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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16448 | |||||||||
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タイトル | Replication Protein A bound to DNADNA複製 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Madru C / Martinez-Carranza M / Legrand P / Sauguet L | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: DNA-binding mechanism and evolution of replication protein A. 著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke ...著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke / Didier Flament / Mart Krupovic / Pierre Legrand / Ludovic Sauguet / 要旨: Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in ...Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in Archaea, the third domain of life. By using an integrative structural, biochemical and biophysical approach, we extensively characterize RPA from Pyrococcus abyssi in the presence and absence of DNA. The obtained X-ray and cryo-EM structures reveal that the trimerization core and interactions promoting RPA clustering on ssDNA are shared between archaea and eukaryotes. However, we also identified a helical domain named AROD (Acidic Rpa1 OB-binding Domain), and showed that, in Archaea, RPA forms an unanticipated tetrameric supercomplex in the absence of DNA. The four RPA molecules clustered within the tetramer could efficiently coat and protect stretches of ssDNA created by the advancing replisome. Finally, our results provide insights into the evolution of this primordial replication factor in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16448.map.gz | 327.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16448-v30.xml emd-16448.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16448_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16448.png | 54.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16448_msk_1.map | 347.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_16448_half_map_1.map.gz emd_16448_half_map_2.map.gz | 322.1 MB 322.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16448 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.76 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16448_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16448_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16448_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA
全体 | 名称: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA
超分子 | 名称: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 180 KDa |
-超分子 #2: RPA 1, 2 and 3
超分子 | 名称: RPA 1, 2 and 3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
-超分子 #3: poly dT
超分子 | 名称: poly dT / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: RPA1
分子 | 名称: RPA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSVLTKDRII EIIERKTGMS REEIEEEIRK IMEEDPYLSE QGAAALLAER LGIDLIEKEE VSLMRISELY PGMDPREVNV VGRVLKKYPP REYTRKDGSV GRVASLIIYD DSGRARVVLW DAKVSEYYNK IEVGDVIKVL DAQVKESLSG LPELHINFRA RIILNPDDPR ...文字列: MSVLTKDRII EIIERKTGMS REEIEEEIRK IMEEDPYLSE QGAAALLAER LGIDLIEKEE VSLMRISELY PGMDPREVNV VGRVLKKYPP REYTRKDGSV GRVASLIIYD DSGRARVVLW DAKVSEYYNK IEVGDVIKVL DAQVKESLSG LPELHINFRA RIILNPDDPR VEMIPPLEEV RVATYTRKKI KDIEAGDRFV EVRGTIAKVY RVLTYDACPE CKKKVDYDEG LGVWICPEHG EVQPIKMTIL DFGLDDGTGY IRVTLFGDDA EELLGVSPEE IAEKIKELEE SGLTTKEAAR KLAEDEFYNI IGREIVVRGN VIEDRFLGLI LRASSWEDVD YRREIERIKE ELEKLGVM |
-分子 #2: RPA2
分子 | 名称: RPA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKKRMPATR LYIKDILEGY FVKSEGDFEP NYLITKYARK VYRAKIVGTV VREPLIAEDE TYGKFQVDDG TGVIWVLGFR DDTKFAKLVR KGDLVQVIGK IAEWRDDKQI LVEGVSKVHP NMWILHRYET LKEKIEHIKK AKIALEIYNQ YGITAKSKVI AKNKGIEEEL ...文字列: MSKKRMPATR LYIKDILEGY FVKSEGDFEP NYLITKYARK VYRAKIVGTV VREPLIAEDE TYGKFQVDDG TGVIWVLGFR DDTKFAKLVR KGDLVQVIGK IAEWRDDKQI LVEGVSKVHP NMWILHRYET LKEKIEHIKK AKIALEIYNQ YGITAKSKVI AKNKGIEEEL LEVIDELYGI MMEERSIEEP MEELLEEEIP EEKEENELLE KAKEDILNIL RQKRTAISRK YILKKLGDKY DEETIDDAIT ELLAQGEIYE PETGYYKLL |
-分子 #3: RPA3
分子 | 名称: RPA3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GTGDGSEVQV RRRKPAVERK ISEIREEDTR VSLIGRVIKV DKMDYMFWLD DGTGVAIIES ESDLPKVGQV VRVIGRIIRN EEGIHIYAEV IQDFSDADLE ALEEIRELER KLLPRLEGEI VW |
-分子 #4: poly dT
分子 | 名称: poly dT / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |