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- EMDB-15182: Electron cryotomography of SARS-CoV-2 virions -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15182
タイトルElectron cryotomography of SARS-CoV-2 virions
マップデータCryo Tomogram of SARS_Cov2 Wuhan viral particles
試料
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードSARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / lipid-enveloped virus / spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / receptor binding (受容体) / VIRUS (ウイルス)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Calder LJ / Calcraft T / Hussain S / Harvey R / Rosenthal PB
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001143 英国
Wellcome TrustFC001143 英国
Cancer Research UKFC001143 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Electron cryotomography of SARS-CoV-2 virions reveals cylinder-shaped particles with a double layer RNP assembly.
著者: Lesley J Calder / Thomas Calcraft / Saira Hussain / Ruth Harvey / Peter B Rosenthal /
要旨: SARS-CoV-2 is a lipid-enveloped Betacoronavirus and cause of the Covid-19 pandemic. To study the three-dimensional architecture of the virus, we perform electron cryotomography (cryo-ET) on SARS-Cov- ...SARS-CoV-2 is a lipid-enveloped Betacoronavirus and cause of the Covid-19 pandemic. To study the three-dimensional architecture of the virus, we perform electron cryotomography (cryo-ET) on SARS-Cov-2 virions and three variants revealing particles of regular cylindrical morphology. The ribonucleoprotein particles packaging the genome in the virion interior form a dense, double layer assembly with a cylindrical shape related to the overall particle morphology. This organisation suggests structural interactions important to virus assembly.
履歴
登録2022年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15182.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 426.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo Tomogram of SARS_Cov2 Wuhan viral particles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.8 Å
密度
最小 - 最大-15.628316 - 13.909922999999999
平均 (標準偏差)1.0632275 (±1.0353143)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-159-5261
サイズ640757231
Spacing757640231
セルA: 6661.6 Å / B: 5632.0 Å / C: 2032.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

全体名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
要素
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Virus grown in Vero V1 cells and purified / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / Sci species strain: Wuhan / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Tilt series collected using dose symmetric scheme.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-4 / 実像数: 41 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 2.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION
ソフトウェア:
名称詳細
NOVACTFCTF correction & reconstruction
Bsoft (ver. 2.0.7)NAD filtering

使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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