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万見
- EMDB-14186: Cryo-EM structure of coxsackievirus A6 mature virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14186
タイトルCryo-EM structure of coxsackievirus A6 mature virion
マップデータLocally sharpened map (in LocalDeblur) of CV-A6 virion
試料
  • ウイルス: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
    • 複合体: Capsidカプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4カプシド
  • リガンド: STEARIC ACIDステアリン酸
  • リガンド: MYRISTIC ACIDミリスチン酸
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Buttner CR / Spurny R / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech RepublicGX-1925982X チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-electron microscopy and image classification reveal the existence and structure of the coxsackievirus A6 virion.
著者: Carina R Büttner / Radovan Spurný / Tibor Füzik / Pavel Plevka /
要旨: Coxsackievirus A6 (CV-A6) has recently overtaken enterovirus A71 and CV-A16 as the primary causative agent of hand, foot, and mouth disease worldwide. Virions of CV-A6 were not identified in previous ...Coxsackievirus A6 (CV-A6) has recently overtaken enterovirus A71 and CV-A16 as the primary causative agent of hand, foot, and mouth disease worldwide. Virions of CV-A6 were not identified in previous structural studies, and it was speculated that the virus is unique among enteroviruses in using altered particles with expanded capsids to infect cells. In contrast, the virions of other enteroviruses are required for infection. Here we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of the CV-A6 virion, altered particle, and empty capsid. We show that the CV-A6 virion has features characteristic of virions of other enteroviruses, including a compact capsid, VP4 attached to the inner capsid surface, and fatty acid-like molecules occupying the hydrophobic pockets in VP1 subunits. Furthermore, we found that in a purified sample of CV-A6, the ratio of infectious units to virions is 1 to 500. Therefore, it is likely that virions of CV-A6 initiate infection, like those of other enteroviruses. Our results provide evidence that future vaccines against CV-A6 should target its virions instead of the antigenically distinct altered particles. Furthermore, the structure of the virion provides the basis for the rational development of capsid-binding inhibitors that block the genome release of CV-A6.
履歴
登録2022年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2022年9月14日-
現状2022年9月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14186.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally sharpened map (in LocalDeblur) of CV-A6 virion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-0.45257497 - 13.246732
平均 (標準偏差)-8.3118495e-10 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 340.15997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of CV-A6 virion at 3.7 A resolution

ファイルemd_14186_additional_1.map
注釈Unsharpened map of CV-A6 virion at 3.7 A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Mask used for calculation of the FSC curve by RELION postprocessing

ファイルemd_14186_additional_2.map
注釈Mask used for calculation of the FSC curve by RELION postprocessing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ewald sphere corrected half map 2 used in RELION postprocessing

ファイルemd_14186_half_map_1.map
注釈Ewald sphere corrected half map 2 used in RELION postprocessing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ewald sphere corrected half map 1 used in RELION postprocessing

ファイルemd_14186_half_map_2.map
注釈Ewald sphere corrected half map 1 used in RELION postprocessing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A6

全体名称: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
要素
  • ウイルス: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
    • 複合体: Capsidカプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4カプシド
  • リガンド: STEARIC ACIDステアリン酸
  • リガンド: MYRISTIC ACIDミリスチン酸

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超分子 #1: Coxsackievirus A6

超分子名称: Coxsackievirus A6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 86107 / 生物種: Coxsackievirus A6 / Sci species strain: Gdula / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CV-A6 / 直径: 322.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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超分子 #2: Capsid

超分子名称: Capsid / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: native CV-A6 virion
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
株: Gdula

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The first amino-acid of VP1 in the corresponding section of the GenBank polyprotein entry (AAR38844) (Asn) is not the actual first residue as the proteolytic cleavage of the viral polyprotein ...詳細: The first amino-acid of VP1 in the corresponding section of the GenBank polyprotein entry (AAR38844) (Asn) is not the actual first residue as the proteolytic cleavage of the viral polyprotein occurs at an alternative location, leaving the following residue Asp-2 as the first residue (D-1), and the Asn as the additional C-term residue described for VP3 (N-241). Residues 301-303 are not modelled/visible in the virion structure but the very C-terminal residue F-304 (partially) is.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.530293 KDa
配列文字列: DPISNAIENA VSTLADTTIS RVTAANTAAS SHSLGTGRVP ALQAAETGAS SNASDENLIE TRCVMNRNGV NEASVEHFYS RAGLVGVVE VKDSGTSQDG YTVWPIDVMG FVQQRRKLEL STYMRFDAEF TFVSNLNDST TPGMLLQYMY VPPGAPKPDG R KSYQWQTA ...文字列:
DPISNAIENA VSTLADTTIS RVTAANTAAS SHSLGTGRVP ALQAAETGAS SNASDENLIE TRCVMNRNGV NEASVEHFYS RAGLVGVVE VKDSGTSQDG YTVWPIDVMG FVQQRRKLEL STYMRFDAEF TFVSNLNDST TPGMLLQYMY VPPGAPKPDG R KSYQWQTA TNPSIFAKLS DPPPQVSVPF MSPASAYQWF YDGYPTFGEH KQATNLQYGQ CPNNMMGHFA IRTVSESTTG KN VHVRVYM RIKHVRAWVP RPFRSQAYMV KNYPTYSQTI SNTAADRASI TTTDYEGGVP ANPQRTF

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 28.006529 KDa
配列文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPG YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDT GVFGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVVVIPE FVVAASSPAT KPNGQGLYPD FAHTNPGKEG Q VFRDPYVL ...文字列:
SPSVEACGYS DRVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPG YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDT GVFGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVVVIPE FVVAASSPAT KPNGQGLYPD FAHTNPGKEG Q VFRDPYVL DAGIPLSQAL VFPHQWINLR TNNCATIIMP YVNALPFDSA LNHSNFGLAV IPISPLKYCN GATTEVPITL TI APLNSEF SGLRQAIKQ

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: VP3 has an additional C-terminal residue (N-241) compared to GenBank entry AAR38844 due to alternative cleavage of the polyprotein (see compound details for molecule 1 VP1).
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.489936 KDa
配列文字列: GLPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCRIE TILEVNNTTG TTGVNRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPTTREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP ...文字列:
GLPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCRIE TILEVNNTTG TTGVNRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPTTREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP WISNTHFRAV KTGGVYDYYA TGIVTIWYQT NFVVPPDTPS EANIIALGAA QENFTLKLCK DTDEIRQTAE YQ N

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 7.231774 KDa
配列文字列:
GAQVSAQKSG THETGNIATE GSTINFTNIN YYKDSYAASA SRQDFTQDPT KFTSPVLDAI KEAAAPLQ

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分子 #5: STEARIC ACID

分子名称: STEARIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: STE
分子量理論値: 284.477 Da
Chemical component information

ChemComp-STE:
STEARIC ACID / ステアリン酸 / ステアリン酸

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分子 #6: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.2 mg/mLKH2PO4potassium dihydrogen phosphate
1.15 mg/mLNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
0.2 mg/mL100298
8.0 mg/mLNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム

詳細: PBS, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.62 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9862 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 211991
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: stochastic gradient descent (SGD) / 詳細: RELION 3.1
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 950 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 1769
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5xs4

詳細iterative cycles of building - real space refinement - reciprocal space refinement
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 66 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7qw9:
Cryo-EM structure of coxsackievirus A6 mature virion

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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