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- EMDB-1311: Cryo-EM visualization of transfer messenger RNA with two SmpBs in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1311
タイトルCryo-EM visualization of transfer messenger RNA with two SmpBs in a stalled ribosome.
マップデータCryo-EM map of Thermus thermophilus 70S ribosome bound with tmRNA, two small protein B, and EF-Tu in the presence of S1 in solution.
試料
  • 試料: Thermus thermophilus 70S ribosome
  • 複合体: 70S Ribosomeリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: small protein B
  • タンパク質・ペプチド: EF-Tu
  • RNA: tmRNA
  • RNA: tRNA転移RNA
機能・相同性TmRNA / SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / RNA binding / 細胞質基質 / SsrA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.6 Å
データ登録者Kaur S / Gillet R / Li W / Gursky R / Frank J
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2006
タイトル: Cryo-EM visualization of transfer messenger RNA with two SmpBs in a stalled ribosome.
著者: Sukhjit Kaur / Reynald Gillet / Wen Li / Richard Gursky / Joachim Frank /
要旨: In eubacterial translation, lack of a stop codon on the mRNA results in a defective, potentially toxic polypeptide stalled on the ribosome. Bacteria possess a specialized mRNA, called transfer ...In eubacterial translation, lack of a stop codon on the mRNA results in a defective, potentially toxic polypeptide stalled on the ribosome. Bacteria possess a specialized mRNA, called transfer messenger RNA (tmRNA), to rescue such a stalled system. tmRNA contains a transfer RNA (tRNA)-like domain (TLD), which enters the ribosome as a tRNA and places an ORF into the mRNA channel. This ORF codes for a signal marking the polypeptide for degradation and ends in a stop codon, leading to release of the faulty polypeptide and recycling of the ribosome. The binding of tmRNA to the stalled ribosome is mediated by small protein B (SmpB). By means of cryo-EM, we obtained a density map for the preaccommodated state of the tmRNA.SmpB.EF-Tu.70S ribosome complex with much improved definition for the tmRNA-SmpB complex, showing two SmpB molecules bound per ribosome, one toward the A site on the 30S subunit side and the other bound to the 50S subunit near the GTPase-associated center. tmRNA is strongly attached to the 30S subunit head by multiple contact sites, involving most of its pseudoknots and helices. The map clarifies that the TLD is located near helix 34 and protein S19 of the 30S subunit, rather than in the A site as tRNA for normal translation, so that the TLD is oriented toward the ORF.
履歴
登録2006年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年12月14日-
マップ公開2006年12月14日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30.915807559
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 30.915807559
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2ob7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1311.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Thermus thermophilus 70S ribosome bound with tmRNA, two small protein B, and EF-Tu in the presence of S1 in solution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.82 Å
密度
表面レベル1: 73.200000000000003 / ムービー #1: 30.9158076
最小 - 最大-117.853999999999999 - 304.088000000000022
平均 (標準偏差)6.06499 (±30.402000000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 366.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.600366.600366.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-63-63-63
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-117.854304.0886.065

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thermus thermophilus 70S ribosome

全体名称: Thermus thermophilus 70S ribosome
要素
  • 試料: Thermus thermophilus 70S ribosome
  • 複合体: 70S Ribosomeリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: small protein B
  • タンパク質・ペプチド: EF-Tu
  • RNA: tmRNA
  • RNA: tRNA転移RNA

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超分子 #1000: Thermus thermophilus 70S ribosome

超分子名称: Thermus thermophilus 70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5
分子量理論値: 2.4 MDa

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超分子 #1: 70S Ribosome

超分子名称: 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
分子量実験値: 2.3 MDa

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分子 #1: small protein B

分子名称: small protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
分子量実験値: 19 KDa

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分子 #4: EF-Tu

分子名称: EF-Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #2: tmRNA

分子名称: tmRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #3: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
別称: tRNA

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: see Methods
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No staining (Cryo-EM)
グリッド詳細: Quanti-foil grids coated with a thin carbon layer
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 5 seconds before plunging Rapid plunge freezing in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49696 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.635 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.475 µm / 倍率（公称値）: 5000
試料ステージ試料ホルダー: cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2004年8月13日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 27 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correctionn of 3D map
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER package / 使用した粒子像数: 52829

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: O
詳細Protocol: Rigid Body. manual fitting with O
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2ob7:
Structure of tmRNA-(SmpB)2 complex as inferred from cryo-EM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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