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万見
- EMDB-1608: NwV assembly and maturation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1608
タイトルNwV assembly and maturation
マップデータMap of NwV VLP capsid
試料
  • 試料: NwV
  • ウイルス: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
キーワードAssembly / maturation
生物種Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Tang J / Lee KK / Bothner B / Baker TS / Yeager M / Johnson JE
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Dynamics and stability in maturation of a T=4 virus.
著者: Jinghua Tang / Kelly K Lee / Brian Bothner / Timothy S Baker / Mark Yeager / John E Johnson /
要旨: Nudaurelia capensis omega virus is a T=4, icosahedral virus with a bipartite, positive-sense RNA genome. Expression of the coat protein gene in a baculovirus system was previously shown to result in ...Nudaurelia capensis omega virus is a T=4, icosahedral virus with a bipartite, positive-sense RNA genome. Expression of the coat protein gene in a baculovirus system was previously shown to result in the formation of procapsids when purified at pH 7.6. Procapsids are round, porous particles (480 A diameter) and have T=4 quasi-symmetry. Reduction of pH from 7.6 to 5.0 resulted in virus-like particles (VLP(5.0)) that are morphologically identical with authentic virions, with an icosahedral-shaped capsid and a maximum dimension of 410 A. VLP(5.0) undergoes a maturation cleavage between residues N570 and F571, creating the covalently independent gamma peptide (residues 571-641) that remains associated with the particle. This cleavage also occurs in authentic virions, and in each case, it renders the morphological change irreversible (i.e., capsids do not expand when the pH is raised back to 7.6). However, a non-cleavable mutant, N570T, undergoes the transition reversibly (NT(7.6)<-->NT(5.0)). We used electron cryo-microscopy and three-dimensional image reconstruction to study the icosahedral structures of NT(7.6), NT(5.0), and VLP(5.0) at about 8, 6, and 6 A resolution, respectively. We employed the 2. 8-A X-ray model of the mature virus, determined at pH 7.0 (XR(7.0)), to establish (1) how and why procapsid and capsid structures differ, (2) why lowering pH drives the transition, and (3) why the non-cleaving NT(5.0) is reversible. We show that procapsid assembly minimizes the differences in quaternary interactions in the particle. The two classes of 2-fold contacts in the T=4 surface lattice are virtually identical, both mediated by similarly positioned but dynamic gamma peptides. Furthermore, quasi and icosahedral 3-fold interactions are indistinguishable. Maturation results from neutralizing the repulsive negative charge at subunit interfaces with significant differentiation of quaternary interactions (one 2-fold becomes flat, mediated by a gamma peptide, while the other is bent with the gamma peptide disordered) and dramatic stabilization of the particle. The gamma peptide at the flat contact remains dynamic when cleavage cannot occur (NT(5.0)) but becomes totally immobilized by noncovalent interactions after cleavage (VLP(5.0)).
履歴
登録2009年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月15日-
マップ公開2010年11月16日-
更新2015年5月6日-
現状2015年5月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1608.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 43 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of NwV VLP capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.74 Å/pix.
x 226 pix.
= 452.1 Å		2.74 Å/pix.
x 226 pix.
= 452.1 Å		2.74 Å/pix.
x 226 pix.
= 452.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-6.5527 - 11.179600000000001
平均 (標準偏差)-0.00000000416961 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-113-113-113
サイズ226226226
Spacing226226226
セルA=B=C: 452.1 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.742.742.74
M x/y/z165165165
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z452.100452.100452.100
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-113-113-113
NC/NR/NS226226226
D min/max/mean-6.55311.180-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NwV

全体名称: NwV
要素
  • 試料: NwV
  • ウイルス: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)

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超分子 #1000: NwV

超分子名称: NwV / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Purified / Number unique components: 1

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超分子 #1: Nudaurelia capensis omega virus

超分子名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: NwV / NCBI-ID: 12541 / 生物種: Nudaurelia capensis omega virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: NwV
宿主生物種: Lepidoptera (チョウ目) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 410 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ohf

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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