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- EMDB-16289: Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16289
タイトルCryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells
マップデータ
試料
  • 細胞: Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Feldmueller M / Wohlfarth JC / Loessner M / Pilhofer M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number
Swiss National Science Foundation31003A_170042 スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / : 2023
タイトル: L-form conversion in Gram-positive bacteria enables escape from phage infection.
著者: Jan C Wohlfarth / Miki Feldmüller / Alissa Schneller / Samuel Kilcher / Marco Burkolter / Susanne Meile / Martin Pilhofer / Markus Schuppler / Martin J Loessner /
要旨: At the end of a lytic bacteriophage replication cycle in Gram-positive bacteria, peptidoglycan-degrading endolysins that cause explosive cell lysis of the host can also attack non-infected bystander ...At the end of a lytic bacteriophage replication cycle in Gram-positive bacteria, peptidoglycan-degrading endolysins that cause explosive cell lysis of the host can also attack non-infected bystander cells. Here we show that in osmotically stabilized environments, Listeria monocytogenes can evade phage predation by transient conversion to a cell wall-deficient L-form state. This L-form escape is triggered by endolysins disintegrating the cell wall from without, leading to turgor-driven extrusion of wall-deficient, yet viable L-form cells. Remarkably, in the absence of phage predation, we show that L-forms can quickly revert to the walled state. These findings suggest that L-form conversion represents a population-level persistence mechanism to evade complete eradication by phage attack. Importantly, we also demonstrate phage-mediated L-form switching of the urinary tract pathogen Enterococcus faecalis in human urine, which underscores that this escape route may be widespread and has important implications for phage- and endolysin-based therapeutic interventions.
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16289.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 562.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.6 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-10.893835 (±10.208616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin208-208200
サイズ14401024400
Spacing10241440400
セルA: 13926.4 Å / B: 19584.0 Å / C: 5440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells

全体名称: Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells
要素
  • 細胞: Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells

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超分子 #1: Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells

超分子名称: Cryotomogram of endolysin Ply007 treated Enterococcus faecalis cells
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 9.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 9.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 135.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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