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万見
- EMDB-1418: Binding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1418
タイトルBinding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arrangement of surface glycoproteins
マップデータThis is a map of Fab 1A1D-2 complexed with Dengue virus
試料
  • 試料: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
  • ウイルス: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab fragment of MAb 1A1D-2
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain ...Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Lok SM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Binding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arrangement of surface glycoproteins.
著者: Shee-Mei Lok / Victor Kostyuchenko / Grant E Nybakken / Heather A Holdaway / Anthony J Battisti / Soila Sukupolvi-Petty / Dagmar Sedlak / Daved H Fremont / Paul R Chipman / John T Roehrig / ...著者: Shee-Mei Lok / Victor Kostyuchenko / Grant E Nybakken / Heather A Holdaway / Anthony J Battisti / Soila Sukupolvi-Petty / Dagmar Sedlak / Daved H Fremont / Paul R Chipman / John T Roehrig / Michael S Diamond / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: The monoclonal antibody 1A1D-2 has been shown to strongly neutralize dengue virus serotypes 1, 2 and 3, primarily by inhibiting attachment to host cells. A crystal structure of its antigen binding ...The monoclonal antibody 1A1D-2 has been shown to strongly neutralize dengue virus serotypes 1, 2 and 3, primarily by inhibiting attachment to host cells. A crystal structure of its antigen binding fragment (Fab) complexed with domain III of the viral envelope glycoprotein, E, showed that the epitope would be partially occluded in the known structure of the mature dengue virus. Nevertheless, antibody could bind to the virus at 37 degrees C, suggesting that the virus is in dynamic motion making hidden epitopes briefly available. A cryo-electron microscope image reconstruction of the virus:Fab complex showed large changes in the organization of the E protein that exposed the epitopes on two of the three E molecules in each of the 60 icosahedral asymmetric units of the virus. The changes in the structure of the viral surface are presumably responsible for inhibiting attachment to cells.
履歴
登録2007年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月7日-
マップ公開2008年1月2日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.98
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.98
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2r6p
  • 表面レベル: 1.98
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2r6p
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1418.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of Fab 1A1D-2 complexed with Dengue virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.74 Å/pix.
x 288 pix.
= 789.12 Å		2.74 Å/pix.
x 288 pix.
= 789.12 Å		2.74 Å/pix.
x 288 pix.
= 789.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.98 / ムービー #1: 1.98
最小 - 最大-4.12769 - 8.46468
平均 (標準偏差)0.00957931 (±0.995975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 789.12 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.742.742.74
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z789.120789.120789.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-30-49
NX/NY/NZ6060100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-144-144
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-4.1288.4650.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus

全体名称: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
要素
  • 試料: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
  • ウイルス: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab fragment of MAb 1A1D-2

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超分子 #1000: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus

超分子名称: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: The Fab molecule binds to two of the three E proteins in the icosahedral assymmetric unit
Number unique components: 2

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超分子 #1: Dengue virus 2

超分子名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: DENV / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: DENV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: envelope / 直径: 240 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Fab fragment of MAb 1A1D-2

分子名称: Fab fragment of MAb 1A1D-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 1A1D-2 / コピー数: 2 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse / 細胞: hybridoma
分子量実験値: 50 MDa / 理論値: 50 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Guillotine-style plunge freezeing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51040 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.37 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.27 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT
詳細low dose
日付2007年3月21日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 24 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider,XMIPP / 使用した粒子像数: 2885

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1thd


Chain - Chain ID -:

db-2


Chain - Chain ID - 1: R / Chain - Chain ID - 2: 2 / Chain - Chain ID - 3: 9
ソフトウェア名称: EMFIT
詳細Protocol: Rigid body
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2r6p:
Fit of E protein and Fab 1A1D-2 into 24 angstrom resolution cryoEM map of Fab complexed with dengue 2 virus.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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