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- EMDB-15090: Sodium pumping NADH-quinone oxidoreductase with substrate Q2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15090
タイトルSodium pumping NADH-quinone oxidoreductase with substrate Q2
マップデータNQR with substrate Q2
試料
  • 複合体: NQR complex with substrate Q2
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 9種
キーワードquinone (キノン) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / NqrDE/RnfAE / Ion-translocating oxidoreductase NqrB/RnfD / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / Rnf-Nqr subunit, membrane protein / NQR2, RnfD, RnfE family / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A (NQRA) ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / NqrDE/RnfAE / Ion-translocating oxidoreductase NqrB/RnfD / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / Rnf-Nqr subunit, membrane protein / NQR2, RnfD, RnfE family / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A (NQRA) / NQRA C-terminal domain / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / FMN-binding / FMN-binding domain / FMN_bind / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Hau J-L / Kaltwasser S / Vonck J / Fritz G / Steuber J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FR 1488/8-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Conformational coupling of redox-driven Na-translocation in Vibrio cholerae NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Jann-Louis Hau / Susann Kaltwasser / Valentin Muras / Marco S Casutt / Georg Vohl / Björn Claußen / Wojtek Steffen / Alexander Leitner / Eckhard Bill / George E Cutsail / Serena DeBeer / ...著者: Jann-Louis Hau / Susann Kaltwasser / Valentin Muras / Marco S Casutt / Georg Vohl / Björn Claußen / Wojtek Steffen / Alexander Leitner / Eckhard Bill / George E Cutsail / Serena DeBeer / Janet Vonck / Julia Steuber / Günter Fritz /
要旨: In the respiratory chain, NADH oxidation is coupled to ion translocation across the membrane to build up an electrochemical gradient. In the human pathogen Vibrio cholerae, the sodium-pumping NADH: ...In the respiratory chain, NADH oxidation is coupled to ion translocation across the membrane to build up an electrochemical gradient. In the human pathogen Vibrio cholerae, the sodium-pumping NADH:quinone oxidoreductase (Na-NQR) generates a sodium gradient by a so far unknown mechanism. Here we show that ion pumping in Na-NQR is driven by large conformational changes coupling electron transfer to ion translocation. We have determined a series of cryo-EM and X-ray structures of the Na-NQR that represent snapshots of the catalytic cycle. The six subunits NqrA, B, C, D, E, and F of Na-NQR harbor a unique set of cofactors that shuttle the electrons from NADH twice across the membrane to quinone. The redox state of a unique intramembranous [2Fe-2S] cluster orchestrates the movements of subunit NqrC, which acts as an electron transfer switch. We propose that this switching movement controls the release of Na from a binding site localized in subunit NqrB.
履歴
登録2022年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15090.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NQR with substrate Q2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9125 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0133
最小 - 最大-0.025538774 - 0.05924016
平均 (標準偏差)0.0000891336 (±0.0022237466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 292.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_15090_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15090_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15090_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : NQR complex with substrate Q2

全体名称: NQR complex with substrate Q2
要素
  • 複合体: NQR complex with substrate Q2
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
  • リガンド: RIBOFLAVINリボフラビン
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: UBIQUINONE-2ユビキノン
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDEフラビンアデニンジヌクレオチド
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: NQR complex with substrate Q2

超分子名称: NQR complex with substrate Q2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 220 KDa

+
分子 #1: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Subunit NqrA has at the N-terminus the residual residues Gly, Pro, His after cleavage of the N-terminal His-tag. These residues are listed with numbering 0 His, -1 Pro, -2 Gly.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 51.125391 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PHMITIKKGL DLPIAGTPSQ VISDGKAIKK VALLGEEYVG MRPTMHVRVG DEVKKAQILF EDKKNPGVK FTSPVSGKVV EINRGAKRVL QSVVIEVAGD DQVTFDKFEA NQLASLNRDA IKTQLVESGL WTAFRTRPFS K VPAIDSTS ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PHMITIKKGL DLPIAGTPSQ VISDGKAIKK VALLGEEYVG MRPTMHVRVG DEVKKAQILF EDKKNPGVK FTSPVSGKVV EINRGAKRVL QSVVIEVAGD DQVTFDKFEA NQLASLNRDA IKTQLVESGL WTAFRTRPFS K VPAIDSTS EAIFVTAMDT NPLAAEPTVV INEQSEAFVA GLDVLSALTT GKVYVCKKGT SLPRSQQPNV EEHVFDGPHP AG LAGTHMH FLYPVSADHV AWSINYQDVI AVGQLFLTGE LYTQRVVSLA GPVVNKPRLV RTVMGASLEQ LVDSEIMPGE VRI ISGSVL SGTKATGPHA YLGRYHLQVS VLREGRDKEL FGWAMPGKNK FSVTRSFLGH LFKGQVYNMT TTTNGSDRSM VPIG NYEKV MPLDMEPTLL LRDLCAGDSD SAVRLGALEL DEEDLALCTF VCPGKYEYGQ LLRECLDKIE KEG

UniProtKB: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

+
分子 #2: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 45.390883 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MGLKKFLEDI EHHFEPGGKH EKWFALYEAA ATLFYTPGLV TKRSSHVRDS VDLKRIMIMV WLAVFPAMFW GMYNAGGQAI AALNHLYSG DQLAAIVAGN WHYWLTEMLG GTMSSDAGWG SKMLLGATYF LPIYATVFIV GGFWEVLFCM VRKHEVNEGF F VTSILFAL ...文字列:
MGLKKFLEDI EHHFEPGGKH EKWFALYEAA ATLFYTPGLV TKRSSHVRDS VDLKRIMIMV WLAVFPAMFW GMYNAGGQAI AALNHLYSG DQLAAIVAGN WHYWLTEMLG GTMSSDAGWG SKMLLGATYF LPIYATVFIV GGFWEVLFCM VRKHEVNEGF F VTSILFAL IVPPTLPLWQ AALGITFGVV VAKEVFGGTG RNFLNPALAG RAFLFFAYPA QISGDLVWTA ADGYSGATAL SQ WAQGGAG ALINNATGQT ITWMDAFIGN IPGSIGEVST LALMIGAAFI VYMGIASWRI IGGVMIGMIL LSTLFNVIGS DTN AMFNMP WHWHLVLGGF AFGMFFMATD PVSASFTNSG KWAYGILIGV MCVLIRVVNP AYPEGMMLAI LFANLFAPLF DHVV VERNI KRRLARYGKQ

UniProtKB: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B

+
分子 #3: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 27.65227 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MASNNDSIKK TLFVVIALSL VCSIIVSAAA VGLRDKQKEN AALDKQSKIL QVAGIEAKGS KQIVELFNKS IEPRLVDFNT GDFVEGDAA NYDQRKAAKE ASESIKLTAE QDKAKIQRRA NVGVVYLVKD GDKTSKVILP VHGNGLWSMM YAFVAVETDG N TVSGLTYY ...文字列:
MASNNDSIKK TLFVVIALSL VCSIIVSAAA VGLRDKQKEN AALDKQSKIL QVAGIEAKGS KQIVELFNKS IEPRLVDFNT GDFVEGDAA NYDQRKAAKE ASESIKLTAE QDKAKIQRRA NVGVVYLVKD GDKTSKVILP VHGNGLWSMM YAFVAVETDG N TVSGLTYY EQGETPGLGG EVENPAWRAQ WVGKKLFDEN HKPAIKIVKG GAPQGSEHGV DGLSGATLTS NGVQNTFDFW LG DMGFGPF LTKVRDGGLN

UniProtKB: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C

+
分子 #4: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 22.853217 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MSSAKELKKS VLAPVLDNNP IALQVLGVCS ALAVTTKLET AFVMTLAVMF VTALSNFFVS LIRNHIPNSV RIIVQMAIIA SLVIVVDQI LKAYLYDISK QLSVFVGLII TNCIVMGRAE AFAMKSEPIP SFIDGIGNGL GYGFVLMTVG FFRELLGSGK L FGLEVLPL ...文字列:
MSSAKELKKS VLAPVLDNNP IALQVLGVCS ALAVTTKLET AFVMTLAVMF VTALSNFFVS LIRNHIPNSV RIIVQMAIIA SLVIVVDQI LKAYLYDISK QLSVFVGLII TNCIVMGRAE AFAMKSEPIP SFIDGIGNGL GYGFVLMTVG FFRELLGSGK L FGLEVLPL ISNGGWYQPN GLMLLAPSAF FLIGFMIWAI RTFKPEQVEA KE

UniProtKB: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D

+
分子 #5: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 21.481678 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MEHYISLLVK SIFIENMALS FFLGMCTFLA VSKKVKTSFG LGIAVIVVLT ISVPVNNLVY NLVLKPDALV EGVDLSFLNF ITFIGVIAA LVQILEMILD RFFPPLYNAL GIFLPLITVN CAIFGGVSFM VQRDYSFAES VVYGFGSGVG WMLAIVALAG I REKMKYSD ...文字列:
MEHYISLLVK SIFIENMALS FFLGMCTFLA VSKKVKTSFG LGIAVIVVLT ISVPVNNLVY NLVLKPDALV EGVDLSFLNF ITFIGVIAA LVQILEMILD RFFPPLYNAL GIFLPLITVN CAIFGGVSFM VQRDYSFAES VVYGFGSGVG WMLAIVALAG I REKMKYSD VPPGLRGLGI TFITAGLMAL GFMSFSGVQL

UniProtKB: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E

+
分子 #6: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 45.113492 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MSTIIFGVVM FTLIILALVL VILFAKSKLV PTGDITISIN GDPEKAIVTQ PGGKLLTALA GAGVFVSSAC GGGGSCGQCR VKIKSGGGD ILPTELDHIS KGEAREGERL ACQVAVKADM DLELPEEIFG VKKWECTVIS NDNKATFIKE LKLAIPDGES V PFRAGGYI ...文字列:
MSTIIFGVVM FTLIILALVL VILFAKSKLV PTGDITISIN GDPEKAIVTQ PGGKLLTALA GAGVFVSSAC GGGGSCGQCR VKIKSGGGD ILPTELDHIS KGEAREGERL ACQVAVKADM DLELPEEIFG VKKWECTVIS NDNKATFIKE LKLAIPDGES V PFRAGGYI QIEAPAHHVK YADFDVPEKY RGDWDKFNLF RYESKVDEPI IRAYSMANYP EEFGIIMLNV RIATPPPNNP NV PPGQMSS YIWSLKAGDK CTISGPFGEF FAKDTDAEMV FIGGGAGMAP MRSHIFDQLK RLKSKRKMSY WYGARSKREM FYV EDFDGL AAENDNFVWH CALSDPQPED NWTGYTGFIH NVLYENYLKD HEAPEDCEYY MCGPPMMNAA VINMLKNLGV EEEN ILLDD FGG

UniProtKB: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

+
分子 #7: RIBOFLAVIN

分子名称: RIBOFLAVIN / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: RBF
分子量理論値: 376.364 Da
Chemical component information

ChemComp-RBF:
RIBOFLAVIN / リボフラビン / リボフラビン

+
分子 #8: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #9: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #10: UBIQUINONE-2

分子名称: UBIQUINONE-2 / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: UQ2
分子量理論値: 318.407 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ2:
UBIQUINONE-2 / ユビキノン2

+
分子 #11: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

+
分子 #12: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #14: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

+
分子 #15: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 386 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 191781 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 7 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7647 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 496434
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio reconstruction
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 226672
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4p6v
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8a1v:
Sodium pumping NADH-quinone oxidoreductase with substrate Q2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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