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- EMDB-16569: PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex from Plasmodium falciparum bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16569
タイトルPfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex from Plasmodium falciparum bound to antibody Cy.003
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003
    • タンパク質・ペプチド: Rh5-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine-rich protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Reticulocyte-binding protein homolog 5
    • タンパク質・ペプチド: Cy.003 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Cy.003 heavy chain
キーワードPlasmodium falciparum / erythrocyte-invasion / PfRCR / blood stage malaria vaccine / CELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry lumen / rhoptry / microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle ...rhoptry lumen / rhoptry / microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain / Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF様ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
Rh5-interacting protein / Reticulocyte-binding protein homolog 5 / Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Farrell B / Higgins MK
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust220797/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: The PfRCR complex bridges malaria parasite and erythrocyte during invasion.
著者: Brendan Farrell / Nawsad Alam / Melissa N Hart / Abhishek Jamwal / Robert J Ragotte / Hannah Walters-Morgan / Simon J Draper / Ellen Knuepfer / Matthew K Higgins /
要旨: The symptoms of malaria occur during the blood stage of infection, when parasites invade and replicate within human erythrocytes. The PfPCRCR complex, containing PfRH5 (refs. ), PfCyRPA, PfRIPR, ...The symptoms of malaria occur during the blood stage of infection, when parasites invade and replicate within human erythrocytes. The PfPCRCR complex, containing PfRH5 (refs. ), PfCyRPA, PfRIPR, PfCSS and PfPTRAMP, is essential for erythrocyte invasion by the deadliest human malaria parasite, Plasmodium falciparum. Invasion can be prevented by antibodies or nanobodies against each of these conserved proteins, making them the leading blood-stage malaria vaccine candidates. However, little is known about how PfPCRCR functions during invasion. Here we present the structure of the PfRCR complex, containing PfRH5, PfCyRPA and PfRIPR, determined by cryogenic-electron microscopy. We test the hypothesis that PfRH5 opens to insert into the membrane, instead showing that a rigid, disulfide-locked PfRH5 can mediate efficient erythrocyte invasion. We show, through modelling and an erythrocyte-binding assay, that PfCyRPA-binding antibodies neutralize invasion through a steric mechanism. We determine the structure of PfRIPR, showing that it consists of an ordered, multidomain core flexibly linked to an elongated tail. We also show that the elongated tail of PfRIPR, which is the target of growth-neutralizing antibodies, binds to the PfCSS-PfPTRAMP complex on the parasite membrane. A modular PfRIPR is therefore linked to the merozoite membrane through an elongated tail, and its structured core presents PfCyRPA and PfRH5 to interact with erythrocyte receptors. This provides fresh insight into the molecular mechanism of erythrocyte invasion and opens the way to new approaches in rational vaccine design.
履歴
登録2023年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 346.112 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 346.112 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 346.112 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0
最小 - 最大-44.522624999999998 - 78.649604999999994
平均 (標準偏差)0.012745163 (±1.1968918)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 346.112 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: composite map after DeepEMhancer

ファイルemd_16569_additional_1.map
注釈composite map after DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody ...

全体名称: PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003
要素
  • 複合体: PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003
    • タンパク質・ペプチド: Rh5-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine-rich protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Reticulocyte-binding protein homolog 5
    • タンパク質・ペプチド: Cy.003 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Cy.003 heavy chain

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超分子 #1: PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody ...

超分子名称: PfRH5-PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

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分子 #1: Rh5-interacting protein

分子名称: Rh5-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 124.275094 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: DLIEGIFYEK NEIDKLTFSL DHRVRDNLKT DLILNNNGEN DYAYLNKYVY TILNRDSTEK IKTFFSHNKD MKSCDYFISK EYQSSDKTN QICYKKTFCG VVIPNSEEIK TNKITNDKLY CAHFQSTHII IYYISQPLLL EPHVVYEETF FEKGKNDQIN C QGMYISLR ...文字列:
DLIEGIFYEK NEIDKLTFSL DHRVRDNLKT DLILNNNGEN DYAYLNKYVY TILNRDSTEK IKTFFSHNKD MKSCDYFISK EYQSSDKTN QICYKKTFCG VVIPNSEEIK TNKITNDKLY CAHFQSTHII IYYISQPLLL EPHVVYEETF FEKGKNDQIN C QGMYISLR SVHVHTHNAI LQQETLTYIK NLCDGKNNCK FDFDSIKYEQ KSLTHYLFFI NIQYQCISPL NLQENEMCDV YN DDTHKAT CKYGFNKIEL LKNVCEENYR CTQDICSVNQ FCDGENETCT CKTSLLPSAK NNCEYNDLCT VLNCPEQSTC EQI GNGKKA ECKCENGKYY HNNKCYTKND LELAIKIEPH KKEKFYKNNL YQGKALKPEY IFMQCENGFS IEVINAYVSC YRVS FNLNK LKYVTESLKK MCDGKTKCAY GNTIDPIDDL NHHNICNNFN TIFKYDYLCV FNNQQITSDK NSHLHSNIPS LYQSS ILPD IQKSKFHLIS RNSRTNQYPH NQISMLEIQN EISSHNSNQF STDPHTNSNN INNMNIKKVE IFRSRFSSKL QCQGGK INI DKAILKGGEG CNDLLLTNSL KSYCNDLSEC DIGLIYHFDT YCINDQYLFV SYSCSNLCNK CHQQSTCYGN RFNYDCF CD NPYISKYGNK LCERPNDCES VLCSQNQVCQ ILPNDKLICQ CEEGYKNVKG KCVPDNKCDL SCPSNKVCVI ENGKQTCK C SERFVLENGV CICANDYKME DGINCIAKNK CKRKEYENIC TNPNEMCAYN EETDIVKCEC KEHYYRSSRG ECILNDYCK DINCKENEEC SIVNFKPECV CKENLKKNNK GECIYENSCL INEGNCPKDS KCIYREYKPH ECVCNKQGHV AVNGKCVLED KCVHNKKCS ENSICVNVMN KEPICVCTYN YYKKDGVCLI QNPCLKDNGG CSRNSECTFK YSKIQCTCKE NYKNKDDSCV P NTNEYDES FTFQYNDDAS IILGACGMIE FSYIYNQIIW KIQNSKESYV FYYDYPTAGN IEVQIKNEIF HTIIYLKKKI GN SVIYDDF QVDHQTCIYE NVFYYSNQNE PEA

UniProtKB: Rh5-interacting protein

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分子 #2: Cysteine-rich protective antigen

分子名称: Cysteine-rich protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 40.184039 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DSRHVFIRTE LSFIKNNVPC IRDMFFIYKR ELYNICLDDL KGEEDETHIY VQKKVKDSWI TLNDLFKETD LTGRPHIFAY VDVEEIIIL LCEDEEFSNR KKDMTCHRFY SNDGKEYNNA EITISDYILK DKLLSSYVSL PLKIENREYF LICGVSPYKF K DDNKKDDI ...文字列:
DSRHVFIRTE LSFIKNNVPC IRDMFFIYKR ELYNICLDDL KGEEDETHIY VQKKVKDSWI TLNDLFKETD LTGRPHIFAY VDVEEIIIL LCEDEEFSNR KKDMTCHRFY SNDGKEYNNA EITISDYILK DKLLSSYVSL PLKIENREYF LICGVSPYKF K DDNKKDDI LCMASHDKGE TWGTKIVIKY DNYKLGVQYF FLRPYISKND LSFHFYVGDN INNVKNVNFI ECTHEKDLEF VC SNRDFLK DNKVLQDVST LNDEYIVSYG NDNNFAECYI FFNNENSILI KPEKYGNTAA GCYGGTFVKI DENRALFIYS SSQ GIYNIH TIYYANYEGG GGSEPEA

UniProtKB: Cysteine-rich protective antigen

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分子 #3: Reticulocyte-binding protein homolog 5

分子名称: Reticulocyte-binding protein homolog 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 60.157004 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: FENAIKKTKN QENNLTLLPI KSTEEEKDDI KNGKDIKKEI DNDKENIKTN NAKDHSTYIK SYLNTNVNDG LKYLFIPSHN SFIKKYSVF NQINDGMLLN EKNDVKNNED YKNVDYKNVN FLQYHFKELS NYNIANSIDI LQEKEGHLDF VIIPHYTFLD Y YKHLSYNS ...文字列:
FENAIKKTKN QENNLTLLPI KSTEEEKDDI KNGKDIKKEI DNDKENIKTN NAKDHSTYIK SYLNTNVNDG LKYLFIPSHN SFIKKYSVF NQINDGMLLN EKNDVKNNED YKNVDYKNVN FLQYHFKELS NYNIANSIDI LQEKEGHLDF VIIPHYTFLD Y YKHLSYNS IYHKSSTYGK YIAVDAFIKK INEAYDKVKS KCNDIKNDLI ATIKKLEHPY DINNKNDDSY RYDISEEIDD KS EETDDET EEVEDSIQDT DSNHTPSNKK KNDLMNRAFK KMMDEYNTKK KKLIKCIKNH ENDFNKICMD MKNYGTNLFE QLS CYNNNF CNTNGIRYHY DEYIHKLILS VKSKNLNKDL SDMTNILQQS ELLLTNLNKK MGSYIYIDTI KFIHKEMKHI FNRI EYHTK IINDKTKIIQ DKIKLNIWRT FQKDELLKRI LDMSNEYSLF ITSDHLRQML YNTFYSKEKH LNNIFHHLIY VLQMK FNDV PIKMEYFQTY KKNKPLTQ

UniProtKB: Reticulocyte-binding protein homolog 5

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分子 #4: Cy.003 light chain

分子名称: Cy.003 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 22.083281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ALTQPSSVSA NPGETVKITC SGGSSSYYGW YQQKSPGSAP VTLIYNNQKR PSDIPSRFSG SKSGSTGTLT ITGVQAEDEA VYFCGSRDN SGGIFGAGTT LTVLRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST ...文字列:
ALTQPSSVSA NPGETVKITC SGGSSSYYGW YQQKSPGSAP VTLIYNNQKR PSDIPSRFSG SKSGSTGTLT ITGVQAEDEA VYFCGSRDN SGGIFGAGTT LTVLRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNR

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分子 #5: Cy.003 heavy chain

分子名称: Cy.003 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 23.362984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVTLDESGGG LQTPGGALSL VCKGSGFFSF SSYTMQWVRQ APGKGLEWVA SISSGGGTNY GAAVKGRATI SRDNGQSTLR LQLNNLRAE DTGTYYCAKH GVNGCDWSYS VGCVDAWGHG TEVIVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
AVTLDESGGG LQTPGGALSL VCKGSGFFSF SSYTMQWVRQ APGKGLEWVA SISSGGGTNY GAAVKGRATI SRDNGQSTLR LQLNNLRAE DTGTYYCAKH GVNGCDWSYS VGCVDAWGHG TEVIVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.97 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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