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万見
- EMDB-14621: Map_spike_protein_SARSCoV2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14621
タイトルMap_spike_protein_SARSCoV2
マップデータMap_spike_protein_SARSCoV2
試料
  • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2SARSコロナウイルス2
    • タンパク質・ペプチド: SARS-Cov-2 SPIKE PROTEINCoronavirus spike protein
キーワードSpike SARS-CoV2 / glycans (糖鎖) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Abrescia NGA / Stagnoli AS / Connell SR / Jimenez-Oses G
資金援助 スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRTI2018095700-B-I00 スペイン
Other governmentPRE_2018_1_0102
Other governmentCO-2020/00001
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Assessing the Mobility of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 Spike Protein Glycans by Structural and Computational Methods.
著者: Soledad Stagnoli / Francesca Peccati / Sean R Connell / Ane Martinez-Castillo / Diego Charro / Oscar Millet / Chiara Bruzzone / Asis Palazon / Ana Ardá / Jesús Jiménez-Barbero / June ...著者: Soledad Stagnoli / Francesca Peccati / Sean R Connell / Ane Martinez-Castillo / Diego Charro / Oscar Millet / Chiara Bruzzone / Asis Palazon / Ana Ardá / Jesús Jiménez-Barbero / June Ereño-Orbea / Nicola G A Abrescia / Gonzalo Jiménez-Osés /
要旨: Two years after its emergence, the coronavirus disease-2019 (COVID-19) pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) remains difficult to control despite the ...Two years after its emergence, the coronavirus disease-2019 (COVID-19) pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) remains difficult to control despite the availability of several vaccines. The extensively glycosylated SARS-CoV-2 spike (S) protein, which mediates host cell entry by binding to the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) through its receptor binding domain (RBD), is the major target of neutralizing antibodies. Like to many other viral fusion proteins, the SARS-CoV-2 spike protein utilizes a glycan shield to thwart the host immune response. To grasp the influence of chemical signatures on carbohydrate mobility and reconcile the cryo-EM density of specific glycans we combined our cryo-EM map of the S ectodomain to 4.1 Å resolution, reconstructed from a limited number of particles, and all-atom molecular dynamics simulations. Chemical modifications modeled on representative glycans (defucosylation, sialylation and addition of terminal LacNAc units) show no significant influence on either protein shielding or glycan flexibility. By estimating at selected sites the local correlation between the full density map and atomic model-based maps derived from molecular dynamics simulations, we provide insight into the geometries of the α-Man-(1→3)-[α-Man-(1→6)-]-β-Man-(1→4)-β-GlcNAc(1→4)-β-GlcNAc core common to all -glycosylation sites.
履歴
登録2022年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14621.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map_spike_protein_SARSCoV2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.462
最小 - 最大-1.3178562 - 2.6468053
平均 (標準偏差)0.0086776195 (±0.09615927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14621_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half A Map spike protein SARSCoV2

ファイルemd_14621_half_map_1.map
注釈half_A_Map_spike_protein_SARSCoV2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B Map spike protein SARSCoV2

ファイルemd_14621_half_map_2.map
注釈half_B_Map_spike_protein_SARSCoV2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

全体名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
要素
  • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2SARSコロナウイルス2
    • タンパク質・ペプチド: SARS-Cov-2 SPIKE PROTEINCoronavirus spike protein

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超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: the ectodomain of the Spike protein was expressed by transient transfection of HEK293F suspension cells and purified according to described protocols.
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 486 KDa

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分子 #1: SARS-Cov-2 SPIKE PROTEIN

分子名称: SARS-Cov-2 SPIKE PROTEIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Vector pCAGGS / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFMPSSFSYS SWATCWLLCC LIILAKATMF VFLVLLPLVS SQCVNLTTRT QLPPAYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLG ...文字列:
MFMPSSFSYS SWATCWLLCC LIILAKATMF VFLVLLPLVS SQCVNLTTRT QLPPAYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLG VYYHKNNKSW MESEFRVYSS ANNCTFEYVS QPFLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPINL VRDLPQGFSA LEPLVDLPIG INITRFQTLL ALHRSYLTPG DSSSGWTAGA AAYYVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TESIVRFPNI TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL QSYGFQPTNG VGYQPYRVVV LSFELLHAPA TVCGPKKSTN LVKNKCVNFN FNGLTGTGVL TESNKKFLPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDITPCSF GGVSVITPGT NTSNQVAVLY QDVNCTEVPV AIHADQLTPT WRVYSTGSNV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPA SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVTTE ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLNR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK DFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SFIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTASAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQYIKWPSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン

詳細: buffer was filtered before use to avoid microbial contamination
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 37 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0002 kPa / 詳細: 8 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 287.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細The protein was expressed by transient transfection of HEK293F suspension cells and purified seven days post-transfection

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 実像数: 12478 / #0 - 平均露光時間: 1.24 sec. / #0 - 平均電子線量: 49.6 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 実像数: 9264 / #1 - 平均露光時間: 1.04 sec. / #1 - 平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: the novo 3D model regeneration by SGD in Relion
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.01)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 22854
Image recording ID1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xr8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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