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- EMDB-14697: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14697
タイトルM. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor: octameric assembly of (alpha)2-beta-beta'-omega-sigB protomers.
マップデータ
試料
  • 複合体: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor: octameric assembly of (alpha)2-beta-beta'-omega-sigB protomers.
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigB
キーワードRNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / self-assembly (自己集合) / octamer (オリゴマー) / tuberculosis (結核) / stress response (闘争・逃走反応) / hibernation (冬眠) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 ...Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigB / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Bron P / Trapani S / Lai Kee Him J / Brodolin K / Morichaud Z / Vishwakarma R
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-16-CE11-0025 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
Strasbourg INSTRUCT-ERIC CentrePID: 1309
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization.
著者: Zakia Morichaud / Stefano Trapani / Rishi K Vishwakarma / Laurent Chaloin / Corinne Lionne / Joséphine Lai-Kee-Him / Patrick Bron / Konstantin Brodolin /
要旨: Self-assembly of macromolecules into higher-order symmetric structures is fundamental for the regulation of biological processes. Higher-order symmetric structure self-assembly by the gene expression ...Self-assembly of macromolecules into higher-order symmetric structures is fundamental for the regulation of biological processes. Higher-order symmetric structure self-assembly by the gene expression machinery, such as bacterial DNA-dependent RNA polymerase (RNAP), has never been reported before. Here, we show that the stress-response σ factor from the human pathogen, Mycobacterium tuberculosis, induces the RNAP holoenzyme oligomerization into a supramolecular complex composed of eight RNAP units. Cryo-electron microscopy revealed a pseudo-symmetric structure of the RNAP octamer in which RNAP protomers are captured in an auto-inhibited state and display an open-clamp conformation. The structure shows that σ is sequestered by the RNAP flap and clamp domains. The transcriptional activator RbpA prevented octamer formation by promoting the initiation-competent RNAP conformation. Our results reveal that a non-conserved region of σ is an allosteric controller of transcription initiation and demonstrate how basal transcription factors can regulate gene expression by modulating the RNAP holoenzyme assembly and hibernation.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization
著者: Morichaud Z / Trapani S / Vishwakarma R / Chaloin L / Lionne C / Lai-Kee-Him J / Bron P / Brodolin K
履歴
登録2022年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14697.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å

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投影像

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.0043945448 - 0.01990391
平均 (標準偏差)0.00006783778 (±0.0013558471)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14697_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14697_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation...

全体名称: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor: octameric assembly of (alpha)2-beta-beta'-omega-sigB protomers.
要素
  • 複合体: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor: octameric assembly of (alpha)2-beta-beta'-omega-sigB protomers.
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigB

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超分子 #1: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation...

超分子名称: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor: octameric assembly of (alpha)2-beta-beta'-omega-sigB protomers.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 402 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEED EPVTMYLRKQ GPGEVTAGDI VPPAGVTVHN PGMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNRASGAEIG RIPVDSIYSP ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEED EPVTMYLRKQ GPGEVTAGDI VPPAGVTVHN PGMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNRASGAEIG RIPVDSIYSP VLKVTYKVDA TRVEQRTDFD KLILDVETKN SISPRDALAS AGKTLVELFG LARELNVEAE GIEIGPSPAE ADHIASFALP IDDLDLTVRS YNCLKREGVH TVGELVARTE SDLLDIRNFG QKSIDEVKIK LHQLGLSLKD SPPSFDPSEV AGYDVATGTW STEGAYDEQD YAETEQL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYELS PIEDFSGSMS LSFSDPRFDD VKAPVDECKD KDMTYAAPLF VTAEFINNNT GEIKSQTVFM GDFPMMTEKG TFIINGTERV ...文字列:
MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYELS PIEDFSGSMS LSFSDPRFDD VKAPVDECKD KDMTYAAPLF VTAEFINNNT GEIKSQTVFM GDFPMMTEKG TFIINGTERV VVSQLVRSPG VYFDETIDKS TDKTLHSVKV IPSRGAWLEF DVDKRDTVGV RIDRKRRQPV TVLLKALGWT SEQIVERFGF SEIMRSTLEK DNTVGTDEAL LDIYRKLRPG EPPTKESAQT LLENLFFKEK RYDLARVGRY KVNKKLGLHV GEPITSSTLT EEDVVATIEY LVRLHEGQTT MTVPGGVEVP VETDDIDHFG NRRLRTVGEL IQNQIRVGMS RMERVVRERM TTQDVEAITP QTLINIRPVV AAIKEFFGTS QLSQFMDQNN PLSGLTHKRR LSALGPGGLS RERAGLEVRD VHPSHYGRMC PIETPEGPNI GLIGSLSVYA RVNPFGFIET PYRKVVDGVV SDEIVYLTAD EEDRHVVAQA NSPIDADGRF VEPRVLVRRK AGEVEYVPSS EVDYMDVSPR QMVSVATAMI PFLEHDDANR ALMGANMQRQ AVPLVRSEAP LVGTGMELRA AIDAGDVVVA EESGVIEEVS ADYITVMHDN GTRRTYRMRK FARSNHGTCA NQCPIVDAGD RVEAGQVIAD GPCTDDGEMA LGKNLLVAIM PWEGHNYEDA IILSNRLVEE DVLTSIHIEE HEIDARDTKL GAEEITRDIP NISDEVLADL DERGIVRIGA EVRDGDILVG KVTPKGETEL TPEERLLRAI FGEKAREVRD TSLKVPHGES GKVIGIRVFS REDEDELPAG VNELVRVYVA QKRKISDGDK LAGRHGNKGV IGKILPVEDM PFLADGTPVD IILNTHGVPR RMNIGQILET HLGWCAHSGW KVDAAKGVPD WAARLPDELL EAQPNAIVST PVFDGAQEAE LQGLLSCTLP NRDGDVLVDA DGKAMLFDGR SGEPFPYPVT VGYMYIMKLH HLVDDKIHAR STGPYSMITQ QPLGGKAQFG GQRFGEMECW AMQAYGAAYT LQELLTIKSD DTVGRVKVYE AIVKGENIPE PGIPESFKVL LKELQSLCLN VEVLSSDGAA IELREGEDED LERAAANLGI NLSRNESASV EDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VNFFDELRIG LATAEDIRQW SYGEVKKPET INYRTLKPEK DGLFCEKIFG PTRDWECYCG KYKRVRFKGI ICERCGVEVT RAKVRRERMG HIELAAPVTH IWYFKGVPSR LGYLLDLAPK DLEKIIYFAA YVITSVDEEM RHNELSTLEA EMAVERKAVE DQRDGELEAR ...文字列:
VNFFDELRIG LATAEDIRQW SYGEVKKPET INYRTLKPEK DGLFCEKIFG PTRDWECYCG KYKRVRFKGI ICERCGVEVT RAKVRRERMG HIELAAPVTH IWYFKGVPSR LGYLLDLAPK DLEKIIYFAA YVITSVDEEM RHNELSTLEA EMAVERKAVE DQRDGELEAR AQKLEADLAE LEAEGAKADA RRKVRDGGER EMRQIRDRAQ RELDRLEDIW STFTKLAPKQ LIVDENLYRE LVDRYGEYFT GAMGAESIQK LIENFDIDAE AESLRDVIRN GKGQKKLRAL KRLKVVAAFQ QSGNSPMGMV LDAVPVIPPE LRPMVQLDGG RFATSDLNDL YRRVINRNNR LKRLIDLGAP EIIVNNEKRM LQESVDALFD NGRRGRPVTG PGNRPLKSLS DLLKGKQGRF RQNLLGKRVD YSGRSVIVVG PQLKLHQCGL PKLMALELFK PFVMKRLVDL NHAQNIKSAK RMVERQRPQV WDVLEEVIAE HPVLLNRAPT LHRLGIQAFE PMLVEGKAIQ LHPLVCEAFN ADFDGDQMAV HLPLSAEAQA EARILMLSSN NILSPASGRP LAMPRLDMVT GLYYLTTEVP GDTGEYQPAS GDHPETGVYS SPAEAIMAAD RGVLSVRAKI KVRLTQLRPP VEIEAELFGH SGWQPGDAWM AETTLGRVMF NELLPLGYPF VNKQMHKKVQ AAIINDLAER YPMIVVAQTV DKLKDAGFYW ATRSGVTVSM ADVLVPPRKK EILDHYEERA DKVEKQFQRG ALNHDERNEA LVEIWKEATD EVGQALREHY PDDNPIITIV DSGATGNFTQ TRTLAGMKGL VTNPKGEFIP RPVKSSFREG LTVLEYFINT HGARKGLADT ALRTADSGYL TRRLVDVSQD VIVREHDCQT ERGIVVELAE RAPDGTLIRD PYIETSAYAR TLGTDAVDEA GNVIVERGQD LGDPEIDALL AAGITQVKVR SVLTCATSTG VCATCYGRSM ATGKLVDIGE AVGIVAAQSI GEPGTQLTMR TFHQGGVGED ITGGLPRVQE LFEARVPRGK APIADVTGRV RLEDGERFYK ITIVPDDGGE EVVYDKISKR QRLRVFKHED GSERVLSDGD HVEVGQQLME GSADPHEVLR VQGPREVQIH LVREVQEVYR AQGVSIHDKH IEVIVRQMLR RVTIIDSGST EFLPGSLIDR AEFEAENRRV VAEGGEPAAG RPVLMGITKA SLATDSWLSA ASFQETTRVL TDAAINCRSD KLNGLKENVI IGKLIPAGTG INRYRNIAVQ PTEEARAAAY TIPSYEDQYY SPDFGAATGA AVPLDDYGYS DYRHHHHHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQEK PLSIALREIH ADLLEHTEGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigB

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MADAPTRATT SRVDSDLDAQ SPAADLVRVY LNGIGKTALL NAAGEVELAK RIEAGLYAEH LLETRKRLGE NRKRDLAAVV RDGEAARRHL LEANLRLVVS LAKRYTGRGM PLLDLIQEGN LGLIRAMEKF DYTKGFKFST YATWWIRQAI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MADAPTRATT SRVDSDLDAQ SPAADLVRVY LNGIGKTALL NAAGEVELAK RIEAGLYAEH LLETRKRLGE NRKRDLAAVV RDGEAARRHL LEANLRLVVS LAKRYTGRGM PLLDLIQEGN LGLIRAMEKF DYTKGFKFST YATWWIRQAI TRGMADQSRT IRLPVHLVEQ VNKLARIKRE MHQHLGREAT DEELAAESGI PIDKINDLLE HSRDPVSLDM PVGSEEEAPL GDFIEDAEAM SAENAVIAEL LHTDIRSVLA TLDEREHQVI RLRFGLDDGQ PRTLDQIGKL FGLSRERVRQ IERDVMSKLR HGERADRLRS YAS

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.21 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mmol/LHEPES
150.0 mmol/Lsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
5.0 mmol/Lmagnesium sulfateMgSO4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 3064 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 49.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 94141
詳細Movie frames were aligned, dose-weighted, binned by two and averaged using Motioncor2 (Zheng S.Q Nat. Methods. 2017; 14: 331-332). Movie sums were used for contrast transfer function (CTF) estimation with Gctf (Zhang K. J. Struct. Biol. 2016; 193: 1-12)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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