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- EMDB-14705: Structure of human Apoferritin obtained from ssDNA coated grid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14705
タイトルStructure of human Apoferritin obtained from ssDNA coated grid
マップデータFinal Map
試料
  • 複合体: human heavy chain apoferritin
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin heavy chainフェリチン
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Hrebik D / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Polyelectrolyte coating of cryo-EM grids improves lateral distribution and prevents aggregation of macromolecules.
著者: Dominik Hrebík / Mária Gondová / Lucie Valentová / Tibor Füzik / Antonín Přidal / Jiří Nováček / Pavel Plevka /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is one of the primary methods used to determine the structures of macromolecules and their complexes. With the increased availability of cryo-electron microscopes, ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is one of the primary methods used to determine the structures of macromolecules and their complexes. With the increased availability of cryo-electron microscopes, the preparation of high-quality samples has become a bottleneck in the cryo-EM structure-determination pipeline. Macromolecules can be damaged during the purification or preparation of vitrified samples for cryo-EM, making them prone to binding to the grid support, to aggregation or to the adoption of preferential orientations at the air-water interface. Here, it is shown that coating cryo-EM grids with a negatively charged polyelectrolyte, such as single-stranded DNA, before applying the sample reduces the aggregation of macromolecules and improves their distribution. The single-stranded DNA-coated grids enabled the determination of high-resolution structures from samples that aggregated on conventional grids. The polyelectrolyte coating reduces the diffusion of macromolecules and thus may limit the negative effects of the contact of macromolecules with the grid support and blotting paper, as well as of the shear forces on macromolecules during grid blotting. Coating grids with polyelectrolytes can readily be employed in any laboratory dealing with cryo-EM sample preparation, since it is fast, simple, inexpensive and does not require specialized equipment.
履歴
登録2022年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.4525 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.054408703 - 0.09981596
平均 (標準偏差)0.00037432782 (±0.009038803)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 126.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_14705_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_14705_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human heavy chain apoferritin

全体名称: human heavy chain apoferritin
要素
  • 複合体: human heavy chain apoferritin
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin heavy chainフェリチン
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: water水

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超分子 #1: human heavy chain apoferritin

超分子名称: human heavy chain apoferritin / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 20 KDa

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分子 #1: Ferritin heavy chain

分子名称: Ferritin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.116547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
TSQVRQNYHQ DSEAAINRQI NLELYASYVY LSMSYYFDRD DVALKNFAKY FLHQSHEERE HAEKLMKLQN QRGGRIFLQD IKKPDCDDW ESGLNAMECA LHLEKNVNQS LLELHKLATD KNDPHLCDFI ETHYLNEQVK AIKELGDHVT NLRKMGAPES G LAEYLFDK HTLG

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 270 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 112
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2680 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
30.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
1.0 mMDTTdithiothreitolジチオトレイトール
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 6 s blot time,30 s waiting time, ssDNA covered grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3282 / 平均露光時間: 4.08 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3282
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22658

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 65786
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k3w

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 7 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7zg7:
Structure of human Apoferritin obtained from ssDNA coated grid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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