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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1323 | |||||||||
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タイトル | Spontaneous reverse movement of mRNA-bound tRNA through the ribosome. | |||||||||
マップデータ | none | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Konevega AL / Fischer N / Semenkov YP / Stark H / Wintermeyer W / Rodnina MV | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2007 タイトル: Spontaneous reverse movement of mRNA-bound tRNA through the ribosome. 著者: Andrey L Konevega / Niels Fischer / Yuri P Semenkov / Holger Stark / Wolfgang Wintermeyer / Marina V Rodnina / 要旨: During the translocation step of protein synthesis, a complex of two transfer RNAs bound to messenger RNA (tRNA-mRNA) moves through the ribosome. The reaction is promoted by an elongation factor, ...During the translocation step of protein synthesis, a complex of two transfer RNAs bound to messenger RNA (tRNA-mRNA) moves through the ribosome. The reaction is promoted by an elongation factor, called EF-G in bacteria, which, powered by GTP hydrolysis, induces an open, unlocked conformation of the ribosome that allows for spontaneous tRNA-mRNA movement. Here we show that, in the absence of EF-G, there is spontaneous backward movement, or retrotranslocation, of two tRNAs bound to mRNA. Retrotranslocation is driven by the gain in affinity when a cognate E-site tRNA moves into the P site, which compensates the affinity loss accompanying the movement of peptidyl-tRNA from the P to the A site. These results lend support to the diffusion model of tRNA movement during translocation. In the cell, tRNA movement is biased in the forward direction by EF-G, which acts as a Brownian ratchet and prevents backward movement. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1323.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1323-v30.xml emd-1323.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1323.gif | 55.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1323 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1323 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | none | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRN...
全体 | 名称: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMEt |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRN...
超分子 | 名称: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMEt タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: E. Coli 70S
超分子 | 名称: E. Coli 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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-分子 #1: fMet-Val-tRNAVal
分子 | 名称: fMet-Val-tRNAVal / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: tRNAfMet
分子 | 名称: tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine. |
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グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Costume-made / 手法: Manual blotting |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 166000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) 平均電子線量: 19 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: local |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 5001 |
詳細 | Particles selected using an automatic selection program. |