+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1553 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pretranslocation ribosome. Group after ML3D classification. Racheted ribosome with tRNAs in hybrid positions. | |||||||||
マップデータ | Racheted ribosome with tRNAs in hybrid positions. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ribosome / pretranslocation / hybrid | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Julian P / Konevega AL / Scheres SHW / Lazaro M / Gil D / Wintermeyer W / Rodnina MV / Valle M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008 タイトル: Structure of ratcheted ribosomes with tRNAs in hybrid states. 著者: Patricia Julián / Andrey L Konevega / Sjors H W Scheres / Melisa Lázaro / David Gil / Wolfgang Wintermeyer / Marina V Rodnina / Mikel Valle / 要旨: During protein synthesis, tRNAs and mRNA move through the ribosome between aminoacyl (A), peptidyl (P), and exit (E) sites of the ribosome in a process called translocation. Translocation is ...During protein synthesis, tRNAs and mRNA move through the ribosome between aminoacyl (A), peptidyl (P), and exit (E) sites of the ribosome in a process called translocation. Translocation is accompanied by the displacement of the tRNAs on the large ribosomal subunit toward the hybrid A/P and P/E states and by a rotational movement (ratchet) of the ribosomal subunits relative to one another. So far, the structure of the ratcheted state has been observed only when translation factors were bound to the ribosome. Using cryo-electron microscopy and classification, we show here that ribosomes can spontaneously adopt a ratcheted conformation with tRNAs in their hybrid states. The peptidyl-tRNA molecule in the A/P state, which is visualized here, is not distorted compared with the A/A state except for slight adjustments of its acceptor end, suggesting that the displacement of the A-site tRNA on the 50S subunit is passive and is induced by the 30S subunit rotation. Simultaneous subunit ratchet and formation of the tRNA hybrid states precede and may promote the subsequent rapid and coordinated tRNA translocation on the 30S subunit catalyzed by elongation factor G. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1553.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1553-v30.xml emd-1553.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1553.jpg | 59.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1553 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1553 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1553_validation.pdf.gz | 233.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1553_full_validation.pdf.gz | 232.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1553_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1553 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1553 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Racheted ribosome with tRNAs in hybrid positions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu
全体 | 名称: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu
超分子 | 名称: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
---|
-超分子 #1: 70S E.coli ribosome in the pretranslocation state
超分子 | 名称: 70S E.coli ribosome in the pretranslocation state / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: pretranslocation ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5 30mM KCl 70 mM NH4Cl 20 mM MgCl2 2 mM spermine |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryoEM |
グリッド | 詳細: Quantifoil 300 mesh copper |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: single blot for 1.5 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
---|---|
温度 | 平均: 90 K |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.2 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダー: single tilt cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: volume |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER XMIPP / 詳細: subset after ML3D classification / 使用した粒子像数: 12590 |