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- EMDB-1530: Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1530
タイトルStructure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
マップデータStructure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
試料
  • 試料: Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
  • タンパク質・ペプチド: dye-decolorizing peroxidase
キーワードprotein complex (タンパク質複合体) / hexamer (オリゴマー) / peroxidase (ペルオキシダーゼ) / dye-decolorizing peroxidase / heme containing peroxidase
機能・相同性Dyp-type peroxidase
機能・相同性情報
生物種Brevibacterium linens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Sutter M / Boehringer D / Gutmann S / Gunther S / Prangishvili D / Loessner MJ / Stetter KO / Weber-Ban E / Ban N
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Structural basis of enzyme encapsulation into a bacterial nanocompartment.
著者: Markus Sutter / Daniel Boehringer / Sascha Gutmann / Susanne Günther / David Prangishvili / Martin J Loessner / Karl O Stetter / Eilika Weber-Ban / Nenad Ban /
要旨: Compartmentalization is an important organizational feature of life. It occurs at varying levels of complexity ranging from eukaryotic organelles and the bacterial microcompartments, to the molecular ...Compartmentalization is an important organizational feature of life. It occurs at varying levels of complexity ranging from eukaryotic organelles and the bacterial microcompartments, to the molecular reaction chambers formed by enzyme assemblies. The structural basis of enzyme encapsulation in molecular compartments is poorly understood. Here we show, using X-ray crystallographic, biochemical and EM experiments, that a widespread family of conserved bacterial proteins, the linocin-like proteins, form large assemblies that function as a minimal compartment to package enzymes. We refer to this shell-forming protein as 'encapsulin'. The crystal structure of such a particle from Thermotoga maritima determined at 3.1-angstroms resolution reveals that 60 copies of the monomer assemble into a thin, icosahedral shell with a diameter of 240 angstroms. The interior of this nanocompartment is lined with conserved binding sites for short polypeptide tags present as C-terminal extensions of enzymes involved in oxidative-stress response.
履歴
登録2008年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月24日-
マップ公開2009年6月11日-
更新2011年8月31日-
現状2011年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1530.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.18
最小 - 最大-1.38813 - 0.944775
平均 (標準偏差)-0.00162246 (±0.125636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-31-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 179.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z179.200179.200179.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-31-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-1.3880.945-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens

全体名称: Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
要素
  • 試料: Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
  • タンパク質・ペプチド: dye-decolorizing peroxidase

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超分子 #1000: Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens

超分子名称: Structure of hexameric DyP from Brevibacterium linens
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: dye-decolorizing peroxidase

分子名称: dye-decolorizing peroxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dyp / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Brevibacterium linens (バクテリア) / 株: M18
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli Rosetta (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21a
配列InterPro: Dyp-type peroxidase

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% w/v uranyl acetate
グリッド詳細: carbon coated 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 100000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Tridiem Gatan
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 295 K
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.4 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 使用した粒子像数: 2878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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