字列:
MAGIEVQILE KKEDSIKFVL KGVHVSFANA LRRTILGEVP TFAVDEVEFY ENDSALFDEI IAHRLAMIPL TTPVDRFELD ALELDDYTV TLSLEAEGPG IVYSGDLKSD DPDVKPVNPN IPIVKLAEGQ RLVFNAYAKL GRGKDHAKWQ PGFVYYKYYT I VHISKSIP EWKELKKLAK KRGLPVEETE EEVLVTTIKP FYIPKDFEEY EGKEIWEEIV PNTYIFTVET NGELPVEEIV SI ALKILMR KADRFISELQ KLTS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 21.731455 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列: MYKIVTVKDV VRIPPTMFTM DPKEAAKIIL RETYEGTYDK DEGVILSILE VKDIKDGIII PGDGATYHEV VFDVLVWEPK IHEVVEGYV ADVMPFGAFI RIGPIDGLVH ISQLMDDYVV YDERNKQFVG KEKKYLLKIG DLVRARIINI SAKSKVIREN R IGLTMRQP ...文字列:
MYKIVTVKDV VRIPPTMFTM DPKEAAKIIL RETYEGTYDK DEGVILSILE VKDIKDGIII PGDGATYHEV VFDVLVWEPK IHEVVEGYV ADVMPFGAFI RIGPIDGLVH ISQLMDDYVV YDERNKQFVG KEKKYLLKIG DLVRARIINI SAKSKVIREN R IGLTMRQP GLGKFEWIEK EKKKEKEEGK K

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 14.116311 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列:
MIGRGKLGEK YITIAEAKEL LLKRREEEVK AGIEEPLYYE ARLALEHAER FAKLPADKAK EAVEELMNAF EWMSDRIACK IVDIMPEDS MDLRVIFAKE EYQPTQEEMK QILDILDKYR E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 11.132764 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列:
MKIEVIKKEE NLLEFYLEGE DHTFANLLVE TLRENPHVKF TAYTIEHPIT MARKPRFRVV TDGEITPEEA LEEAAKKIFE RAKEVLEAW EKAVKS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 9.260792 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列:
MAGKKEFSIF DHVLVPEHRV LSEEEKKALL EKYKITLAQL PQIKASDPAV KALGAKPGDV IEIKRKSPTA GVYYYYRVVV ED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 7.800158 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列:
MIVPVRCFTC GKVIGDKYYE FKRRVEAGED PEKVLDDLGL ERYCCRRMLL SHVELIDDIM HYRVY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 6.24349 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列:
MFKYTRFEKA RIIGARALQI SMGAPVLIDV PPGITPLEAA ILEFEKGVIP ITVIRPS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 5.77005 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
配列文字列:
MVEAVYRCFK CGREVKLDLS ITRDLRCPYC GSKILYKPRP KVPRRVKAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12

+
分子 #12: DNA Template Strand

分子名称: DNA Template Strand / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 6.190001 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)

+
分子 #13: DNA Non-Template Strand

分子名称: DNA Non-Template Strand / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 2.963969 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)

+
分子 #14: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
分子量理論値: 2.909823 KDa
配列文字列:
GACCAGGCG

+
分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 88.73 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 333535

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6kf9


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8cro:
Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る