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- EMDB-16402: GRM3C BMC shell from R. palustris, T=7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16402
タイトルGRM3C BMC shell from R. palustris, T=7
マップデータPost-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris BisB18
キーワードBacterial microcompartment / BMC shell / GRM3 / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
生物種Rhodopseudomonas palustris BisB18 (光合成細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Greber BJ / Ferlez BH / Kirst H / Sutter M / Nogales E / Kerfeld CA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI114975-06 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0023395 米国
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2023
タイトル: Heterologous Assembly of Pleomorphic Bacterial Microcompartment Shell Architectures Spanning the Nano- to Microscale.
著者: Bryan H Ferlez / Henning Kirst / Basil J Greber / Eva Nogales / Markus Sutter / Cheryl A Kerfeld /
要旨: Many bacteria use protein-based organelles known as bacterial microcompartments (BMCs) to organize and sequester sequential enzymatic reactions. Regardless of their specialized metabolic function, ...Many bacteria use protein-based organelles known as bacterial microcompartments (BMCs) to organize and sequester sequential enzymatic reactions. Regardless of their specialized metabolic function, all BMCs are delimited by a shell made of multiple structurally redundant, yet functionally diverse, hexameric (BMC-H), pseudohexameric/trimeric (BMC-T), or pentameric (BMC-P) shell protein paralogs. When expressed without their native cargo, shell proteins have been shown to self-assemble into 2D sheets, open-ended nanotubes, and closed shells of ≈40 nm diameter that are being developed as scaffolds and nanocontainers for applications in biotechnology. Here, by leveraging a strategy for affinity-based purification, it is demonstrated that a wide range of empty synthetic shells, many differing in end-cap structures, can be derived from a glycyl radical enzyme-associated microcompartment. The range of pleomorphic shells observed, which span ≈2 orders of magnitude in size from ≈25 nm to ≈1.8 µm, reveal the remarkable plasticity of BMC-based biomaterials. In addition, new capped nanotube and nanocone morphologies are observed that are consistent with a multicomponent geometric model in which architectural principles are shared among asymmetric carbon, viral protein, and BMC-based structures.
履歴
登録2022年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 420 pix.
= 589.26 Å		1.4 Å/pix.
x 420 pix.
= 589.26 Å		1.4 Å/pix.
x 420 pix.
= 589.26 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.403 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.026
最小 - 最大-0.044316947 - 0.104520686
平均 (標準偏差)0.0002204055 (±0.0062170494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 589.26 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Unfiltered half-map

ファイルemd_16402_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map

ファイルemd_16402_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris ...

全体名称: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris BisB18
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris BisB18

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超分子 #1: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris ...

超分子名称: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris BisB18
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rhodopseudomonas palustris BisB18 (光合成細菌)
分子量理論値: 4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES-NaOH
50.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.01 %Nonidet P40 (NP-40)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 3 / 支持フィルム - #0 - 材質: GOLD / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 4 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 35638 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 実像数: 378 / #0 - 平均電子線量: 25.0 e/Å2
#0 - 詳細: Images collected on carbon-coated holey carbon grid.
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 実像数: 724 / #1 - 平均電子線量: 25.0 e/Å2
#1 - 詳細: Images collected on carbon-coated holey gold grid.
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 90863
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9309


詳細: Size of icosahedral starting map adjusted to match approximate particle diameter.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Final reconstruction computed from symmetry expanded dataset (60 x 1042 = 62,520 particle images).
使用した粒子像数: 1042
詳細Combined dataset from all collected micrographs.
Image recording ID1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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