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万見
- EMDB-14692: Human SLFN11 dimer bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14692
タイトルHuman SLFN11 dimer bound to ssDNA
マップデータsharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: SLFN11 dimer bound to ssDNA
    • 複合体: Schlafen family member 11
      • タンパク質・ペプチド: Schlafen family member 11
    • 複合体: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork arrest / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / immune system process / negative regulation of DNA replication / site of DNA damage / helicase activity / defense response to virus / tRNA binding / クロマチンリモデリング ...replication fork arrest / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / immune system process / negative regulation of DNA replication / site of DNA damage / helicase activity / defense response to virus / tRNA binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Schlafen group 3-like, DNA/RNA helicase domain / Schlafen group 3, DNA/RNA helicase domain / : / Schlafen, GTPase-like domain / Orthopoxvirus B3 protein / Poxviridae B3 protein / Schlafen family / Schlafen, AlbA_2 domain / Schlafen, AlbA_2 domain superfamily / Schlafen, AlbA_2 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Schlafen family member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Metzner FJ / Kugler M / Wenzl SJ / Lammens K
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)1054 ドイツ
European Research Council (ERC)INO3DEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mechanistic understanding of human SLFN11.
著者: Felix J Metzner / Simon J Wenzl / Michael Kugler / Stefan Krebs / Karl-Peter Hopfner / Katja Lammens /
要旨: Schlafen 11 (SLFN11) is an interferon-inducible antiviral restriction factor with tRNA endoribonuclease and DNA binding functions. It is recruited to stalled replication forks in response to ...Schlafen 11 (SLFN11) is an interferon-inducible antiviral restriction factor with tRNA endoribonuclease and DNA binding functions. It is recruited to stalled replication forks in response to replication stress and inhibits replication of certain viruses such as the human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) by modulating the tRNA pool. SLFN11 has been identified as a predictive biomarker in cancer, as its expression correlates with a beneficial response to DNA damage inducing anticancer drugs. However, the mechanism and interdependence of these two functions are largely unknown. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human SLFN11 in its dimeric apoenzyme state, bound to tRNA and in complex with single-strand DNA. Full-length SLFN11 neither hydrolyses nor binds ATP and the helicase domain appears in an autoinhibited state. Together with biochemical and structure guided mutagenesis studies, our data give detailed insights into the mechanism of endoribonuclease activity as well as suggestions on how SLFN11 may block stressed replication forks.
履歴
登録2022年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2022年9月28日-
現状2022年9月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14692.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.046 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.6525028 - 5.669668
平均 (標準偏差)0.0021759553 (±0.10588442)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 334.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14692_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_14692_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_14692_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SLFN11 dimer bound to ssDNA

全体名称: SLFN11 dimer bound to ssDNA
要素
  • 細胞器官・細胞要素: SLFN11 dimer bound to ssDNA
    • 複合体: Schlafen family member 11
      • タンパク質・ペプチド: Schlafen family member 11
    • 複合体: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: SLFN11 dimer bound to ssDNA

超分子名称: SLFN11 dimer bound to ssDNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Schlafen family member 11

超分子名称: Schlafen family member 11 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3')

超分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3') / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Schlafen family member 11

分子名称: Schlafen family member 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106.207914 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADYKDDDDK GTDYKDDDDK LEVLFQGPME ANQCPLVVEP SYPDLVINVG EVTLGEENRK KLQKIQRDQE KERVMRAACA LLNSGGGVI RMAKKVEHPV EMGLDLEQSL RELIQSSDLQ AFFETKQQGR CFYIFVKSWS SGPFPEDRSV KPRLCSLSSS L YRRSETSV ...文字列:
MADYKDDDDK GTDYKDDDDK LEVLFQGPME ANQCPLVVEP SYPDLVINVG EVTLGEENRK KLQKIQRDQE KERVMRAACA LLNSGGGVI RMAKKVEHPV EMGLDLEQSL RELIQSSDLQ AFFETKQQGR CFYIFVKSWS SGPFPEDRSV KPRLCSLSSS L YRRSETSV RSMDSREAFC FLKTKRKPKI LEEGPFHKIH KGVYQELPNS DPADPNSDPA DLIFQKDYLE YGEILPFPES QL VEFKQFS TKHFQEYVKR TIPEYVPAFA NTGGGYLFIG VDDKSREVLG CAKENVDPDS LRRKIEQAIY KLPCVHFCQP QRP ITFTLK IVNVLKRGEL YGYACMIRVN PFCCAVFSEA PNSWIVEDKY VCSLTTEKWV GMMTDTDPDL LQLSEDFECQ LSLS SGPPL SRPVYSKKGL EHKKELQQLL FSVPPGYLRY TPESLWRDLI SEHRGLEELI NKQMQPFFRG ILIFSRSWAV DLNLQ EKPG VICDALLIAQ NSTPILYTIL REQDAEGQDY CTRTAFTLKQ KLVNMGGYTG KVCVRAKVLC LSPESSAEAL EAAVSP MDY PASYSLAGTQ HMEALLQSLV IVLLGFRSLL SDQLGCEVLN LLTAQQYEIF SRSLRKNREL FVHGLPGSGK TIMAMKI ME KIRNVFHCEA HRILYVCENQ PLRNFISDRN ICRAETRKTF LRENFEHIQH IVIDEAQNFR TEDGDWYGKA KSITRRAK G GPGILWIFLD YFQTSHLDCS GLPPLSDQYP REELTRIVRN ADPIAKYLQK EMQVIRSNPS FNIPTGCLEV FPEAEWSQG VQGTLRIKKY LTVEQIMTCV ADTCRRFFDR GYSPKDVAVL VSTAKEVEHY KYELLKAMRK KRVVQLSDAC DMLGDHIVLD SVRRFSGLE RSIVFGIHPR TADPAILPNV LICLASRAKQ HLYIFPWGGH

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分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*T)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.496011 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 43.33 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 247654
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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