+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1482 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structrue of truncated portal(portal602) complex with gp4 from bacteriophage P22 | |||||||||
マップデータ | map of portal602 complex with gp4 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng H / Olia AS / Gonen M / Andrews S / Cingolani G / Gonen T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2008 タイトル: A conformational switch in bacteriophage p22 portal protein primes genome injection. 著者: Hongjin Zheng / Adam S Olia / Melissa Gonen / Simeon Andrews / Gino Cingolani / Tamir Gonen / 要旨: Double-stranded DNA (dsDNA) viruses such as herpesviruses and bacteriophages infect by delivering their genetic material into cells, a task mediated by a DNA channel called "portal protein." We have ...Double-stranded DNA (dsDNA) viruses such as herpesviruses and bacteriophages infect by delivering their genetic material into cells, a task mediated by a DNA channel called "portal protein." We have used electron cryomicroscopy to determine the structure of bacteriophage P22 portal protein in both the procapsid and mature capsid conformations. We find that, just as the viral capsid undergoes major conformational changes during virus maturation, the portal protein switches conformation from a procapsid to a mature phage state upon binding of gp4, the factor that initiates tail assembly. This dramatic conformational change traverses the entire length of the DNA channel, from the outside of the virus to the inner shell, and erects a large dome domain directly above the DNA channel that binds dsDNA inside the capsid. We hypothesize that this conformational change primes dsDNA for injection and directly couples completion of virus morphogenesis to a new cycle of infection. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1482.map.gz | 5.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1482-v30.xml emd-1482.xml | 6.2 KB 6.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1482.gif | 26.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1482 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1482 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1482_validation.pdf.gz | 236.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1482_full_validation.pdf.gz | 236.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1482_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1482 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1482 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | map of portal602 complex with gp4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : truncated portal complex with gp4 from bacteriophage P22
全体 | 名称: truncated portal complex with gp4 from bacteriophage P22 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: truncated portal complex with gp4 from bacteriophage P22
超分子 | 名称: truncated portal complex with gp4 from bacteriophage P22 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 12mer of portal with 12mer of gp4 / Number unique components: 2 |
---|
-分子 #1: gp1, gp4
分子 | 名称: gp1, gp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gp1, gp4 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF |
---|