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- EMDB-14099: STRUCTURE OF THE HUMAN INNER KINETOCHORE CCAN COMPLEX AT 10A RESO... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14099
タイトルSTRUCTURE OF THE HUMAN INNER KINETOCHORE CCAN COMPLEX AT 10A RESOLUTION
マップデータmain map
試料
  • 複合体: human inner kinetochore CCAN complex
キーワードINNER KINETOCHORE / CCAN / COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / CELL CYCLE (細胞周期)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Vetter IR / Pesenti M / Raisch T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore CCAN complex and its significance for human centromere organization.
著者: Marion E Pesenti / Tobias Raisch / Duccio Conti / Kai Walstein / Ingrid Hoffmann / Dorothee Vogt / Daniel Prumbaum / Ingrid R Vetter / Stefan Raunser / Andrea Musacchio /
要旨: Centromeres are specialized chromosome loci that seed the kinetochore, a large protein complex that effects chromosome segregation. A 16-subunit complex, the constitutive centromere associated ...Centromeres are specialized chromosome loci that seed the kinetochore, a large protein complex that effects chromosome segregation. A 16-subunit complex, the constitutive centromere associated network (CCAN), connects between the specialized centromeric chromatin, marked by the histone H3 variant CENP-A, and the spindle-binding moiety of the kinetochore. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of human CCAN. We highlight unique features such as the pseudo GTPase CENP-M and report how a crucial CENP-C motif binds the CENP-LN complex. The CCAN structure has implications for the mechanism of specific recognition of the CENP-A nucleosome. A model consistent with our structure depicts the CENP-C-bound nucleosome as connected to the CCAN through extended, flexible regions of CENP-C. An alternative model identifies both CENP-C and CENP-N as specificity determinants but requires CENP-N to bind CENP-A in a mode distinct from the classical nucleosome octamer.
履歴
登録2021年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.72 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.00036932708 - 0.60976714
平均 (標準偏差)0.0012277077 (±0.013529047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14099_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_14099_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_14099_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human inner kinetochore CCAN complex

全体名称: human inner kinetochore CCAN complex
要素
  • 複合体: human inner kinetochore CCAN complex

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超分子 #1: human inner kinetochore CCAN complex

超分子名称: human inner kinetochore CCAN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 451 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 0.0025% Triton
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: Krios with CS corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 14 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.8 e/Å2
詳細: 2678 images were collected in movie-mode with 60 frames per image on Gatan K3 in superresolution mode with 0.34 A pixel size / native pixel size 0.68A
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 233598
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 predictions
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 44216
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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