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万見
- EMDB-15701: Outer membrane secretin pore of the type 3 secretion system of Sh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15701
タイトルOuter membrane secretin pore of the type 3 secretion system of Shigella flexneri
マップデータMain map sharpened and masked
試料
  • 複合体: Needle complex of the type 3 secretion system
    • 複合体: Outer membrane secretin pore of the type 3 secretion system
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein MxiD
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
: / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Lunelli M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023
タイトル: Integrative structural analysis of the type III secretion system needle complex from Shigella flexneri.
著者: Lara Flacht / Michele Lunelli / Karol Kaszuba / Zhuo Angel Chen / Francis J O' Reilly / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Michael Kolbe /
要旨: The type III secretion system (T3SS) is a large, transmembrane protein machinery used by various pathogenic gram-negative bacteria to transport virulence factors into the host cell during infection. ...The type III secretion system (T3SS) is a large, transmembrane protein machinery used by various pathogenic gram-negative bacteria to transport virulence factors into the host cell during infection. Understanding the structure of T3SSs is crucial for future developments of therapeutics that could target this system. However, much of the knowledge about the structure of T3SS is available only for Salmonella, and it is unclear how this large assembly is conserved across species. Here, we combined cryo-electron microscopy, cross-linking mass spectrometry, and integrative modeling to determine the structure of the T3SS needle complex from Shigella flexneri. We show that the Shigella T3SS exhibits unique features distinguishing it from other structurally characterized T3SSs. The secretin pore complex adopts a new fold of its C-terminal S domain and the pilotin MxiM[SctG] locates around the outer surface of the pore. The export apparatus structure exhibits a conserved pseudohelical arrangement but includes the N-terminal domain of the SpaS[SctU] subunit, which was not present in any of the previously published virulence-related T3SS structures. Similar to other T3SSs, however, the apparatus is anchored within the needle complex by a network of flexible linkers that either adjust conformation to connect to equivalent patches on the secretin oligomer or bind distinct surface patches at the same height of the export apparatus. The conserved and unique features delineated by our analysis highlight the necessity to analyze T3SS in a species-specific manner, in order to fully understand the underlying molecular mechanisms of these systems. The structure of the type III secretion system from Shigella flexneri delineates conserved and unique features, which could be used for the development of broad-range therapeutics.
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15701.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map sharpened and masked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 480 pix.
= 664.171 Å		1.38 Å/pix.
x 480 pix.
= 664.171 Å		1.38 Å/pix.
x 480 pix.
= 664.171 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38369 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.23210317 - 0.41871837
平均 (標準偏差)0.00010633163 (±0.0044784253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 664.1712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15701_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Main map unsharpened and unmasked

ファイルemd_15701_additional_1.map
注釈Main map unsharpened and unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15701_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15701_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Needle complex of the type 3 secretion system

全体名称: Needle complex of the type 3 secretion system
要素
  • 複合体: Needle complex of the type 3 secretion system
    • 複合体: Outer membrane secretin pore of the type 3 secretion system
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein MxiD

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超分子 #1: Needle complex of the type 3 secretion system

超分子名称: Needle complex of the type 3 secretion system / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

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超分子 #2: Outer membrane secretin pore of the type 3 secretion system

超分子名称: Outer membrane secretin pore of the type 3 secretion system
タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
詳細: Pore formed by the oligomerization of the domains N3, Secretin and S of MxiD
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

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分子 #1: Outer membrane protein MxiD

分子名称: Outer membrane protein MxiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 63.230414 KDa
配列文字列: MKKFNIKSLT LLIVLLPLIV NANNIDSHLL EQNDIAKYVA QSDTVGSFFE RFSALLNYPI VVSKQAAKKR ISGEFDLSNP EEMLEKLTL LVGLIWYKDG NALYIYDSGE LISKVILLEN ISLNYLIQYL KDANLYDHRY PIRGNISDKT FYISGPPALV E LVANTATL ...文字列:
MKKFNIKSLT LLIVLLPLIV NANNIDSHLL EQNDIAKYVA QSDTVGSFFE RFSALLNYPI VVSKQAAKKR ISGEFDLSNP EEMLEKLTL LVGLIWYKDG NALYIYDSGE LISKVILLEN ISLNYLIQYL KDANLYDHRY PIRGNISDKT FYISGPPALV E LVANTATL LDKQVSSIGT DKVNFGVIKL KNTFVSDRTY NMRGEDIVIP GVATVVERLL NNGKALSNRQ AQNDPMPPFN IT QKVSEDS NDFSFSSVTN SSILEDVSLI AYPETNSILV KGNDQQIQII RDIITQLDVA KRHIELSLWI IDIDKSELNN LGV NWQGTA SFGDSFGASF NMSSSASIST LDGNKFIASV MALNQKKKAN VVSRPVILTQ ENIPAIFDNN RTFYVSLVGE RNSS LEHVT YGTLINVIPR FSSRGQIEMS LTIEDGTGNS QSNYNYNNEN TSVLPEVGRT KISTIARVPQ GKSLLIGGYT HETNS NEII SIPFLSSIPV IGNVFKYKTS NISNIVRVFL IQPREIKESS YYNTAEYKSL ISEREIQKTT QIIPSETTLL EDEKSL VSY LNY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 101179
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Homology model obtained from Salmonella secretin
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Focused reconstruction obtained after partial signal subtraction.
使用した粒子像数: 69589
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 72.8
得られたモデル

PDB-8axl:
Outer membrane secretin pore of the type 3 secretion system of Shigella flexneri

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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