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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1481 | |||||||||
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タイトル | cryo electron microscopy structure of Vps4p AMPPNP-complexed tetradecamer | |||||||||
マップデータ | This is a 3D reconstruction of a Vps4p AMPPNP-complexed tetradecamer. The N-terminal MIT-domain is deleted. | |||||||||
試料 |
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キーワード | vacuolar protein sorting (液胞) / AAA-ATPase / ESCRT (ESCRT) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / Vps | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hartmann C / Chami M / Zachariae U / de Groot BL / Engel A / Gruetter MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008 タイトル: Vacuolar protein sorting: two different functional states of the AAA-ATPase Vps4p. 著者: Claudia Hartmann / Mohamed Chami / Ulrich Zachariae / Bert L de Groot / Andreas Engel / Markus G Grütter / 要旨: The vacuolar protein sorting (Vps) pathway, in which Vps4 class I AAA-ATPases play a central role, regulates growth factor receptors, immune response, and developmental signaling, and participates in ...The vacuolar protein sorting (Vps) pathway, in which Vps4 class I AAA-ATPases play a central role, regulates growth factor receptors, immune response, and developmental signaling, and participates in tumor suppression, apoptosis, and retrovirus budding. We present the first atomic structure of the nucleotide-free yeast His(6)DeltaNVps4p dimer and its AMPPNP (5'-adenylyl-beta,gamma-imidodiphosphate)-bound tetradecamer, derived from a cryo electron microscopy map. Vps4p dimers form two distinct heptameric rings and accommodate AAA cassettes in a head-to-head--not in a head-to-tail-fashion as in class II AAA-ATPases. Our model suggests a mechanism for disassembling ESCRT (endosomal sorting complex required for transport) complexes by movements of substrate-binding domains located at the periphery of the tetradecamer during ATP hydrolysis in one ring, followed by translocation through the central pore and ATP hydrolysis in the second ring. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1481.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1481-v30.xml emd-1481.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1481.gif | 56.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1481 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a 3D reconstruction of a Vps4p AMPPNP-complexed tetradecamer. The N-terminal MIT-domain is deleted. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : His-tagged Vps4p AAA-ATPase cassette
全体 | 名称: His-tagged Vps4p AAA-ATPase cassette |
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要素 |
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-超分子 #1000: His-tagged Vps4p AAA-ATPase cassette
超分子 | 名称: His-tagged Vps4p AAA-ATPase cassette / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: fresh prepared / 集合状態: tetradecamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 512 KDa / 理論値: 512 KDa / 手法: cryo electron microscopy |
-分子 #1: Vps4p
分子 | 名称: Vps4p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Vps4p / コピー数: 14 / 集合状態: tetradecamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers' yeast / 細胞中の位置: cytosol |
分子量 | 実験値: 512 KDa / 理論値: 512 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pet20b |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris |
グリッド | 詳細: holey carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 97 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: home made Guillotine. add AMPPNP 15min before freezing. Use the Quantifoil holey carbone grids. 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cryholder Gatan 626, / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 97 K / 最高: 97 K / 平均: 97 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected at 50 000 Legacy - Electron beam tilt params: no tilt |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 80 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: ctftilt, SPIDER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 2473 |
詳細 | boxer |