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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16135 | ||||||||||||
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タイトル | Escherichia coli anaerobic fatty acid beta oxidation trifunctional enzyme (anEcTFE) tetrameric complex | ||||||||||||
マップデータ | anEcTFE A2B2 half map 1 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / heterotetramer / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-ヒドロキシ酪酸-CoA エピメラーゼ / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity ...fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-ヒドロキシ酪酸-CoA エピメラーゼ / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sah-Teli SK / Pinkas M / Novacek J / Venkatesan R | ||||||||||||
資金援助 | チェコ, フィンランド, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structural basis for different membrane-binding properties of E. coli anaerobic and human mitochondrial β-oxidation trifunctional enzymes. 著者: Shiv K Sah-Teli / Matyas Pinkas / Mikko J Hynönen / Sarah J Butcher / Rik K Wierenga / Jiri Novacek / Rajaram Venkatesan / 要旨: Facultative anaerobic bacteria such as Escherichia coli have two αβ heterotetrameric trifunctional enzymes (TFE), catalyzing the last three steps of the β-oxidation cycle: soluble aerobic TFE ...Facultative anaerobic bacteria such as Escherichia coli have two αβ heterotetrameric trifunctional enzymes (TFE), catalyzing the last three steps of the β-oxidation cycle: soluble aerobic TFE (EcTFE) and membrane-associated anaerobic TFE (anEcTFE), closely related to the human mitochondrial TFE (HsTFE). The cryo-EM structure of anEcTFE and crystal structures of anEcTFE-α show that the overall assembly of anEcTFE and HsTFE is similar. However, their membrane-binding properties differ considerably. The shorter A5-H7 and H8 regions of anEcTFE-α result in weaker α-β as well as α-membrane interactions, respectively. The protruding H-H region of anEcTFE-β is therefore more critical for membrane-association. Mutational studies also show that this region is important for the stability of the anEcTFE-β dimer and anEcTFE heterotetramer. The fatty acyl tail binding tunnel of the anEcTFE-α hydratase domain, as in HsTFE-α, is wider than in EcTFE-α, accommodating longer fatty acyl tails, in good agreement with their respective substrate specificities. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16135.map.gz | 12.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16135-v30.xml emd-16135.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16135_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16135.png | 91.7 KB | ||
その他 | emd_16135_half_map_1.map.gz emd_16135_half_map_2.map.gz | 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16135 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | anEcTFE A2B2 half map 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: anEcTFE A2B2 half map 2
ファイル | emd_16135_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | anEcTFE A2B2 half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: anEcTFE A2B2 half map 2
ファイル | emd_16135_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | anEcTFE A2B2 half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : anEcTFE tetrameric
全体 | 名称: anEcTFE tetrameric |
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要素 |
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-超分子 #1: anEcTFE tetrameric
超分子 | 名称: anEcTFE tetrameric / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: heterotetrameric complex |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI
分子 | 名称: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: acetyl-CoA C-acyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 46.583379 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGQVLPLVTR QGDRIAIVSG LRTPFARQAT AFHGIPAVDL GKMVVGELLA RSEIPAEVIE QLVFGQVVQM PEAPNIAREI VLGTGMNVH TDAYSVSRAC ATSFQAVANV AESLMAGTIR AGIAGGADSS SVLPIGVSKK LARVLVDVNK ARTMSQRLKL F SRLRLRDL ...文字列: MGQVLPLVTR QGDRIAIVSG LRTPFARQAT AFHGIPAVDL GKMVVGELLA RSEIPAEVIE QLVFGQVVQM PEAPNIAREI VLGTGMNVH TDAYSVSRAC ATSFQAVANV AESLMAGTIR AGIAGGADSS SVLPIGVSKK LARVLVDVNK ARTMSQRLKL F SRLRLRDL MPVPPAVAEY STGLRMGDTA EQMAKTYGIT REQQDALAHR SHQRAAQAWS DGKLKEEVMT AFIPPYKQPL VE DNNIRGN SSLADYAKLR PAFDRKHGTV TAANSTPLTD GAAAVILMTE SRAKELGLVP LGYLRSYAFT AIDVWQDMLL GPA WSTPLA LERAGLTMSD LTLIDMHEAF AAQTLANIQL LGSERFAREA LGRAHATGEV DDSKFNVLGG SIAYGHPFAA TGAR MITQT LHELRRRGGG FGLVTACAAG GLGAAMVLEA E UniProtKB: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI |
-分子 #2: Fatty acid oxidation complex subunit alpha
分子 | 名称: Fatty acid oxidation complex subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: enoyl-CoA hydratase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 76.711656 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQ GQQLMAEIHA LPIQVIAAIH GACLGGGLEL ALACHGRVCT DDPKTVLGLP EVQLGLLPGS GGTQRLPRLI G VSTALEMI ...文字列: MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQ GQQLMAEIHA LPIQVIAAIH GACLGGGLEL ALACHGRVCT DDPKTVLGLP EVQLGLLPGS GGTQRLPRLI G VSTALEMI LTGKQLRAKQ ALKLGLVDDV VPHSILLEAA VELAKKERPS SRPLPVRERI LAGPLGRALL FKMVGKKTEH KT QGNYPAT ERILEVVETG LAQGTSSGYD AEARAFGELA MTPQSQALRS IFFASTDVKK DPGSDAPPAP LNSVGILGGG LMG GGIAYV TACKAGIPVR IKDINPQGIN HALKYSWDQL EGKVRRRHLK ASERDKQLAL ISGTTDYRGF AHRDLIIEAV FENL ELKQQ MVAEVEQNCA AHTIFASNTS SLPIGDIAAH ATRPEQVIGL HFFSPVEKMP LVEIIPHAGT SAQTIATTVK LAKKQ GKTP IVVRDKAGFY VNRILAPYIN EAIRMLTQGE RVEHIDAALV KFGFPVGPIQ LLDEVGIDTG TKIIPVLEAA YGERFS APA NVVSSILNDD RKGRKNGRGF YLYGQKGRKS KKQVDPAIYP LIGTQGQGRI SAPQVAERCV MLMLNEAVRC VDEQVIR SV RDGDIGAVFG IGFPPFLGGP FRYIDSLGAG EVVAIMQRLA TQYGSRFTPC ERLVEMGARG ESFWKTTA UniProtKB: Fatty acid oxidation complex subunit alpha |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2.5 mM DTT, 0.0033% amphipol A8-35, pH 8 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 18669 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL 当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8bnu: |