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万見
- EMDB-14245: elongated Cascade complex from type I-A CRISPR-Cas system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14245
タイトルelongated Cascade complex from type I-A CRISPR-Cas system
マップデータpartial
試料
  • 複合体: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated helicase Cas3
    • タンパク質・ペプチド: Cas11a
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Cas7a
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD
    • タンパク質・ペプチド: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5
    • RNA: crRNA (57-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*C)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Cas8Roberval (Air Saguenay) Water Aerodrome
  • リガンド: NICKEL (II) ION
キーワードelongated Cascade complex / cascade / type I-A / genome editing (ゲノム編集) / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / helicase activity / endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, MJ0385 / CRISPR-associated protein (Cas_Csa4) / CRISPR-associated protein, Cas5a type / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-a/Apern / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR / CRISPR-associated negative auto-regulator DevR/Csa2 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain ...CRISPR-associated protein, MJ0385 / CRISPR-associated protein (Cas_Csa4) / CRISPR-associated protein, Cas5a type / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-a/Apern / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR / CRISPR-associated negative auto-regulator DevR/Csa2 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated helicase Cas3 / Type I-A CRISPR-associated protein Cas5 / Uncharacterized protein / Type I-A CRISPR-associated protein Cas7/Csa2 / CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD / Type I-A CRISPR-associated protein Cas8a2/Csa4
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hu C / Ni D / Nam KH / Terns M / Stahlberg H / Ke A
資金援助 米国, スイス, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118117 米国
Swiss National Science Foundation(NCCR) TransCure スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118160 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural snapshots for an atypic type I CRISPR-Cas system
著者: Ni D / Hu C / Nam KH / Terns M / Stahlberg H / Ke A
履歴
登録2022年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈partial
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 320 pix.
= 426.4 Å		1.33 Å/pix.
x 320 pix.
= 426.4 Å		1.33 Å/pix.
x 320 pix.
= 426.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3325 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.85244215 - 2.5720727
平均 (標準偏差)-0.0021123928 (±0.07153428)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 426.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISP...

全体名称: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system
要素
  • 複合体: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated helicase Cas3
    • タンパク質・ペプチド: Cas11a
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Cas7a
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD
    • タンパク質・ペプチド: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5
    • RNA: crRNA (57-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*C)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Cas8Roberval (Air Saguenay) Water Aerodrome
  • リガンド: NICKEL (II) ION

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超分子 #1: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISP...

超分子名称: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 / 詳細: Cascade alone
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated helicase Cas3

分子名称: CRISPR-associated helicase Cas3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 74.475742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ELTGFEPYDY QLRAWEKIRE IMNNGGKVII EVPTAGGKTE TAVMPFFAGI YNNNWPVARL VYVLPTRSLV EKQAERLRNL VYKLLQLKG KSKEEAEKLA RELVVVEYGL EKTHAFLGWV VVTTWDAFLY GLAAHRTVGN RFTFPAGAIA QSLVIFDEVQ M YQDESMYM ...文字列:
ELTGFEPYDY QLRAWEKIRE IMNNGGKVII EVPTAGGKTE TAVMPFFAGI YNNNWPVARL VYVLPTRSLV EKQAERLRNL VYKLLQLKG KSKEEAEKLA RELVVVEYGL EKTHAFLGWV VVTTWDAFLY GLAAHRTVGN RFTFPAGAIA QSLVIFDEVQ M YQDESMYM PRLLSLVVGI LEEANVPLVI MSATIPSKLR EMIAGDTEVI TVDKNDKNKP SKGNVKVRLV EGDITDVLND IK KILKNGK KVLVVRNTVR KAVETYQVLK KKLNDTLANP SDALLIHSRF TIGDRREKER ALDSARLIVA TQVVEAGLDL PNV GLVVTD IAPLDALIQR IGRCARRPGE EGEGIILIPV ENCIEHEKIV RGLSELMEKI GEDTVVFAVV TSTNEYDRVV EIHY GEGKK NFVYVGDIDT ARRVLEKKRS KKLPKDLYII PYSVSPYPDP LVLLTTYDEL SKIGEYLADT TKARKALDRV YKFHY ENNI VPKEFASAYI YFKELKLFSA PPEYEKRSRP ELYVLLYPMN IEKNERVEDK VIDNLETARI IRISYSVKEW KKSDVV IGR LMKEWDKNAE KWVWKVRKSF KIDPYEIYVI DAKYYNSELG FITNLSDTNS HTDSDSKVRT RNSEHSSKKN RSKGKKG QT SLENWGVRV

UniProtKB: CRISPR-associated helicase Cas3

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分子 #2: Cas11a

分子名称: Cas11a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 12.208933 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GGWIRNIGRY LSYLVDDTFE EYAYDVVDGI AKARTQEELL EGVYKALRLA PKLKKKAESK GCPPPRIPSP EDIEALEEKV EQLSNPKDL RKLAVSLALW AFASWNNCP

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #4: Cas7a

分子名称: Cas7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 36.989148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYVRISGRIR LNAHSLNAQG GGGTNYIEIT KTKVTVRTEN GWTVVEVPAI TGNMLKHWHF VGFVDYFKTT PYGVNLTERA LRYNGTRFG QGETTATKAN GATVQLNDEA TIIKELADAD VHGFLAPKTG RRRVSLVKAS FILPTEDFIK EVEGERLITA I KHNRVDVD ...文字列:
MYVRISGRIR LNAHSLNAQG GGGTNYIEIT KTKVTVRTEN GWTVVEVPAI TGNMLKHWHF VGFVDYFKTT PYGVNLTERA LRYNGTRFG QGETTATKAN GATVQLNDEA TIIKELADAD VHGFLAPKTG RRRVSLVKAS FILPTEDFIK EVEGERLITA I KHNRVDVD EKGAIGSSKE GTAQMLFSRE YATGLYGFSI VLDLGLVGIP QGLPVKFEEN QPRPNIVIDP NERKARIESA LK ALIPMLS GYIGANLARS FPVFKVEELV AIASEGPIPA LVHGFYEDYI EANRSIIKNA RALGFNIEVF TYNVDLGEDI EAT KVSSVE ELVANLVKMV

UniProtKB: Type I-A CRISPR-associated protein Cas7/Csa2

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分子 #5: CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 27.130014 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SCKAFQGQTL REHIEAMLAA WEIVKNKYIP SIIRVMKTVG VKFTEEDADK FMKTLIILHD VGKCSEVYQK HLSNNEPLRG FRHELVSAY YAYNILKDMF KDETIAFIGA LVVMMHHEPI LMGQIRSLDK EELTPEVVLD KLRTFNGVME GTESFIKSMI K EKLGVIPK ...文字列:
SCKAFQGQTL REHIEAMLAA WEIVKNKYIP SIIRVMKTVG VKFTEEDADK FMKTLIILHD VGKCSEVYQK HLSNNEPLRG FRHELVSAY YAYNILKDMF KDETIAFIGA LVVMMHHEPI LMGQIRSLDK EELTPEVVLD KLRTFNGVME GTESFIKSMI K EKLGVIPK VPSPTQEDVL REVIRLSVLA RHRPDSGKLR MVVGALLIPL VLCDYKGAKE REGESPKFAE VLRVEMMKAA

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas3-HD

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分子 #6: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5

分子名称: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 29.147219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDILLVCLRF PFFSVAKRSY QVRTSFLLPP PSALKGALAK GLILLKPEKY ASSSLDEAAL KAIKEIESKL VDIKAVSVAP LSPLIRNAF LLKRLRNLES GSNAEKSDAM RREYTFTREL LVAYIFKNLT QEEKNLYLKA AMLIDVIGDT ESLATPVWAS F VKPEDKKA ...文字列:
MDILLVCLRF PFFSVAKRSY QVRTSFLLPP PSALKGALAK GLILLKPEKY ASSSLDEAAL KAIKEIESKL VDIKAVSVAP LSPLIRNAF LLKRLRNLES GSNAEKSDAM RREYTFTREL LVAYIFKNLT QEEKNLYLKA AMLIDVIGDT ESLATPVWAS F VKPEDKKA PLAFSAPYTE IYSLLSSKIQ AKGKIRMYIE KMRVSPEYSK TKGPQEEIFY LPIEERRYKR IVYYARIYPP EV EKALTVD GEVLGIWIP

UniProtKB: Type I-A CRISPR-associated protein Cas5

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分子 #9: Cas8

分子名称: Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 38.800719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FNEFKTPQID PIFDLYVAYG YVVSLIRGGA KEATLIPHGA SYLIQTDVSN EEFRHGLVDA LSSMLSLHIA LARHSPREGG KLVSDADFS AGANINNVYW DSVPRNLEKL MKDLEKKRSV KGTATIPITL MPSAGKYMLK HFGVQGGNPI KVDLLNYALA W VGFHYYTP ...文字列:
FNEFKTPQID PIFDLYVAYG YVVSLIRGGA KEATLIPHGA SYLIQTDVSN EEFRHGLVDA LSSMLSLHIA LARHSPREGG KLVSDADFS AGANINNVYW DSVPRNLEKL MKDLEKKRSV KGTATIPITL MPSAGKYMLK HFGVQGGNPI KVDLLNYALA W VGFHYYTP YIKYAKGDTT WIHIYQIAPV EEVDMISILS LKDLKMHLPH YYESNLDFLI NRRLALLYHL LHSEALELFT EK EFVIHSY TLERSGNNQA IRSFEEEEIG KLMDFLWKLK RRDFYHAIKF IDDLLKKATE GALALIDAIM NERLEGFYTA LKL GKKAGV VSSREIVAAL EDIIC

UniProtKB: Type I-A CRISPR-associated protein Cas8a2/Csa4

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分子 #3: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 2.788862 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)

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分子 #8: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.126781 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #7: crRNA (57-MER)

分子名称: crRNA (57-MER) / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.389883 KDa
配列文字列:
AUUGAAAGUU GUAGUAUGCG GUCCUUGCGG CUGAGAGCAC UUCAGGAGUU GCCCGCG

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分子 #10: NICKEL (II) ION

分子名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: NI
分子量理論値: 58.693 Da
Chemical component information

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION / ニッケル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl塩化ナトリウム / 構成要素 - 名称: sodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4s force 0.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 8500 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 49699
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7r2k:
elongated Cascade complex from type I-A CRISPR-Cas system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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