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- EMDB-16028: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16028
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25 (map 4, one RBD up)
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike protein (Omicron BA.1 variant)
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody W25
キーワードSARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / spike / Omicron (Ο) / BA.1 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / nanobody (ナノボディ) / W25 / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Homo sapiens (ヒト) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.97 Å
データ登録者Modhiran N / Lauer S / Spahn CMT / Watterson D / Schwefel D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SCHW1851/1-2 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25 (map 4, one RBD up)
著者: Schwefel D
履歴
登録2022年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 238 pix.
= 357. Å		1.5 Å/pix.
x 238 pix.
= 357. Å		1.5 Å/pix.
x 238 pix.
= 357. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.49016473 - 1.6704094
平均 (標準偏差)0.0011460189 (±0.064967155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ238238238
Spacing238238238
セルA=B=C: 357.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16028_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_16028_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_16028_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25

全体名称: SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike protein (Omicron BA.1 variant)
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody W25

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25

超分子名称: SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: SARS-CoV-2 spike protein (Omicron BA.1 variant)

分子名称: SARS-CoV-2 spike protein (Omicron BA.1 variant) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL D HKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL D HKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPIIVR EP EDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENG TITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQPTESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAW NRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGNI ADYNY KLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKVSG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGN KPCNGVAGFN CYFPLR SYS FRPTYGVGHQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL KGTGVLTESN KKFLPFQ QF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTW R VYSTGSNVFQ TRAGCLIGAE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSHRRA RSVASQSIIA YTMSLGAEN SVAYSNNSIA IPTNFTISVT TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVF AQVKQIYKTP PIKYFGGFNF SQILPDPSKP SKRSFIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG D IAARDLIC AQKFKGLTVL PPLLTDEMIA QYTSALLAGT ITSGWTFGAG AALQIPFAMQ MAYRFNGIGV TQ NVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TASALGKLQD VVNHNAQALN TLVKQLSSKF GAISSVLNDI FSR LDKVEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR ASANLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFP QSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPREGVFVSN GTHWFVTQRN FYEPQIITTD NTFVS GNCD VVIGIVNNTV YDPLQPELDS FKEELDKYFK NHTSPDVDLG DISGINASVV NIQKEIDRLN EVAKNL NES LIDLQELGKY EQYIKWPWYI WLGFIAGLIA IVMVTIMLCC MTSCCSCLKG CCSCGSCCKF DEDDSEP VL KGVKLHYT

GENBANK: GENBANK: UFO69279.1

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分子 #2: Nanobody W25

分子名称: Nanobody W25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQP A MAQVQLVE SG GGLVQPG ESL RLSCAA SGSI FGIYA VHWFR MAPG KEREFT AGF GSHGSTN YA ASVKGRFT M SRDNAKNTT YLQMNSLKPA DTAVYYCHA L IKNELGFL DY WGPGTQV TVS SAAAHH HHHH GAAEQ KLISE EDLN GAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンtris-(hydroxymethyl)-aminomethan -hydrochlorid
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9125 / 平均露光時間: 3.3 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2458527
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 32512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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