[日本語] English
万見
- EMDB-15697: Cryo-EM structure of shCas12k-sgRNA-dsDNA ternary complex (type V... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15697
タイトルCryo-EM structure of shCas12k-sgRNA-dsDNA ternary complex (type V-K CRISPR-associated transposon)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of ShCas12k bound to sgRNA and dsDNA.
    • タンパク質・ペプチド: Cas12k
    • RNA: sgRNASubgenomic mRNA
    • DNA: DNA target strand
    • DNA: DNA non-target strand
  • リガンド: water水
キーワードCRISPR (CRISPR) / complex / transposition / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性Cas12k
機能・相同性情報
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Tenjo-Castano F / Sofos N / Stella S / Fuglsang A / Pape T / Mesa P / Stutzke LS / Temperini P / Montoya G
資金援助 デンマーク, 4件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated Transposon Integration Assembly
著者: Tenjo-Castano F / Sofos N / Stella S / Fuglsang A / Pape T / Mesa P / Stutzke LS / Temperini P / Montoya G
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15697.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.63340837 - 1.4634585
平均 (標準偏差)-0.0009941137 (±0.024763724)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_15697_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: DeepEMhancer map used for model building

ファイルemd_15697_additional_1.map
注釈DeepEMhancer map used for model building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15697_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15697_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ternary complex of ShCas12k bound to sgRNA and dsDNA.

全体名称: Ternary complex of ShCas12k bound to sgRNA and dsDNA.
要素
  • 複合体: Ternary complex of ShCas12k bound to sgRNA and dsDNA.
    • タンパク質・ペプチド: Cas12k
    • RNA: sgRNASubgenomic mRNA
    • DNA: DNA target strand
    • DNA: DNA non-target strand
  • リガンド: water水

-
超分子 #1: Ternary complex of ShCas12k bound to sgRNA and dsDNA.

超分子名称: Ternary complex of ShCas12k bound to sgRNA and dsDNA.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 193 KDa

-
分子 #1: Cas12k

分子名称: Cas12k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 74.738258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQITIQARL ISFESNRQQL WKLMADLNTP LINELLCQLG QHPDFEKWQQ KGKLPSTVVS QLCQPLKTDP RFAGQPSRLY MSAIHIVDY IYKSWLAIQK RLQQQLDGKT RWLEMLNSDA ELVELSGDTL EAIRVKAAEI LAIAMPASES DSASPKGKKG K KEKKPSSS ...文字列:
MSQITIQARL ISFESNRQQL WKLMADLNTP LINELLCQLG QHPDFEKWQQ KGKLPSTVVS QLCQPLKTDP RFAGQPSRLY MSAIHIVDY IYKSWLAIQK RLQQQLDGKT RWLEMLNSDA ELVELSGDTL EAIRVKAAEI LAIAMPASES DSASPKGKKG K KEKKPSSS SPKRSLSKTL FDAYQETEDI KSRSAISYLL KNGCKLTDKE EDSEKFAKRR RQVEIQIQRL TEKLISRMPK GR DLTNAKW LETLLTATTT VAEDNAQAKR WQDILLTRSS SLPFPLVFET NEDMVWSKNQ KGRLCVHFNG LSDLIFEVYC GNR QLHWFQ RFLEDQQTKR KSKNQHSSGL FTLRNGHLVW LEGEGKGEPW NLHHLTLYCC VDNRLWTEEG TEIVRQEKAD EITK FITNM KKKSDLSDTQ QALIQRKQST LTRINNSFER PSQPLYQGQS HILVGVSLGL EKPATVAVVD AIANKVLAYR SIKQL LGDN YELLNRQRRQ QQYLSHERHK AQKNFSPNQF GASELGQHID RLLAKAIVAL ARTYKAGSIV LPKLGDMREV VQSEIQ AIA EQKFPGYIEG QQKYAKQYRV NVHRWSYGRL IQSIQSKAAQ TGIVIEEGKQ PIRGSPHDKA KELALSAYNL RLTRRSG SE FELENLYFQ

UniProtKB: Cas12k

-
分子 #2: sgRNA

分子名称: sgRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 84.006516 KDa
配列文字列: GGAUAUUAAU AGCGCCGCAA UUCAUGCUGC UUGCAGCCUC UGAAUUUUGU UAAAUGAGGG UUAGUUUGAC UGUAUAAAUA CAGUCUUGC UUUCUGACCC UGGUAGCUGC UCACCCUGAU GCUGCUGUCA AUAGACAGGA UAGGUGCGCU CCCAGCAAUA A GGGCGCGG ...文字列:
GGAUAUUAAU AGCGCCGCAA UUCAUGCUGC UUGCAGCCUC UGAAUUUUGU UAAAUGAGGG UUAGUUUGAC UGUAUAAAUA CAGUCUUGC UUUCUGACCC UGGUAGCUGC UCACCCUGAU GCUGCUGUCA AUAGACAGGA UAGGUGCGCU CCCAGCAAUA A GGGCGCGG AUGUACUGCU GUAGUGGCUA CUGAAUCACC CCCGAUCAAG GGGGAACCCU CCAAAAGGUG GGUUGAAAGG AG AAGUCAU UUAAUAAGGC CACU

-
分子 #3: DNA target strand

分子名称: DNA target strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 16.858855 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT) (DC)(DA)(DA)(DC)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT) (DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)

-
分子 #4: DNA non-target strand

分子名称: DNA non-target strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 17.027963 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG) (DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG) (DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)

-
分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度9.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMKClsodium chloride塩化ナトリウム
30.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 s blotting, 4 degrees celcius.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2231 / 平均露光時間: 45.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 858078
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: A reconstruction of the shCas12k-sgRNA complex
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 3000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 136646
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8axa:
Cryo-EM structure of shCas12k-sgRNA-dsDNA ternary complex (type V-K CRISPR-associated transposon)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る