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万見
- EMDB-14874: Cryo-EM Structure of Human Transferrin Receptor 1 bound to DNA Aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14874
タイトルCryo-EM Structure of Human Transferrin Receptor 1 bound to DNA Aptamer
マップデータ
試料
  • 複合体: Human transferrin receptor 1 in complex with DNA aptamer
    • DNA: DNA (30-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Transferrin receptor protein 1トランスフェリン受容体
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


transferrin receptor activity / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to iron ion / response to copper ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle ...transferrin receptor activity / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to iron ion / response to copper ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of bone resorption / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / クラスリン / Hsp70 protein binding / positive regulation of T cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / cellular response to leukemia inhibitory factor / osteoclast differentiation / response to nutrient / acute-phase response / positive regulation of protein-containing complex assembly / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / HFE-transferrin receptor complex / receptor internalization / recycling endosome / positive regulation of protein localization to nucleus / recycling endosome membrane / extracellular vesicle / メラノソーム / cellular response to xenobiotic stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / blood microparticle / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferrin receptor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Wang T / Bansia H / Gutierrez D / des Georges A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133598 米国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Transferrin Receptor 1-Binding Aptamer and Its Application in Cancer Cell Depletion for Adoptive T-Cell Therapy Manufacturing.
著者: Emmeline L Cheng / Ian I Cardle / Nataly Kacherovsky / Harsh Bansia / Tong Wang / Yunshi Zhou / Jai Raman / Albert Yen / Dominique Gutierrez / Stephen J Salipante / Amédée des Georges / ...著者: Emmeline L Cheng / Ian I Cardle / Nataly Kacherovsky / Harsh Bansia / Tong Wang / Yunshi Zhou / Jai Raman / Albert Yen / Dominique Gutierrez / Stephen J Salipante / Amédée des Georges / Michael C Jensen / Suzie H Pun /
要旨: The clinical manufacturing of chimeric antigen receptor (CAR) T cells includes cell selection, activation, gene transduction, and expansion. While the method of T-cell selection varies across ...The clinical manufacturing of chimeric antigen receptor (CAR) T cells includes cell selection, activation, gene transduction, and expansion. While the method of T-cell selection varies across companies, current methods do not actively eliminate the cancer cells in the patient's apheresis product from the healthy immune cells. Alarmingly, it has been found that transduction of a single leukemic B cell with the CAR gene can confer resistance to CAR T-cell therapy and lead to treatment failure. In this study, we report the identification of a novel high-affinity DNA aptamer, termed tJBA8.1, that binds transferrin receptor 1 (TfR1), a receptor broadly upregulated by cancer cells. Using competition assays, high resolution cryo-EM, and model building of the aptamer into the resulting electron density, we reveal that tJBA8.1 shares a binding site on TfR1 with holo-transferrin, the natural ligand of TfR1. We use tJBA8.1 to effectively deplete B lymphoma cells spiked into peripheral blood mononuclear cells with minimal impact on the healthy immune cell composition. Lastly, we present opportunities for affinity improvement of tJBA8.1. As TfR1 expression is broadly upregulated in many cancers, including difficult-to-treat T-cell leukemias and lymphomas, our work provides a facile, universal, and inexpensive approach for comprehensively removing cancerous cells from patient apheresis products for safe manufacturing of adoptive T-cell therapies.
履歴
登録2022年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.704 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.704 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8465 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.17244233 - 0.592307
平均 (標準偏差)0.0043409267 (±0.022970878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.704 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14874_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14874_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human transferrin receptor 1 in complex with DNA aptamer

全体名称: Human transferrin receptor 1 in complex with DNA aptamer
要素
  • 複合体: Human transferrin receptor 1 in complex with DNA aptamer
    • DNA: DNA (30-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Transferrin receptor protein 1トランスフェリン受容体
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human transferrin receptor 1 in complex with DNA aptamer

超分子名称: Human transferrin receptor 1 in complex with DNA aptamer
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293
分子量理論値: 190 KDa

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分子 #1: DNA (30-MER)

分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / 詳細: DNA aptamer / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 15.988172 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)

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分子 #2: Transferrin receptor protein 1

分子名称: Transferrin receptor protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Human Transferrin Receptor 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.967078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMDQARSAFS NLFGGEPLSY TRFSLARQVD GDNSHVEMKL AVDEEENADN NTKANVTKPK RCSGSICYGT IAVIVFFLIG FMIGYLGYC KGVEPKTECE RLAGTESPVR EEPGEDFPAA RRLYWDDLKR KLSEKLDSTD FTGTIKLLNE NSYVPREAGS Q KDENLALY ...文字列:
MMDQARSAFS NLFGGEPLSY TRFSLARQVD GDNSHVEMKL AVDEEENADN NTKANVTKPK RCSGSICYGT IAVIVFFLIG FMIGYLGYC KGVEPKTECE RLAGTESPVR EEPGEDFPAA RRLYWDDLKR KLSEKLDSTD FTGTIKLLNE NSYVPREAGS Q KDENLALY VENQFREFKL SKVWRDQHFV KIQVKDSAQN SVIIVDKNGR LVYLVENPGG YVAYSKAATV TGKLVHANFG TK KDFEDLY TPVNGSIVIV RAGKITFAEK VANAESLNAI GVLIYMDQTK FPIVNAELSF FGHAHLGTGD PYTPGFPSFN HTQ FPPSRS SGLPNIPVQT ISRAAAEKLF GNMEGDCPSD WKTDSTCRMV TSESKNVKLT VSNVLKEIKI LNIFGVIKGF VEPD HYVVV GAQRDAWGPG AAKSGVGTAL LLKLAQMFSD MVLKDGFQPS RSIIFASWSA GDFGSVGATE WLEGYLSSLH LKAFT YINL DKAVLGTSNF KVSASPLLYT LIEKTMQNVK HPVTGQFLYQ DSNWASKVEK LTLDNAAFPF LAYSGIPAVS FCFCED TDY PYLGTTMDTY KELIERIPEL NKVARAAAEV AGQFVIKLTH DVELNLDYER YNSQLLSFVR DLNQYRADIK EMGLSLQ WL YSARGDFFRA TSRLTTDFGN AEKTDRFVMK KLNDRVMRVE YHFLSPYVSP KESPFRHVFW GSGSHTLPAL LENLKLRK Q NNGAFNETLF RNQLALATWT IQGAANALSG DVWDIDNEF

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
支持フィルム - #1 - Film thickness: 0.30000000000000004 nm
前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1397 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 79.2 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 216817
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7zqs:
Cryo-EM Structure of Human Transferrin Receptor 1 bound to DNA Aptamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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