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万見
- EMDB-1467: Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1467
タイトルHuman Parvovirus B19 (empty wildtype particle)
マップデータHuman Parvovirus B19 (eB19, empty wildtype particle)
試料
  • 試料: Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle)
  • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
キーワードicosahedral (二十面体) / empty viral particle / B19
生物種Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.3 Å
データ登録者Kaufmann B / Chipman PR / Modrow S / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2008
タイトル: Visualization of the externalized VP2 N termini of infectious human parvovirus B19.
著者: Bärbel Kaufmann / Paul R Chipman / Victor A Kostyuchenko / Susanne Modrow / Michael G Rossmann /
要旨: The structures of infectious human parvovirus B19 and empty wild-type particles were determined by cryoelectron microscopy (cryoEM) to 7.5-A and 11.3-A resolution, respectively, assuming icosahedral ...The structures of infectious human parvovirus B19 and empty wild-type particles were determined by cryoelectron microscopy (cryoEM) to 7.5-A and 11.3-A resolution, respectively, assuming icosahedral symmetry. Both of these, DNA filled and empty, wild-type particles contain a few copies of the minor capsid protein VP1. Comparison of wild-type B19 with the crystal structure and cryoEM reconstruction of recombinant B19 particles consisting of only the major capsid protein VP2 showed structural differences in the vicinity of the icosahedral fivefold axes. Although the unique N-terminal region of VP1 could not be visualized in the icosahedrally averaged maps, the N terminus of VP2 was shown to be exposed on the viral surface adjacent to the fivefold beta-cylinder. The conserved glycine-rich region is positioned between two neighboring, fivefold-symmetrically related VP subunits and not in the fivefold channel as observed for other parvoviruses.
履歴
登録2008年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年2月7日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2009年3月31日-
現状2009年3月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1467.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Parvovirus B19 (eB19, empty wildtype particle)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
2.82 Å/pix.
x 111 pix.
= 312.63 Å		2.82 Å/pix.
x 111 pix.
= 312.63 Å		2.82 Å/pix.
x 111 pix.
= 312.63 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.81649 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 11.0 / ムービー #1: 18
最小 - 最大-10.31 - 34.561
平均 (標準偏差)2.24292 (±8.7631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-55-55-55
サイズ111111111
Spacing111111111
セルA=B=C: 312.63 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.81648648648652.81648648648652.8164864864865
M x/y/z111111111
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.630312.630312.630
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-55-55-55
NC/NR/NS111111111
D min/max/mean-10.31034.5612.243

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle)

全体名称: Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle)
要素
  • 試料: Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle)
  • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)

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超分子 #1000: Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle)

超分子名称: Human Parvovirus B19 (empty wildtype particle) / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: icosahedral, empty viral particle, non-enveloped protein shell
集合状態: 60 VP subunits form icosahedral protein shell / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.6 MDa

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超分子 #1: Human parvovirus B19

超分子名称: Human parvovirus B19 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Human Parvovirus B19
詳細: empty wildtype particles purified from human plasma, no ssDNA genome encapsidated
NCBI-ID: 10798 / 生物種: Human parvovirus B19 / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Human Parvovirus B19
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 3.6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 260 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25mM Tris-HCl
グリッド詳細: 400 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: guillotine-style plunge freezing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.66 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT at 200K
詳細low dose
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 31 / 平均電子線量: 22 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMPFT, POR, P3DR
詳細: final map includes data to 10.5 Ang resolution (fsc 0.3 cut-off), magnification of final map standardized to a map calculated from B19 VP2 VLP model coordinates (PDB accession no 1S58) ...詳細: final map includes data to 10.5 Ang resolution (fsc 0.3 cut-off), magnification of final map standardized to a map calculated from B19 VP2 VLP model coordinates (PDB accession no 1S58) resulting in final pixel separation of 2.8165Ang
使用した粒子像数: 1959
詳細manual particle selection

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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