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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15495 | |||||||||
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タイトル | 280 A SynPspA rod after incubation with ATP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleotide binding (ヌクレオチド) / Helical assembly / ESCRT-III fold / Membrane remodeling / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | PspA/IM30 / PspA/IM30 family / Chloroplast membrane-associated 30 kD protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Junglas B / Hudina E / Schoennenbeck P / Ritter I / Santiago-Schuebel B / Huesgen P / Sachse C | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Non-canonical ATPase activity drives PspA membrane constriction 著者: Junglas B / Hudina E / Schoennenbeck P / Ritter I / Santiago-Schuebel B / Huesgen P / Sachse C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15495.map.gz | 8.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15495-v30.xml emd-15495.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15495_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15495.png | 56.1 KB | ||
マスクデータ | emd_15495_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15495.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_15495_additional_1.map.gz emd_15495_half_map_1.map.gz emd_15495_half_map_2.map.gz | 16.5 MB 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15495 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15495 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8akwMC 8akqC 8akrC 8aksC 8aktC 8akuC 8akvC 8akxC 8akyC 8akzC 8al0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.362 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15495_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local filtered map
ファイル | emd_15495_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15495_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15495_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Phage shock protein A (PspA)
全体 | 名称: Phage shock protein A (PspA) |
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要素 |
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-超分子 #1: Phage shock protein A (PspA)
超分子 | 名称: Phage shock protein A (PspA) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 143.2 kDa/nm |
-分子 #1: Chloroplast membrane-associated 30 kD protein
分子 | 名称: Chloroplast membrane-associated 30 kD protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa |
分子量 | 理論値: 28.097758 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSSAALEVLF QGPMELFNRV GRVLKSQLTH WQQQQEAPED LLERLLGEME LELIELRRAL AQTIATFKST ERQRDAQQL IAQRWYEKAQ AALDRGNEQL AREALGQRQS YQSHTEALGK SLGEQRALVE QVRGQLQKLE RKYLELKSQK N LYLARLKS ...文字列: MGSSHHHHHH SSSAALEVLF QGPMELFNRV GRVLKSQLTH WQQQQEAPED LLERLLGEME LELIELRRAL AQTIATFKST ERQRDAQQL IAQRWYEKAQ AALDRGNEQL AREALGQRQS YQSHTEALGK SLGEQRALVE QVRGQLQKLE RKYLELKSQK N LYLARLKS AIAAQKIEEI AGNLDNASAS SLFERIETKI LELEAERELL NPPPSPLDKK FEQWEEQQAV EATLAAMKAR RS LPPPSS UniProtKB: Chloroplast membrane-associated 30 kD protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |